src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel\r
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected IdCanvas idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35 \r
  36   int offy;\r
  37   int width;\r
  38   int lastid = -1;\r
  39   boolean mouseDragging = false;\r
  40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
  41 \r
  42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     alignPanel = parent;\r
  46     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  47     setLayout(new BorderLayout());\r
  48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  49     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52     String label, url;\r
  53     if(av.applet!=null)\r
  54     {\r
  55       for (int i = 1; i < 10; i++)\r
  56       {\r
  57         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);\r
  58         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);\r
  59 \r
  60         if (label != null && url != null)\r
  61           links.addElement(label + "|" + url);\r
  62 \r
  63       }\r
  64     }\r
  65     if (links.size() < 1)\r
  66     {\r
  67       links = new java.util.Vector();\r
  68       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");\r
  69     }\r
  70   }\r
  71 \r
  72   Tooltip tooltip;\r
  73   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  74   {\r
  75     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
  76 \r
  77     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
  78 \r
  79     if(sequence.getDescription()==null)\r
  80     {\r
  81       if(tooltip!=null)\r
  82         tooltip.setVisible(false);\r
  83       tooltip = null;\r
  84       return;\r
  85     }\r
  86 \r
  87     if (tooltip == null)\r
  88       tooltip = new Tooltip(\r
  89           sequence.getDisplayId(true)\r
  90           + "\n" + sequence.getDescription(), idCanvas);\r
  91     else\r
  92       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true)\r
  93                      + "\n" + sequence.getDescription());\r
  94 \r
  95     tooltip.repaint();\r
  96 \r
  97   }\r
  98 \r
  99   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
 100   {\r
 101     mouseDragging = true;\r
 102 \r
 103     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));\r
 104 \r
 105     if (seq < lastid)\r
 106     {\r
 107       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 108     }\r
 109     else if (seq > lastid)\r
 110     {\r
 111       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 112     }\r
 113 \r
 114     lastid = seq;\r
 115     alignPanel.repaint();\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 119   {\r
 120     if (e.getClickCount() < 2)\r
 121         return;\r
 122 \r
 123 \r
 124     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 125     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
 126     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 127     if (id.indexOf("|") > -1)\r
 128         id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 129 \r
 130     String target = links.elementAt(0).toString();\r
 131     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));\r
 132     String url = links.elementAt(0).toString();\r
 133     url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
 134 \r
 135     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 136     url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
 137 \r
 138     try\r
 139     {\r
 140 \r
 141       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);\r
 142     }\r
 143     catch (Exception ex)\r
 144     {\r
 145       ex.printStackTrace();\r
 146     }\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 150   {\r
 151     if (scrollThread != null)\r
 152     {\r
 153       scrollThread.running = false;\r
 154     }\r
 155   }\r
 156 \r
 157   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 158   {\r
 159     if (av.getWrapAlignment())\r
 160     {\r
 161       return;\r
 162     }\r
 163 \r
 164     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 165     {\r
 166       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 167     }\r
 168 \r
 169     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
 170         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 171     {\r
 172       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 173     }\r
 174   }\r
 175 \r
 176   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 177   {\r
 178     if (e.getClickCount() >1 )\r
 179     {\r
 180       return;\r
 181     }\r
 182 \r
 183     int y = e.getY();\r
 184     if (av.getWrapAlignment())\r
 185     {\r
 186       y -= 2 * av.charHeight;\r
 187     }\r
 188 \r
 189     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
 190 \r
 191     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 192         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 193     {\r
 194       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq), links);\r
 195       this.add(popup);\r
 196       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 197       return;\r
 198     }\r
 199 \r
 200 \r
 201     if ((av.getSelectionGroup() == null) ||\r
 202             ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))\r
 203     {\r
 204       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 205       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 206       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 207     }\r
 208 \r
 209 \r
 210     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
 211     {\r
 212       selectSeqs(lastid, seq);\r
 213     }\r
 214     else\r
 215     {\r
 216       selectSeq(seq);\r
 217     }\r
 218 \r
 219     alignPanel.repaint();\r
 220   }\r
 221 \r
 222   void selectSeq(int seq)\r
 223   {\r
 224     lastid = seq;\r
 225     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 226     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
 227   }\r
 228 \r
 229   void selectSeqs(int start, int end)\r
 230   {\r
 231 \r
 232     lastid = start;\r
 233     if (end < start)\r
 234     {\r
 235       int tmp = start;\r
 236       start = end;\r
 237       end = tmp;\r
 238       lastid = end;\r
 239     }\r
 240 \r
 241     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 242     {\r
 243       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 244     }\r
 245 \r
 246   }\r
 247 \r
 248   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 249   {\r
 250     if (scrollThread != null)\r
 251     {\r
 252       scrollThread.running = false;\r
 253     }\r
 254 \r
 255     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 256       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 257 \r
 258     mouseDragging = false;\r
 259     PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 260   }\r
 261 \r
 262   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 263   {\r
 264     idCanvas.setHighlighted(found);\r
 265 \r
 266     if (found == null)\r
 267     {\r
 268       return;\r
 269     }\r
 270 \r
 271     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
 272 \r
 273     // do we need to scroll the panel?\r
 274     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
 275     {\r
 276       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 277     }\r
 278   }\r
 279 \r
 280   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 281   class ScrollThread\r
 282       extends Thread\r
 283   {\r
 284     boolean running = false;\r
 285     boolean up = true;\r
 286     public ScrollThread(boolean up)\r
 287     {\r
 288       this.up = up;\r
 289       start();\r
 290     }\r
 291 \r
 292     public void stopScrolling()\r
 293     {\r
 294       running = false;\r
 295     }\r
 296 \r
 297     public void run()\r
 298     {\r
 299       running = true;\r
 300       while (running)\r
 301       {\r
 302         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 303         {\r
 304           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 305           int seq = av.getStartSeq();\r
 306           if (!up)\r
 307           {\r
 308             seq = av.getEndSeq();\r
 309           }\r
 310 \r
 311           if (seq < lastid)\r
 312           {\r
 313             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 314           }\r
 315           else if (seq > lastid && seq<av.alignment.getHeight())\r
 316           {\r
 317             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 318           }\r
 319 \r
 320 \r
 321           lastid = seq;\r
 322         }\r
 323         else\r
 324         {\r
 325           running = false;\r
 326         }\r
 327 \r
 328         alignPanel.repaint();\r
 329         try\r
 330         {\r
 331           Thread.sleep(100);\r
 332         }\r
 333         catch (Exception ex)\r
 334         {}\r
 335       }\r
 336     }\r
 337   }\r
 338 \r
 339 }\r