src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 public class IdCanvas extends Panel\r
   7 {\r
   8   protected AlignViewport av;\r
   9 \r
  10   protected boolean showScores  = true;\r
  11 \r
  12   protected int     maxIdLength = -1;\r
  13   protected String  maxIdStr    = null;\r
  14   Image image;\r
  15   Graphics gg;\r
  16   int imgHeight=0;\r
  17   boolean fastPaint = false;\r
  18 \r
  19   java.util.Vector searchResults;\r
  20 \r
  21   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  22   {\r
  23     setLayout(null);\r
  24     this.av         = av;\r
  25     PaintRefresher.Register(this);\r
  26   }\r
  27 \r
  28   public void drawIdString(Graphics gg,SequenceI s,int i, int starty, int ypos) {\r
  29       int charHeight = av.getCharHeight();\r
  30 \r
  31       if(searchResults!=null && searchResults.contains(s))\r
  32       {\r
  33         gg.setColor(Color.black);\r
  34         gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getSize().width,charHeight);\r
  35         gg.setColor(Color.white);\r
  36       }\r
  37       else if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().sequences.contains(s)) {\r
  38           gg.setColor(Color.lightGray);\r
  39           gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getSize().width,charHeight);\r
  40           gg.setColor(Color.white);\r
  41       } else {\r
  42           gg.setColor(s.getColor());\r
  43           gg.fillRect(0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight)+ ypos,getSize().width,charHeight);\r
  44           gg.setColor(Color.black);\r
  45       }\r
  46 \r
  47       String string = s.getName();\r
  48       if(av.getShowFullId())\r
  49         string = s.getDisplayId();\r
  50 \r
  51       gg.drawString(string,0,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,i,charHeight) + ypos + charHeight-   (charHeight/5));\r
  52 \r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void fastPaint(int vertical)\r
  56   {\r
  57     if(gg==null)\r
  58     {  repaint(); return;}\r
  59 \r
  60     gg.copyArea( 0,0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical*av.charHeight );\r
  61 \r
  62     int ss=av.startSeq, es=av.endSeq, transY = 0;\r
  63     if (vertical > 0) // scroll down\r
  64      {\r
  65        ss = es - vertical;\r
  66        if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
  67          ss = av.startSeq;\r
  68        else\r
  69          transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
  70      }\r
  71      else if (vertical < 0)\r
  72      {\r
  73        es = ss - vertical;\r
  74        if(es > av.endSeq)\r
  75          es = av.endSeq;\r
  76      }\r
  77 \r
  78 \r
  79 \r
  80         gg.translate(0, transY);\r
  81 \r
  82         drawIds(ss, es);\r
  83 \r
  84         gg.translate( 0, -transY );\r
  85 \r
  86 \r
  87       fastPaint = true;\r
  88       repaint();\r
  89   }\r
  90 \r
  91   public void update(Graphics g)\r
  92   {\r
  93     paint(g);\r
  94   }\r
  95   public void paint(Graphics g)\r
  96   {\r
  97     if(getSize().height<0 || getSize().width<0)\r
  98       return;\r
  99     if (fastPaint)\r
 100     {\r
 101       fastPaint = false;\r
 102       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 103       return;\r
 104     }\r
 105 \r
 106     imgHeight = getSize().height;\r
 107     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 108 \r
 109     if(image==null || imgHeight!=image.getHeight(this))\r
 110     {\r
 111       image = createImage(getSize().width, imgHeight);\r
 112       gg = image.getGraphics();\r
 113       gg.setFont(av.getFont());\r
 114     }\r
 115 \r
 116       //Fill in the background\r
 117       gg.setColor(Color.white);\r
 118       Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 119                            av.getFont().getSize());\r
 120       gg.setFont(italic);\r
 121 \r
 122     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 123     drawIds( av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 124     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 125   }\r
 126 \r
 127   void drawIds(int starty, int endy)\r
 128   {\r
 129     Color currentColor     = Color.white;\r
 130     Color currentTextColor = Color.black;\r
 131 \r
 132     if (av.getWrapAlignment())\r
 133     {\r
 134 \r
 135           int rowSize =  av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 136           // Draw the rest of the panels\r
 137 \r
 138           for(int ypos=2*av.charHeight, row=av.startRes;\r
 139               ypos <= getSize().height && row<av.alignment.getWidth();\r
 140               ypos += av.chunkHeight, row+=rowSize )\r
 141           {\r
 142             for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 143             {\r
 144               SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 145               drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 146             }\r
 147           }\r
 148 \r
 149 \r
 150     } else\r
 151     {\r
 152 \r
 153       //Now draw the id strings\r
 154       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 155       {\r
 156         // Selected sequence colours\r
 157 \r
 158         if(searchResults!=null && searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 159         {\r
 160           gg.setColor(Color.black);\r
 161           currentColor = Color.black;\r
 162           currentTextColor = Color.white;\r
 163       }\r
 164       else if (av.getSelectionGroup()!= null\r
 165             && av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 166         {\r
 167           currentColor = Color.lightGray;\r
 168           currentTextColor = Color.black;\r
 169         }\r
 170         else\r
 171         {\r
 172           currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 173           currentTextColor = Color.black;\r
 174         }\r
 175 \r
 176         gg.setColor(currentColor);\r
 177 \r
 178         gg.fillRect(0,\r
 179                     AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 180                     getSize().width,\r
 181                     av.charHeight);\r
 182 \r
 183         gg.setColor(currentTextColor);\r
 184         String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getName();\r
 185         if(av.getShowFullId())\r
 186           string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 187         gg.drawString(string, 0,\r
 188                       AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight) +\r
 189                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 190       }\r
 191 \r
 192       // add a border\r
 193       gg.setColor(Color.white);\r
 194       gg.fillRect(getSize().width-4,0,4,getSize().height);\r
 195     }\r
 196 \r
 197   }\r
 198 \r
 199   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 200   {\r
 201     searchResults = found;\r
 202     repaint();\r
 203   }\r
 204 }\r