src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 \r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 \r
   8 public class IdPanel extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener {\r
   9 \r
  10   protected IdCanvas       idCanvas;\r
  11   protected AlignViewport  av;\r
  12   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  13   ScrollThread scrollThread = null;\r
  14 \r
  15   int            offy;\r
  16   int            width;\r
  17   int lastid = -1;\r
  18   boolean mouseDragging = false;\r
  19 \r
  20   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  21   {\r
  22     this.av         = av;\r
  23     alignPanel = parent;\r
  24     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  25     setLayout(new BorderLayout());\r
  26     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  27     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  28     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  29   }\r
  30 \r
  31   public void mouseMoved(MouseEvent e) {}\r
  32 \r
  33 \r
  34   public void mouseDragged(MouseEvent e) {\r
  35     mouseDragging = true;\r
  36 \r
  37     int y = e.getY();\r
  38     if(av.getWrapAlignment())\r
  39       y-=2*av.charHeight;\r
  40     int seq = av.getIndex(y);\r
  41 \r
  42     if(seq<0)\r
  43       return;\r
  44 \r
  45     if (seq < lastid)\r
  46       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  47     else if (seq > lastid)\r
  48       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  49 \r
  50     lastid = seq;\r
  51     alignPanel.repaint();\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  55   {\r
  56     if (e.getClickCount() == 2)\r
  57     {\r
  58        int y = e.getY();\r
  59        if(av.getWrapAlignment())\r
  60          y-=2*av.charHeight;\r
  61 \r
  62        int seq = av.getIndex(y);\r
  63        String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
  64 \r
  65        try{\r
  66          jalview.bin.JalviewLite.showURL(\r
  67              "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
  68              "]+-vn+2");\r
  69        }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
  70     }\r
  71 \r
  72   }\r
  73   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
  74   {\r
  75     if(scrollThread!=null)\r
  76       scrollThread.running = false;\r
  77   }\r
  78 \r
  79   public void mouseExited (MouseEvent e)\r
  80   {\r
  81     if(av.getWrapAlignment())\r
  82       return;\r
  83 \r
  84     if(mouseDragging && e.getY()<0 && av.getStartSeq()>0)\r
  85     {\r
  86       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
  87     }\r
  88 \r
  89     if(mouseDragging && e.getY()>=getSize().height && av.alignment.getHeight()>av.getEndSeq())\r
  90     {\r
  91       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
  92     }\r
  93   }\r
  94 \r
  95 \r
  96   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
  97     if (e.getClickCount() == 2)\r
  98       return;\r
  99 \r
 100     int y = e.getY();\r
 101     if(av.getWrapAlignment())\r
 102       y-=2*av.charHeight;\r
 103 \r
 104     int seq = av.getIndex(y);\r
 105     if (seq == -1)\r
 106       return;\r
 107 \r
 108     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 109     {\r
 110       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, null);\r
 111       this.add(popup);\r
 112       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 113       return;\r
 114     }\r
 115 \r
 116 \r
 117     if(!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() && av.alignment.findGroup( av.alignment.getSequenceAt(seq))!=null)\r
 118     {\r
 119 \r
 120       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 121       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 122       selection.setStartRes(0);\r
 123       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 124       for (int i =0; i< sg.getSize(); i++)\r
 125         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 126 \r
 127       av.setSelectionGroup(selection);\r
 128       return;\r
 129     }\r
 130 \r
 131     if(av.getSelectionGroup()==null || ( !e.isControlDown() && av.getSelectionGroup()!=null))\r
 132       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 133 \r
 134     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 135     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 136 \r
 137     if(e.isShiftDown() && lastid!=-1)\r
 138       selectSeqs(lastid, seq);\r
 139     else\r
 140       selectSeq(seq);\r
 141 \r
 142     alignPanel.repaint();\r
 143   }\r
 144 \r
 145   void selectSeq(int seq)\r
 146   {\r
 147     lastid = seq;\r
 148     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 149     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq);\r
 150   }\r
 151 \r
 152   void selectSeqs(int start, int end) {\r
 153 \r
 154     lastid = start;\r
 155     if (end < start)\r
 156      {\r
 157        int tmp = start;\r
 158        start = end;\r
 159        end   = tmp;\r
 160        lastid = end;\r
 161      }\r
 162 \r
 163      for (int i = start; i <= end; i++)\r
 164         av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 165 \r
 166    }\r
 167 \r
 168 \r
 169   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 170   {\r
 171     if(scrollThread!=null)\r
 172       scrollThread.running = false;\r
 173 \r
 174     mouseDragging = false;\r
 175     PaintRefresher.Refresh(this);\r
 176   }\r
 177 \r
 178   public void highlightSearchResults( java.util.Vector found )\r
 179   {\r
 180     idCanvas.setHighlighted( found );\r
 181 \r
 182     if(found == null)\r
 183       return;\r
 184 \r
 185     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI)found.elementAt(0));\r
 186 \r
 187     // do we need to scroll the panel?\r
 188     if(av.getStartSeq()>index || av.getEndSeq()<index)\r
 189         alignPanel.setScrollValues( av.getStartRes(), index);\r
 190   }\r
 191 \r
 192   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 193   class ScrollThread\r
 194       extends Thread\r
 195   {\r
 196     boolean running = false;\r
 197     boolean up = true;\r
 198     public ScrollThread(boolean up)\r
 199     {\r
 200       this.up = up;\r
 201       start();\r
 202     }\r
 203 \r
 204     public void stopScrolling()\r
 205     {\r
 206       running = false;\r
 207     }\r
 208 \r
 209     public void run()\r
 210     {\r
 211       running = true;\r
 212       while (running)\r
 213       {\r
 214         if(alignPanel.scrollUp(up))\r
 215         {\r
 216           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 217           int seq = av.getStartSeq();\r
 218           if(!up)\r
 219             seq = av.getEndSeq();\r
 220 \r
 221           if (seq < lastid)\r
 222             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 223           else if (seq > lastid)\r
 224             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 225 \r
 226           lastid = seq;\r
 227         }\r
 228         else\r
 229           running = false;\r
 230 \r
 231         alignPanel.repaint();\r
 232         try\r
 233         {\r
 234           Thread.sleep(100);\r
 235         }\r
 236         catch (Exception ex)\r
 237         {}\r
 238       }\r
 239     }\r
 240 }\r
 241 \r
 242 }\r