elementAt instead of get for 1.1 compatibility
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / IdPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 import java.awt.event.*;\r
24 \r
25 import jalview.datamodel.*;\r
26 \r
27 public class IdPanel\r
28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
29 {\r
30 \r
31   protected IdCanvas idCanvas;\r
32   protected AlignViewport av;\r
33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
34   ScrollThread scrollThread = null;\r
35 \r
36   int offy;\r
37   int width;\r
38   int lastid = -1;\r
39   boolean mouseDragging = false;\r
40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
41 \r
42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
43   {\r
44     this.av = av;\r
45     alignPanel = parent;\r
46     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
47     setLayout(new BorderLayout());\r
48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
49     idCanvas.addMouseListener(this);\r
50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
51 \r
52     String label, url;\r
53     if(av.applet!=null)\r
54     {\r
55       for (int i = 1; i < 10; i++)\r
56       {\r
57         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);\r
58         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);\r
59 \r
60         if (label != null && url != null)\r
61           links.addElement(label + "|" + url);\r
62 \r
63       }\r
64     }\r
65     if (links.size() < 1)\r
66     {\r
67       links = new java.util.Vector();\r
68       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");\r
69     }\r
70   }\r
71 \r
72   Tooltip tooltip;\r
73   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
74   {\r
75     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
76 \r
77     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
78 \r
79     if(sequence.getDescription()==null)\r
80     {\r
81       if(tooltip!=null)\r
82         tooltip.setVisible(false);\r
83       tooltip = null;\r
84       return;\r
85     }\r
86 \r
87     if (tooltip == null)\r
88       tooltip = new Tooltip(\r
89           sequence.getDisplayId(true)\r
90           + "\n" + sequence.getDescription(), idCanvas);\r
91     else\r
92       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true)\r
93                      + "\n" + sequence.getDescription());\r
94 \r
95     tooltip.repaint();\r
96 \r
97   }\r
98 \r
99   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
100   {\r
101     mouseDragging = true;\r
102 \r
103     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));\r
104 \r
105     if (seq < lastid)\r
106     {\r
107       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
108     }\r
109     else if (seq > lastid)\r
110     {\r
111       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
112     }\r
113 \r
114     lastid = seq;\r
115     alignPanel.repaint();\r
116   }\r
117 \r
118   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
119   {\r
120     if (e.getClickCount() < 2)\r
121         return;\r
122 \r
123 \r
124     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
125     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
126     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
127     if (id.indexOf("|") > -1)\r
128         id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
129 \r
130     String target = links.elementAt(0).toString();\r
131     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));\r
132     String url = links.elementAt(0).toString();\r
133     url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
134 \r
135     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
136     url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
137 \r
138     try\r
139     {\r
140 \r
141       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);\r
142     }\r
143     catch (Exception ex)\r
144     {\r
145       ex.printStackTrace();\r
146     }\r
147   }\r
148 \r
149   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
150   {\r
151     if (scrollThread != null)\r
152     {\r
153       scrollThread.running = false;\r
154     }\r
155   }\r
156 \r
157   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
158   {\r
159     if (av.getWrapAlignment())\r
160     {\r
161       return;\r
162     }\r
163 \r
164     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
165     {\r
166       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
167     }\r
168 \r
169     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
170         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
171     {\r
172       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
173     }\r
174   }\r
175 \r
176   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
177   {\r
178     if (e.getClickCount() >1 )\r
179     {\r
180       return;\r
181     }\r
182 \r
183     int y = e.getY();\r
184     if (av.getWrapAlignment())\r
185     {\r
186       y -= 2 * av.charHeight;\r
187     }\r
188 \r
189     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
190 \r
191     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
192         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
193     {\r
194       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq), links);\r
195       this.add(popup);\r
196       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
197       return;\r
198     }\r
199 \r
200 \r
201     if ((av.getSelectionGroup() == null) ||\r
202             ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))\r
203     {\r
204       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
205       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
206       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
207     }\r
208 \r
209 \r
210     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
211     {\r
212       selectSeqs(lastid, seq);\r
213     }\r
214     else\r
215     {\r
216       selectSeq(seq);\r
217     }\r
218 \r
219     alignPanel.repaint();\r
220   }\r
221 \r
222   void selectSeq(int seq)\r
223   {\r
224     lastid = seq;\r
225     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
226     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
227   }\r
228 \r
229   void selectSeqs(int start, int end)\r
230   {\r
231 \r
232     lastid = start;\r
233     if (end < start)\r
234     {\r
235       int tmp = start;\r
236       start = end;\r
237       end = tmp;\r
238       lastid = end;\r
239     }\r
240 \r
241     for (int i = start; i <= end; i++)\r
242     {\r
243       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
244     }\r
245 \r
246   }\r
247 \r
248   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
249   {\r
250     if (scrollThread != null)\r
251     {\r
252       scrollThread.running = false;\r
253     }\r
254 \r
255     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
256       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
257 \r
258     mouseDragging = false;\r
259     PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
260   }\r
261 \r
262   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
263   {\r
264     idCanvas.setHighlighted(found);\r
265 \r
266     if (found == null)\r
267     {\r
268       return;\r
269     }\r
270 \r
271     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
272 \r
273     // do we need to scroll the panel?\r
274     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
275     {\r
276       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
277     }\r
278   }\r
279 \r
280   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
281   class ScrollThread\r
282       extends Thread\r
283   {\r
284     boolean running = false;\r
285     boolean up = true;\r
286     public ScrollThread(boolean up)\r
287     {\r
288       this.up = up;\r
289       start();\r
290     }\r
291 \r
292     public void stopScrolling()\r
293     {\r
294       running = false;\r
295     }\r
296 \r
297     public void run()\r
298     {\r
299       running = true;\r
300       while (running)\r
301       {\r
302         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
303         {\r
304           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
305           int seq = av.getStartSeq();\r
306           if (!up)\r
307           {\r
308             seq = av.getEndSeq();\r
309           }\r
310 \r
311           if (seq < lastid)\r
312           {\r
313             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
314           }\r
315           else if (seq > lastid && seq<av.alignment.getHeight())\r
316           {\r
317             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
318           }\r
319 \r
320 \r
321           lastid = seq;\r
322         }\r
323         else\r
324         {\r
325           running = false;\r
326         }\r
327 \r
328         alignPanel.repaint();\r
329         try\r
330         {\r
331           Thread.sleep(100);\r
332         }\r
333         catch (Exception ex)\r
334         {}\r
335       }\r
336     }\r
337   }\r
338 \r
339 }\r