Takes string[] instead of seq[]
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / IdPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 import java.awt.event.*;\r
24 \r
25 import jalview.datamodel.*;\r
26 \r
27 public class IdPanel\r
28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
29 {\r
30 \r
31   protected IdCanvas idCanvas;\r
32   protected AlignViewport av;\r
33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
34   ScrollThread scrollThread = null;\r
35 \r
36   int offy;\r
37   int width;\r
38   int lastid = -1;\r
39   boolean mouseDragging = false;\r
40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
41 \r
42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
43   {\r
44     this.av = av;\r
45     alignPanel = parent;\r
46     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
47     setLayout(new BorderLayout());\r
48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
49     idCanvas.addMouseListener(this);\r
50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
51 \r
52     String label, url;\r
53     if(parent.alignFrame.applet!=null)\r
54     {\r
55       for (int i = 1; i < 10; i++)\r
56       {\r
57         label = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkLabel_" + i);\r
58         url = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkURL_" + i);\r
59 \r
60         if (label != null && url != null)\r
61           links.addElement(label + "|" + url);\r
62 \r
63       }\r
64     }\r
65     if (links.size() < 1)\r
66     {\r
67       links = new java.util.Vector();\r
68       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2");\r
69     }\r
70   }\r
71 \r
72   Tooltip tooltip;\r
73   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
74   {\r
75     int y = e.getY();\r
76     if (av.getWrapAlignment())\r
77     {\r
78       y -= 2 * av.charHeight;\r
79     }\r
80 \r
81     int seq = av.getIndex(y);\r
82     if (seq == -1)\r
83     {\r
84       return;\r
85     }\r
86 \r
87     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
88 \r
89     if(sequence.getDescription()==null)\r
90     {\r
91       if(tooltip!=null)\r
92         tooltip.setVisible(false);\r
93       tooltip = null;\r
94       return;\r
95     }\r
96 \r
97     if (tooltip == null)\r
98       tooltip = new Tooltip(\r
99           sequence.getDisplayId(true)\r
100           + "\n" + sequence.getDescription(), idCanvas);\r
101     else\r
102       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true)\r
103                      + "\n" + sequence.getDescription());\r
104 \r
105     tooltip.repaint();\r
106 \r
107   }\r
108 \r
109   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
110   {\r
111     mouseDragging = true;\r
112 \r
113     int y = e.getY();\r
114     if (av.getWrapAlignment())\r
115     {\r
116       y -= 2 * av.charHeight;\r
117     }\r
118     int seq = av.getIndex(y);\r
119 \r
120     if (seq < 0)\r
121     {\r
122       return;\r
123     }\r
124 \r
125     if (seq < lastid)\r
126     {\r
127       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
128     }\r
129     else if (seq > lastid)\r
130     {\r
131       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
132     }\r
133 \r
134     lastid = seq;\r
135     alignPanel.repaint();\r
136   }\r
137 \r
138   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
139   {\r
140     if (e.getClickCount() < 2)\r
141         return;\r
142 \r
143     int y = e.getY();\r
144 \r
145     if (av.getWrapAlignment())\r
146     {\r
147       y -= (2 * av.charHeight);\r
148     }\r
149 \r
150     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
151     int seq = av.getIndex(y);\r
152     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
153     if (id.indexOf("|") > -1)\r
154         id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
155 \r
156     String target = links.elementAt(0).toString();\r
157     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));\r
158     String url = links.elementAt(0).toString();\r
159     url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
160 \r
161     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
162     url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
163 \r
164     try\r
165     {\r
166 \r
167       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);\r
168     }\r
169     catch (Exception ex)\r
170     {\r
171       ex.printStackTrace();\r
172     }\r
173   }\r
174 \r
175   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
176   {\r
177     if (scrollThread != null)\r
178     {\r
179       scrollThread.running = false;\r
180     }\r
181   }\r
182 \r
183   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
184   {\r
185     if (av.getWrapAlignment())\r
186     {\r
187       return;\r
188     }\r
189 \r
190     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
191     {\r
192       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
193     }\r
194 \r
195     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
196         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
197     {\r
198       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
199     }\r
200   }\r
201 \r
202   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
203   {\r
204     if (e.getClickCount() >1 )\r
205     {\r
206       return;\r
207     }\r
208 \r
209     int y = e.getY();\r
210     if (av.getWrapAlignment())\r
211     {\r
212       y -= 2 * av.charHeight;\r
213     }\r
214 \r
215     int seq = av.getIndex(y);\r
216     if (seq == -1)\r
217     {\r
218       return;\r
219     }\r
220 \r
221     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
222         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
223     {\r
224       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq), links);\r
225       this.add(popup);\r
226       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
227       return;\r
228     }\r
229 \r
230 \r
231     if ((av.getSelectionGroup() == null) ||\r
232             ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))\r
233     {\r
234       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
235       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
236       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
237     }\r
238 \r
239 \r
240     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
241     {\r
242       selectSeqs(lastid, seq);\r
243     }\r
244     else\r
245     {\r
246       selectSeq(seq);\r
247     }\r
248 \r
249     alignPanel.repaint();\r
250   }\r
251 \r
252   void selectSeq(int seq)\r
253   {\r
254     lastid = seq;\r
255     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
256     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
257   }\r
258 \r
259   void selectSeqs(int start, int end)\r
260   {\r
261 \r
262     lastid = start;\r
263     if (end < start)\r
264     {\r
265       int tmp = start;\r
266       start = end;\r
267       end = tmp;\r
268       lastid = end;\r
269     }\r
270 \r
271     for (int i = start; i <= end; i++)\r
272     {\r
273       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
274     }\r
275 \r
276   }\r
277 \r
278   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
279   {\r
280     if (scrollThread != null)\r
281     {\r
282       scrollThread.running = false;\r
283     }\r
284 \r
285     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
286       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
287 \r
288     mouseDragging = false;\r
289     PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
290   }\r
291 \r
292   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
293   {\r
294     idCanvas.setHighlighted(found);\r
295 \r
296     if (found == null)\r
297     {\r
298       return;\r
299     }\r
300 \r
301     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
302 \r
303     // do we need to scroll the panel?\r
304     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
305     {\r
306       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
307     }\r
308   }\r
309 \r
310   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
311   class ScrollThread\r
312       extends Thread\r
313   {\r
314     boolean running = false;\r
315     boolean up = true;\r
316     public ScrollThread(boolean up)\r
317     {\r
318       this.up = up;\r
319       start();\r
320     }\r
321 \r
322     public void stopScrolling()\r
323     {\r
324       running = false;\r
325     }\r
326 \r
327     public void run()\r
328     {\r
329       running = true;\r
330       while (running)\r
331       {\r
332         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
333         {\r
334           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
335           int seq = av.getStartSeq();\r
336           if (!up)\r
337           {\r
338             seq = av.getEndSeq();\r
339           }\r
340 \r
341           if (seq < lastid)\r
342           {\r
343             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
344           }\r
345           else if (seq > lastid)\r
346           {\r
347             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
348           }\r
349 \r
350           lastid = seq;\r
351         }\r
352         else\r
353         {\r
354           running = false;\r
355         }\r
356 \r
357         alignPanel.repaint();\r
358         try\r
359         {\r
360           Thread.sleep(100);\r
361         }\r
362         catch (Exception ex)\r
363         {}\r
364       }\r
365     }\r
366   }\r
367 \r
368 }\r