src/jalview/appletgui/IdCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 \r
  26 public class IdCanvas\r
  27     extends Panel\r
  28 {\r
  29   protected AlignViewport av;\r
  30 \r
  31   protected boolean showScores = true;\r
  32 \r
  33   protected int maxIdLength = -1;\r
  34   protected String maxIdStr = null;\r
  35   Image image;\r
  36   Graphics gg;\r
  37   int imgHeight = 0;\r
  38   boolean fastPaint = false;\r
  39 \r
  40   java.util.Vector searchResults;\r
  41 \r
  42   public IdCanvas(AlignViewport av)\r
  43   {\r
  44     setLayout(null);\r
  45     this.av = av;\r
  46     PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void drawIdString(Graphics gg, SequenceI s, int i, int starty,\r
  50                            int ypos)\r
  51   {\r
  52     int charHeight = av.getCharHeight();\r
  53 \r
  54     if (searchResults != null && searchResults.contains(s))\r
  55     {\r
  56       gg.setColor(Color.black);\r
  57       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  58                   getSize().width, charHeight);\r
  59       gg.setColor(Color.white);\r
  60     }\r
  61     else if (av.getSelectionGroup() != null &&\r
  62              av.getSelectionGroup().sequences.contains(s))\r
  63     {\r
  64       gg.setColor(Color.lightGray);\r
  65       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  66                   getSize().width, charHeight);\r
  67       gg.setColor(Color.white);\r
  68     }\r
  69     else\r
  70     {\r
  71       gg.setColor(s.getColor());\r
  72       gg.fillRect(0, ((i - starty) * charHeight) + ypos,\r
  73                   getSize().width, charHeight);\r
  74       gg.setColor(Color.black);\r
  75     }\r
  76 \r
  77     String string = s.getName();\r
  78     if (av.getShowFullId())\r
  79     {\r
  80       string = s.getDisplayId();\r
  81     }\r
  82 \r
  83     gg.drawString(string, 0,\r
  84                   ((i - starty) * charHeight) + ypos +\r
  85                   charHeight - (charHeight / 5));\r
  86 \r
  87   }\r
  88 \r
  89   public void fastPaint(int vertical)\r
  90   {\r
  91     if (gg == null)\r
  92     {\r
  93       repaint();\r
  94       return;\r
  95     }\r
  96 \r
  97     gg.copyArea(0, 0, getSize().width, imgHeight, 0, -vertical * av.charHeight);\r
  98 \r
  99     int ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transY = 0;\r
 100     if (vertical > 0) // scroll down\r
 101     {\r
 102       ss = es - vertical;\r
 103       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 104       {\r
 105         ss = av.startSeq;\r
 106       }\r
 107       else\r
 108       {\r
 109         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 110       }\r
 111     }\r
 112     else if (vertical < 0)\r
 113     {\r
 114       es = ss - vertical;\r
 115       if (es > av.endSeq)\r
 116       {\r
 117         es = av.endSeq;\r
 118       }\r
 119     }\r
 120 \r
 121     gg.translate(0, transY);\r
 122 \r
 123     drawIds(ss, es);\r
 124 \r
 125     gg.translate(0, -transY);\r
 126 \r
 127     fastPaint = true;\r
 128     repaint();\r
 129   }\r
 130 \r
 131   public void update(Graphics g)\r
 132   {\r
 133     paint(g);\r
 134   }\r
 135 \r
 136   public void paint(Graphics g)\r
 137   {\r
 138     if (getSize().height < 0 || getSize().width < 0)\r
 139     {\r
 140       return;\r
 141     }\r
 142     if (fastPaint)\r
 143     {\r
 144       fastPaint = false;\r
 145       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 146       return;\r
 147     }\r
 148 \r
 149     imgHeight = getSize().height;\r
 150     imgHeight -= imgHeight % av.charHeight;\r
 151 \r
 152     if (imgHeight < 1)\r
 153     {\r
 154       return;\r
 155     }\r
 156 \r
 157     if (image == null || imgHeight != image.getHeight(this))\r
 158     {\r
 159       image = createImage(getSize().width, imgHeight);\r
 160       gg = image.getGraphics();\r
 161       gg.setFont(av.getFont());\r
 162     }\r
 163 \r
 164     if(!jalview.bin.JalviewLite.AWT1)\r
 165     {\r
 166       MyGraphics.AntiAlias(gg);\r
 167     }\r
 168 \r
 169 \r
 170     //Fill in the background\r
 171     gg.setColor(Color.white);\r
 172     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 173                            av.getFont().getSize());\r
 174     gg.setFont(italic);\r
 175 \r
 176     gg.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 177     drawIds(av.getStartSeq(), av.endSeq);\r
 178     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 179   }\r
 180 \r
 181   void drawIds(int starty, int endy)\r
 182   {\r
 183     Color currentColor = Color.white;\r
 184     Color currentTextColor = Color.black;\r
 185     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
 186                              av.getFont().getSize());\r
 187 \r
 188     if (av.getWrapAlignment())\r
 189     {\r
 190       int annotationHeight = 0;\r
 191       AnnotationLabels labels = null;\r
 192 \r
 193       if(av.showAnnotation)\r
 194       {\r
 195         AnnotationPanel ap = new AnnotationPanel(av);\r
 196         annotationHeight = ap.adjustPanelHeight();\r
 197         labels = new AnnotationLabels(av);\r
 198       }\r
 199 \r
 200       int hgap = av.charHeight;\r
 201       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 202         hgap += av.charHeight;\r
 203 \r
 204       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 205           + hgap\r
 206           + annotationHeight;\r
 207 \r
 208         int rowSize = av.getEndRes() - av.getStartRes();\r
 209 \r
 210         // Draw the rest of the panels\r
 211         for (int ypos = hgap, row = av.startRes;\r
 212                 (ypos <= getSize().height) && (row < av.alignment.getWidth());\r
 213                 ypos += cHeight, row += rowSize)\r
 214         {\r
 215             for (int i = starty; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 216             {\r
 217                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 218                 drawIdString(gg, s, i, 0, ypos);\r
 219             }\r
 220 \r
 221             if(labels!=null)\r
 222             {\r
 223               gg.setFont(av.getFont());\r
 224               gg.translate(0, ypos+(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 225               labels.drawComponent(gg, getSize().width);\r
 226               gg.translate(0, -ypos-(av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
 227               gg.setFont(italic);\r
 228             }\r
 229         }\r
 230 \r
 231     }\r
 232     else\r
 233     {\r
 234 \r
 235       //Now draw the id strings\r
 236       for (int i = starty; i < endy; i++)\r
 237       {\r
 238         // Selected sequence colours\r
 239 \r
 240         if (searchResults != null &&\r
 241             searchResults.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 242         {\r
 243           gg.setColor(Color.black);\r
 244           currentColor = Color.black;\r
 245           currentTextColor = Color.white;\r
 246         }\r
 247         else if (av.getSelectionGroup() != null\r
 248                  &&\r
 249                  av.getSelectionGroup().sequences.contains(av.alignment.\r
 250             getSequenceAt(i)))\r
 251         {\r
 252           currentColor = Color.lightGray;\r
 253           currentTextColor = Color.black;\r
 254         }\r
 255         else\r
 256         {\r
 257           currentColor = av.alignment.getSequenceAt(i).getColor();\r
 258           currentTextColor = Color.black;\r
 259         }\r
 260 \r
 261         gg.setColor(currentColor);\r
 262 \r
 263         gg.fillRect(0,\r
 264                     ((i - starty) * av.charHeight),\r
 265                     getSize().width,\r
 266                     av.charHeight);\r
 267 \r
 268         gg.setColor(currentTextColor);\r
 269         String string = av.alignment.getSequenceAt(i).getName();\r
 270         if (av.getShowFullId())\r
 271         {\r
 272           string = av.alignment.getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 273         }\r
 274         gg.drawString(string, 0,\r
 275                       ((i - starty) * av.charHeight) +\r
 276                       av.charHeight - (av.charHeight / 5));\r
 277       }\r
 278 \r
 279       // add a border\r
 280       gg.setColor(Color.white);\r
 281       gg.fillRect(getSize().width - 4, 0, 4, getSize().height);\r
 282     }\r
 283 \r
 284   }\r
 285 \r
 286   public void setHighlighted(java.util.Vector found)\r
 287   {\r
 288     searchResults = found;\r
 289     repaint();\r
 290   }\r
 291 }\r