src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26
  27 public class IdPanel
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener
  29 {
  30
  31   protected IdCanvas idCanvas;
  32   protected AlignViewport av;
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;
  34   ScrollThread scrollThread = null;
  35
  36   int offy;
  37   int width;
  38   int lastid = -1;
  39   boolean mouseDragging = false;
  40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();
  41
  42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
  43   {
  44     this.av = av;
  45     alignPanel = parent;
  46     idCanvas = new IdCanvas(av);
  47     setLayout(new BorderLayout());
  48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);
  49     idCanvas.addMouseListener(this);
  50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);
  51
  52     String label, url;
  53     if(av.applet!=null)
  54     {
  55       for (int i = 1; i < 10; i++)
  56       {
  57         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);
  58         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);
  59
  60         if (label != null && url != null)
  61           links.addElement(label + "|" + url);
  62
  63       }
  64     }
  65     if (links.size() < 1)
  66     {
  67       links = new java.util.Vector();
  68       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");
  69     }
  70   }
  71
  72   Tooltip tooltip;
  73   public void mouseMoved(MouseEvent e)
  74   {
  75     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
  76
  77     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
  78
  79     if(sequence.getDescription()==null)
  80     {
  81       if(tooltip!=null)
  82         tooltip.setVisible(false);
  83       tooltip = null;
  84       return;
  85     }
  86
  87     if (tooltip == null)
  88       tooltip = new Tooltip(
  89           sequence.getDisplayId(true)
  90           + "\n" + sequence.getDescription(), idCanvas);
  91     else
  92       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true)
  93                      + "\n" + sequence.getDescription());
  94
  95     tooltip.repaint();
  96
  97   }
  98
  99   public void mouseDragged(MouseEvent e)
 100   {
 101     mouseDragging = true;
 102
 103     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));
 104
 105     if (seq < lastid)
 106     {
 107       selectSeqs(lastid - 1, seq);
 108     }
 109     else if (seq > lastid)
 110     {
 111       selectSeqs(lastid + 1, seq);
 112     }
 113
 114     lastid = seq;
 115     alignPanel.repaint();
 116   }
 117
 118   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 119   {
 120     if (e.getClickCount() < 2)
 121         return;
 122
 123
 124     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
 125     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 126     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();
 127     if (id.indexOf("|") > -1)
 128         id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);
 129
 130     String target = links.elementAt(0).toString();
 131     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));
 132     String url = links.elementAt(0).toString();
 133     url = url.substring(url.indexOf("|")+1);
 134
 135     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");
 136     url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);
 137
 138     try
 139     {
 140
 141       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);
 142     }
 143     catch (Exception ex)
 144     {
 145       ex.printStackTrace();
 146     }
 147   }
 148
 149   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 150   {
 151     if (scrollThread != null)
 152     {
 153       scrollThread.running = false;
 154     }
 155   }
 156
 157   public void mouseExited(MouseEvent e)
 158   {
 159     if (av.getWrapAlignment())
 160     {
 161       return;
 162     }
 163
 164     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
 165     {
 166       scrollThread = new ScrollThread(true);
 167     }
 168
 169     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&
 170         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())
 171     {
 172       scrollThread = new ScrollThread(false);
 173     }
 174   }
 175
 176   public void mousePressed(MouseEvent e)
 177   {
 178     if (e.getClickCount() >1 )
 179     {
 180       return;
 181     }
 182
 183     int y = e.getY();
 184     if (av.getWrapAlignment())
 185     {
 186       y -= 2 * av.charHeight;
 187     }
 188
 189     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 190
 191     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==
 192         InputEvent.BUTTON3_MASK)
 193     {
 194       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq), links);
 195       this.add(popup);
 196       popup.show(this, e.getX(), e.getY());
 197       return;
 198     }
 199
 200
 201     if ((av.getSelectionGroup() == null) ||
 202             ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))
 203     {
 204       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 205       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);
 206       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);
 207     }
 208
 209
 210     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)
 211     {
 212       selectSeqs(lastid, seq);
 213     }
 214     else
 215     {
 216       selectSeq(seq);
 217     }
 218
 219     alignPanel.repaint();
 220   }
 221
 222   void selectSeq(int seq)
 223   {
 224     lastid = seq;
 225     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 226     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);
 227   }
 228
 229   void selectSeqs(int start, int end)
 230   {
 231
 232     lastid = start;
 233     if (end < start)
 234     {
 235       int tmp = start;
 236       start = end;
 237       end = tmp;
 238       lastid = end;
 239     }
 240
 241     for (int i = start; i <= end; i++)
 242     {
 243       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 244     }
 245
 246   }
 247
 248   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 249   {
 250     if (scrollThread != null)
 251     {
 252       scrollThread.running = false;
 253     }
 254
 255     if(av.getSelectionGroup()!=null)
 256       av.getSelectionGroup().recalcConservation();
 257
 258     mouseDragging = false;
 259     PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);
 260   }
 261
 262   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)
 263   {
 264     idCanvas.setHighlighted(found);
 265
 266     if (found == null)
 267     {
 268       return;
 269     }
 270
 271     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));
 272
 273     // do we need to scroll the panel?
 274     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)
 275     {
 276       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);
 277     }
 278   }
 279
 280   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
 281   class ScrollThread
 282       extends Thread
 283   {
 284     boolean running = false;
 285     boolean up = true;
 286     public ScrollThread(boolean up)
 287     {
 288       this.up = up;
 289       start();
 290     }
 291
 292     public void stopScrolling()
 293     {
 294       running = false;
 295     }
 296
 297     public void run()
 298     {
 299       running = true;
 300       while (running)
 301       {
 302         if (alignPanel.scrollUp(up))
 303         {
 304           // scroll was ok, so add new sequence to selection
 305           int seq = av.getStartSeq();
 306           if (!up)
 307           {
 308             seq = av.getEndSeq();
 309           }
 310
 311           if (seq < lastid)
 312           {
 313             selectSeqs(lastid - 1, seq);
 314           }
 315           else if (seq > lastid && seq<av.alignment.getHeight())
 316           {
 317             selectSeqs(lastid + 1, seq);
 318           }
 319
 320
 321           lastid = seq;
 322         }
 323         else
 324         {
 325           running = false;
 326         }
 327
 328         alignPanel.repaint();
 329         try
 330         {
 331           Thread.sleep(100);
 332         }
 333         catch (Exception ex)
 334         {}
 335       }
 336     }
 337   }
 338
 339 }