src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.awt.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 public class IdCanvas
  27     extends Panel
  28 {
  29   protected AlignViewport av;
  30
  31   protected boolean showScores = true;
  32
  33   protected int maxIdLength = -1;
  34   protected String maxIdStr = null;
  35   Image image;
  36   Graphics gg;
  37   int imgHeight = 0;
  38   boolean fastPaint = false;
  39
  40   java.util.Vector searchResults;
  41
  42   public IdCanvas(AlignViewport av)
  43   {
  44     setLayout(null);
  45     this.av = av;
  46     PaintRefresher.Register(this, av.alignment);
  47   }
  48
  49   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,
  50                            int ypos)
  51   {
  52     int charHeight = av.getCharHeight();
  53
  54     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  55     {
  56       gg.setColor(Color.black);
  57       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,
  58                   getSize().width, charHeight);
  59       gg.setColor(Color.white);
  60     }
  61     else if (av.getSelectionGroup() != null &&
  62              av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(s))
  63     {
  64       gg.setColor(Color.lightGray);
  65       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,
  66                   getSize().width, charHeight);
  67       gg.setColor(Color.white);
  68     }
  69     else
  70     {
  71       gg.setColor(s.getColor());
  72       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,
  73                   getSize().width, charHeight);
  74       gg.setColor(Color.black);
  75     }
  76
  77
  78     gg.drawString( s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  79                   ((i - starty) * charHeight) + ypos +
  80                   charHeight - (charHeight / 5));
  81
  82     if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)
  83           drawMarker(i, starty, ypos);
  84
  85   }
  86
  87   public void fastPaint(int vertical)
  88   {
  89     if (gg == null)
  90     {
  91       repaint();
  92       return;
  93     }
  94
  95     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);
  96
  97     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;
  98     if (vertical > 0) // scroll down
  99     {
 100       ss = es - vertical;
 101       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 102       {
 103         ss = av.startSeq;
 104       }
 105       else
 106       {
 107         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;
 108       }
 109     }
 110     else if (vertical < 0)
 111     {
 112       es = ss - vertical;
 113       if (es > av.endSeq)
 114       {
 115         es = av.endSeq;
 116       }
 117     }
 118
 119     gg.translate(0, transY);
 120
 121     drawIds(ss, es);
 122
 123     gg.translate(0, -transY);
 124
 125     fastPaint = true;
 126     repaint();
 127   }
 128
 129   public void update(Graphics g)
 130   {
 131     paint(g);
 132   }
 133
 134   public void paint(Graphics g)
 135   {
 136     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 137     {
 138       return;
 139     }
 140     if (fastPaint)
 141     {
 142       fastPaint = false;
 143       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 144       return;
 145     }
 146
 147     imgHeight = getSize().height;
 148     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;
 149
 150     if (imgHeight < 1)
 151     {
 152       return;
 153     }
 154
 155     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 156     {
 157       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 158       gg = image.getGraphics();
 159       gg.setFont(av.getFont());
 160     }
 161
 162     //Fill in the background
 163     gg.setColor(Color.white);
 164     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,
 165                            av.getFont().getSize());
 166     gg.setFont(italic);
 167
 168     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 169     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);
 170     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 171   }
 172
 173   void drawIds(int starty, int endy)
 174   {
 175     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,
 176                            av.getFont().getSize());
 177
 178     gg.setFont(italic);
 179
 180     Color currentColor = Color.white;
 181     Color currentTextColor = Color.black;
 182
 183     if (av.getWrapAlignment())
 184     {
 185       int maxwidth = av.alignment.getWidth();
 186       int alheight = av.alignment.getHeight();
 187
 188       if (av.hasHiddenColumns)
 189         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 190
 191       int annotationHeight = 0;
 192       AnnotationLabels labels = null;
 193
 194       if (av.showAnnotation)
 195       {
 196         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 197         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 198         labels = new AnnotationLabels(av);
 199       }
 200
 201       int hgap = av.charHeight;
 202       if (av.scaleAboveWrapped)
 203         hgap += av.charHeight;
 204
 205       int cHeight = alheight * av.charHeight
 206           + hgap
 207           + annotationHeight;
 208
 209       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 210
 211       // Draw the rest of the panels
 212       for (int ypos = hgap, row = av.startRes;
 213            (ypos <= getSize().height) && (row < maxwidth);
 214            ypos += cHeight, row += rowSize)
 215       {
 216         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 217         {
 218           if (av.hasHiddenRows)
 219           {
 220             setHiddenFont(i);
 221           }
 222           else
 223             gg.setFont(italic);
 224
 225           SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);
 226           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);
 227         }
 228
 229         if (labels != null)
 230         {
 231           gg.translate(0, ypos + (alheight * av.charHeight));
 232           labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 233           gg.translate(0, -ypos - (alheight * av.charHeight));
 234         }
 235
 236       }
 237     }
 238     else
 239     {
 240       //Now draw the id strings
 241
 242       //Now draw the id strings
 243       for (int i = starty; i < endy; i++)
 244       {
 245         if (av.hasHiddenRows)
 246         {
 247           setHiddenFont(i);
 248         }
 249
 250         // Selected sequence colours
 251         if ( (searchResults != null) &&
 252             searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))
 253         {
 254           currentColor = Color.black;
 255           currentTextColor = Color.white;
 256         }
 257         else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&
 258                  av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(
 259                      av.alignment.getSequenceAt(i)))
 260         {
 261           currentColor = Color.lightGray;
 262           currentTextColor = Color.black;
 263         }
 264         else
 265         {
 266           currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();
 267           currentTextColor = Color.black;
 268         }
 269
 270         gg.setColor(currentColor);
 271
 272         gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getSize().width,
 273                     av.charHeight);
 274
 275         gg.setColor(currentTextColor);
 276
 277         String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId(av.
 278             getShowJVSuffix());
 279
 280         gg.drawString(string, 0,
 281                       ( ( (i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -
 282                       (av.charHeight / 5));
 283
 284         if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)
 285           drawMarker(i, starty, 0);
 286       }
 287     }
 288   }
 289
 290   public void setHighlighted(java.util.Vector found)
 291   {
 292     searchResults = found;
 293     repaint();
 294   }
 295
 296   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 297   {
 298     int hiddenIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i);
 299     int lastIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i - 1);
 300     int nextIndex = av.adjustForHiddenSeqs(i + 1);
 301
 302     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 303     boolean above = (nextIndex>hiddenIndex+1);
 304
 305       gg.setColor(Color.blue);
 306       if(below)
 307       {
 308         gg.fillPolygon(new int[]
 309                        {getSize().width- av.charHeight,
 310                        getSize().width- av.charHeight,
 311                        getSize().width},
 312                        new int[]
 313                        {
 314                        (i - starty) * av.charHeight +yoffset,
 315                        (i - starty) * av.charHeight +yoffset+ av.charHeight / 4,
 316                        (i - starty) * av.charHeight+yoffset
 317         }, 3);
 318       }
 319       if(above)
 320       {
 321         gg.fillPolygon(new int[]
 322                       {getSize().width- av.charHeight,
 323                       getSize().width - av.charHeight,
 324                       getSize().width },
 325                       new int[]
 326                       {
 327                       (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset,
 328                       (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset- av.charHeight / 4,
 329                       (i - starty+1) * av.charHeight +yoffset
 330        }, 3);
 331
 332       }
 333   }
 334
 335   void setHiddenFont(int i)
 336   {
 337   /*  System.out.println(i+" "+av.alignment.getHeight());
 338     if (av.alignment.getSequenceAt(i).getHiddenSequences() != null)
 339       gg.setFont(new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD,
 340                           av.getFont().getSize()));
 341     else
 342       gg.setFont(new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,
 343                           av.getFont().getSize()));*/
 344   }
 345 }