src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.awt.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 public class IdCanvas
  27     extends Panel
  28 {
  29   protected AlignViewport av;
  30
  31   protected boolean showScores = true;
  32
  33   protected int maxIdLength = -1;
  34   protected String maxIdStr = null;
  35   Image image;
  36   Graphics gg;
  37   int imgHeight = 0;
  38   boolean fastPaint = false;
  39
  40   java.util.Vector searchResults;
  41
  42   public IdCanvas(AlignViewport av)
  43   {
  44     setLayout(null);
  45     this.av = av;
  46     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  47   }
  48
  49   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,
  50                            int ypos)
  51   {
  52     int charHeight = av.getCharHeight();
  53
  54     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))
  55     {
  56       gg.setColor(Color.black);
  57       gg.fillRect(0, ( (i - starty) * charHeight) + ypos,
  58                   getSize().width, charHeight);
  59       gg.setColor(Color.white);
  60     }
  61     else if (av.getSelectionGroup() != null &&
  62              av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(s))
  63     {
  64       gg.setColor(Color.lightGray);
  65       gg.fillRect(0, ( (i - starty) * charHeight) + ypos,
  66                   getSize().width, charHeight);
  67       gg.setColor(Color.white);
  68     }
  69     else
  70     {
  71       gg.setColor(av.getSequenceColour(s));
  72       gg.fillRect(0, ( (i - starty) * charHeight) + ypos,
  73                   getSize().width, charHeight);
  74       gg.setColor(Color.black);
  75     }
  76
  77     gg.drawString(s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()), 0,
  78                   ( (i - starty) * charHeight) + ypos +
  79                   charHeight - (charHeight / 5));
  80
  81     if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)
  82     {
  83       drawMarker(i, starty, ypos);
  84     }
  85
  86   }
  87
  88   public void fastPaint(int vertical)
  89   {
  90     if (gg == null)
  91     {
  92       repaint();
  93       return;
  94     }
  95
  96     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);
  97
  98     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;
  99     if (vertical > 0) // scroll down
 100     {
 101       ss = es - vertical;
 102       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 103       {
 104         ss = av.startSeq;
 105       }
 106       else
 107       {
 108         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;
 109       }
 110     }
 111     else if (vertical < 0)
 112     {
 113       es = ss - vertical;
 114       if (es > av.endSeq)
 115       {
 116         es = av.endSeq;
 117       }
 118     }
 119
 120     gg.translate(0, transY);
 121
 122     drawIds(ss, es);
 123
 124     gg.translate(0, -transY);
 125
 126     fastPaint = true;
 127     repaint();
 128   }
 129
 130   public void update(Graphics g)
 131   {
 132     paint(g);
 133   }
 134
 135   public void paint(Graphics g)
 136   {
 137     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)
 138     {
 139       return;
 140     }
 141     if (fastPaint)
 142     {
 143       fastPaint = false;
 144       g.drawImage(image, 0, 0, this);
 145       return;
 146     }
 147
 148     imgHeight = getSize().height;
 149     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;
 150
 151     if (imgHeight < 1)
 152     {
 153       return;
 154     }
 155
 156     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))
 157     {
 158       image = createImage(getSize().width, imgHeight);
 159       gg = image.getGraphics();
 160       gg.setFont(av.getFont());
 161     }
 162
 163     //Fill in the background
 164     gg.setColor(Color.white);
 165     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,
 166                            av.getFont().getSize());
 167     gg.setFont(italic);
 168
 169     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 170     drawIds(av.startSeq, av.endSeq);
 171     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 172   }
 173
 174   void drawIds(int starty, int endy)
 175   {
 176     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,
 177                            av.getFont().getSize());
 178
 179     gg.setFont(italic);
 180
 181     Color currentColor = Color.white;
 182     Color currentTextColor = Color.black;
 183
 184     if (av.getWrapAlignment())
 185     {
 186       int maxwidth = av.alignment.getWidth();
 187       int alheight = av.alignment.getHeight();
 188
 189       if (av.hasHiddenColumns)
 190       {
 191         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 192       }
 193
 194       int annotationHeight = 0;
 195       AnnotationLabels labels = null;
 196
 197       if (av.showAnnotation)
 198       {
 199         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);
 200         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();
 201         labels = new AnnotationLabels(av);
 202       }
 203
 204       int hgap = av.charHeight;
 205       if (av.scaleAboveWrapped)
 206       {
 207         hgap += av.charHeight;
 208       }
 209
 210       int cHeight = alheight * av.charHeight
 211           + hgap
 212           + annotationHeight;
 213
 214       int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();
 215
 216       // Draw the rest of the panels
 217       for (int ypos = hgap, row = av.startRes;
 218            (ypos <= getSize().height) && (row < maxwidth);
 219            ypos += cHeight, row += rowSize)
 220       {
 221         for (int i = starty; i < alheight; i++)
 222         {
 223
 224           SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);
 225           gg.setFont(italic);
 226           if (av.hasHiddenRows)
 227           {
 228             setHiddenFont(s);
 229           }
 230           drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);
 231         }
 232
 233         if (labels != null)
 234         {
 235           gg.translate(0, ypos + (alheight * av.charHeight));
 236           labels.drawComponent(gg, getSize().width);
 237           gg.translate(0, -ypos - (alheight * av.charHeight));
 238         }
 239
 240       }
 241     }
 242     else
 243     {
 244       //Now draw the id strings
 245       SequenceI seq;
 246       for (int i = starty; i < endy; i++)
 247       {
 248
 249         seq = av.alignment.getSequenceAt(i);
 250         if (seq == null)
 251         {
 252           continue;
 253         }
 254         gg.setFont(italic);
 255         //boolean isrep=false;
 256         if (av.hasHiddenRows)
 257         {
 258           //isrep =
 259           setHiddenFont(seq);
 260         }
 261
 262         // Selected sequence colours
 263         if ( (searchResults != null) &&
 264             searchResults.contains(seq))
 265         {
 266           currentColor = Color.black;
 267           currentTextColor = Color.white;
 268         }
 269         else if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&
 270                  av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(seq))
 271         {
 272           currentColor = Color.lightGray;
 273           currentTextColor = Color.black;
 274         }
 275         else
 276         {
 277           currentColor = av.getSequenceColour(seq);
 278           currentTextColor = Color.black;
 279         }
 280
 281         gg.setColor(currentColor);
 282         // TODO: isrep could be used to highlight the representative in a different way
 283         gg.fillRect(0, (i - starty) * av.charHeight, getSize().width,
 284                     av.charHeight);
 285         gg.setColor(currentTextColor);
 286
 287         gg.drawString(seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix()),
 288                       0,
 289                       ( ( (i - starty) * av.charHeight) + av.charHeight) -
 290                       (av.charHeight / 5));
 291
 292         if (av.hasHiddenRows && av.showHiddenMarkers)
 293         {
 294           drawMarker(i, starty, 0);
 295         }
 296       }
 297     }
 298   }
 299
 300   public void setHighlighted(java.util.Vector found)
 301   {
 302     searchResults = found;
 303     repaint();
 304   }
 305
 306   void drawMarker(int i, int starty, int yoffset)
 307   {
 308     SequenceI[] hseqs = av.alignment.getHiddenSequences().hiddenSequences;
 309     //Use this method here instead of calling hiddenSeq adjust
 310     //3 times.
 311     int hSize = hseqs.length;
 312
 313     int hiddenIndex = i;
 314     int lastIndex = i - 1;
 315     int nextIndex = i + 1;
 316
 317
 318     for (int j = 0; j < hSize; j++)
 319     {
 320       if (hseqs[j] != null)
 321       {
 322         if (j - 1 < hiddenIndex)
 323         {
 324           hiddenIndex++;
 325         }
 326         if (j - 1 < lastIndex)
 327         {
 328           lastIndex++;
 329         }
 330         if (j - 1 < nextIndex)
 331         {
 332           nextIndex++;
 333         }
 334       }
 335     }
 336
 337     boolean below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 338     boolean above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 339
 340     gg.setColor(Color.blue);
 341     if (below)
 342     {
 343       gg.fillPolygon(new int[]
 344                      {getSize().width - av.charHeight,
 345                      getSize().width - av.charHeight,
 346                      getSize().width},
 347                      new int[]
 348                      {
 349                      (i - starty) * av.charHeight + yoffset,
 350                      (i - starty) * av.charHeight + yoffset + av.charHeight / 4,
 351                      (i - starty) * av.charHeight + yoffset
 352       }, 3);
 353     }
 354     if (above)
 355     {
 356       gg.fillPolygon(new int[]
 357                      {getSize().width - av.charHeight,
 358                      getSize().width - av.charHeight,
 359                      getSize().width},
 360                      new int[]
 361                      {
 362                      (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset,
 363                      (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset -
 364                      av.charHeight / 4,
 365                      (i - starty + 1) * av.charHeight + yoffset
 366       }, 3);
 367
 368     }
 369   }
 370   boolean setHiddenFont(SequenceI seq)
 371   {
 372     Font bold = new Font(av.getFont().getName(), Font.BOLD
 373             ,
 374                          av.getFont().getSize());
 375
 376     if (av.hiddenRepSequences != null &&
 377         av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))
 378     {
 379       gg.setFont(bold);
 380       return true;
 381     }
 382     return false;
 383   }
 384 }