src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class IdCanvas\r
  27     extends Panel\r
  28 {\r
  29   protected AlignViewport av;\r
  30 \r
  31   protected boolean showScores = true;\r
  32 \r
  33   protected int maxIdLength = -1;\r
  34   protected String maxIdStr = null;\r
  35   Image image;\r
  36   Graphics gg;\r
  37   int imgHeight = 0;\r
  38   boolean fastPaint = false;\r
  39 \r
  40   java.util.Vector searchResults;\r
  41 \r
  42   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  43   {\r
  44     setLayout(null);\r
  45     this.av = av;\r
  46     PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  50                            int ypos)\r
  51   {\r
  52     int charHeight = av.getCharHeight();\r
  53 \r
  54     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))\r
  55     {\r
  56       gg.setColor(Color.black);\r
  57       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  58                   getSize().width, charHeight);\r
  59       gg.setColor(Color.white);\r
  60     }\r
  61     else if (av.getSelectionGroup() != null &&\r
  62              av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(s))\r
  63     {\r
  64       gg.setColor(Color.lightGray);\r
  65       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  66                   getSize().width, charHeight);\r
  67       gg.setColor(Color.white);\r
  68     }\r
  69     else\r
  70     {\r
  71       gg.setColor(s.getColor());\r
  72       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  73                   getSize().width, charHeight);\r
  74       gg.setColor(Color.black);\r
  75     }\r
  76 \r
  77 \r
  78     gg.drawString( s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,\r
  79                   ((i - starty) * charHeight) + ypos +\r
  80                   charHeight - (charHeight / 5));\r
  81 \r
  82   }\r
  83 \r
  84   public void fastPaint(int vertical)\r
  85   {\r
  86     if (gg == null)\r
  87     {\r
  88       repaint();\r
  89       return;\r
  90     }\r
  91 \r
  92     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
  93 \r
  94     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;\r
  95     if (vertical > 0) // scroll down\r
  96     {\r
  97       ss = es - vertical;\r
  98       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
  99       {\r
 100         ss = av.startSeq;\r
 101       }\r
 102       else\r
 103       {\r
 104         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 105       }\r
 106     }\r
 107     else if (vertical < 0)\r
 108     {\r
 109       es = ss - vertical;\r
 110       if (es > av.endSeq)\r
 111       {\r
 112         es = av.endSeq;\r
 113       }\r
 114     }\r
 115 \r
 116     gg.translate(0, transY);\r
 117 \r
 118     drawIds(ss, es);\r
 119 \r
 120     gg.translate(0, -transY);\r
 121 \r
 122     fastPaint = true;\r
 123     repaint();\r
 124   }\r
 125 \r
 126   public void update(Graphics g)\r
 127   {\r
 128     paint(g);\r
 129   }\r
 130 \r
 131   public void paint(Graphics g)\r
 132   {\r
 133     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)\r
 134     {\r
 135       return;\r
 136     }\r
 137     if (fastPaint)\r
 138     {\r
 139       fastPaint = false;\r
 140       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 141       return;\r
 142     }\r
 143 \r
 144     imgHeight = getSize().height;\r
 145     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 146 \r
 147     if (imgHeight < 1)\r
 148     {\r
 149       return;\r
 150     }\r
 151 \r
 152     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))\r
 153     {\r
 154       image = createImage(getSize().width, imgHeight);\r
 155       gg = image.getGraphics();\r
 156       gg.setFont(av.getFont());\r
 157     }\r
 158 \r
 159     //Fill in the background\r
 160     gg.setColor(Color.white);\r
 161     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 162                            av.getFont().getSize());\r
 163     gg.setFont(italic);\r
 164 \r
 165     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 166     drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 167     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 168   }\r
 169 \r
 170   void drawIds(int starty, int endy)\r
 171   {\r
 172     Color currentColor = Color.white;\r
 173     Color currentTextColor = Color.black;\r
 174     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 175                              av.getFont().getSize());\r
 176 \r
 177     if (av.getWrapAlignment())\r
 178     {\r
 179       int annotationHeight = 0;\r
 180       AnnotationLabels labels = null;\r
 181 \r
 182       if(av.showAnnotation)\r
 183       {\r
 184         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 185         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 186         labels = new AnnotationLabels(av);\r
 187       }\r
 188 \r
 189       int hgap = av.charHeight;\r
 190       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 191         hgap += av.charHeight;\r
 192 \r
 193       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 194           + hgap\r
 195           + annotationHeight;\r
 196 \r
 197         int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 198 \r
 199         // Draw the rest of the panels\r
 200         for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 201                 (ypos <= getSize().height) && (row < av.alignment.getWidth());\r
 202                 ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 203         {\r
 204             for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 205             {\r
 206                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 207                 gg.setFont(italic);\r
 208                 drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 209             }\r
 210 \r
 211             if(labels!=null)\r
 212             {\r
 213               gg.translate(0, ypos+(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 214               labels.drawComponent(gg, getSize().width);\r
 215               gg.translate(0, -ypos-(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 216             }\r
 217         }\r
 218 \r
 219     }\r
 220     else\r
 221     {\r
 222 \r
 223       //Now draw the id strings\r
 224       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 225       {\r
 226         // Selected sequence colours\r
 227 \r
 228         if (searchResults != null &&\r
 229             searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 230         {\r
 231           gg.setColor(Color.black);\r
 232           currentColor = Color.black;\r
 233           currentTextColor = Color.white;\r
 234         }\r
 235         else if (av.getSelectionGroup() != null\r
 236                  &&\r
 237                  av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(av.alignment.\r
 238             getSequenceAt(i)))\r
 239         {\r
 240           currentColor = Color.lightGray;\r
 241           currentTextColor = Color.black;\r
 242         }\r
 243         else\r
 244         {\r
 245           currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 246           currentTextColor = Color.black;\r
 247         }\r
 248 \r
 249         gg.setColor(currentColor);\r
 250 \r
 251         gg.fillRect(0,\r
 252                     ((i - starty) * av.charHeight),\r
 253                     getSize().width,\r
 254                     av.charHeight);\r
 255 \r
 256         gg.setColor(currentTextColor);\r
 257 \r
 258         gg.drawString(av.alignment.getSequenceAt(i)\r
 259             .getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,\r
 260                       ((i - starty) * av.charHeight) +\r
 261                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 262       }\r
 263 \r
 264       // add a border\r
 265       gg.setColor(Color.white);\r
 266       gg.fillRect(getSize().width - 4, 0, 4, getSize().height);\r
 267     }\r
 268 \r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 272   {\r
 273     searchResults = found;\r
 274     repaint();\r
 275   }\r
 276 }\r