src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel\r
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected IdCanvas idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35 \r
  36   int offy;\r
  37   int width;\r
  38   int lastid = -1;\r
  39   boolean mouseDragging = false;\r
  40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
  41 \r
  42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     alignPanel = parent;\r
  46     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  47     setLayout(new BorderLayout());\r
  48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  49     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52     String label, url;\r
  53     if(parent.alignFrame.applet!=null)\r
  54     {\r
  55       for (int i = 1; i < 10; i++)\r
  56       {\r
  57         label = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkLabel_" + i);\r
  58         url = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkURL_" + i);\r
  59 \r
  60         if (label != null && url != null)\r
  61           links.addElement(label + "|" + url);\r
  62 \r
  63       }\r
  64     }\r
  65     if (links.size() < 1)\r
  66     {\r
  67       links = new java.util.Vector();\r
  68       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2");\r
  69     }\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  73   {}\r
  74 \r
  75   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
  76   {\r
  77     mouseDragging = true;\r
  78 \r
  79     int y = e.getY();\r
  80     if (av.getWrapAlignment())\r
  81     {\r
  82       y -= 2 * av.charHeight;\r
  83     }\r
  84     int seq = av.getIndex(y);\r
  85 \r
  86     if (seq < 0)\r
  87     {\r
  88       return;\r
  89     }\r
  90 \r
  91     if (seq < lastid)\r
  92     {\r
  93       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  94     }\r
  95     else if (seq > lastid)\r
  96     {\r
  97       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     lastid = seq;\r
 101     alignPanel.repaint();\r
 102   }\r
 103 \r
 104   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 105   {\r
 106     if (e.getClickCount() < 2)\r
 107         return;\r
 108 \r
 109     int y = e.getY();\r
 110 \r
 111     if (av.getWrapAlignment())\r
 112     {\r
 113       y -= (2 * av.charHeight);\r
 114     }\r
 115 \r
 116     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 117     int seq = av.getIndex(y);\r
 118     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 119 \r
 120     String target = links.elementAt(0).toString();\r
 121     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));\r
 122     String url = links.elementAt(0).toString();\r
 123     url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
 124 \r
 125     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 126     url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
 127 \r
 128     try\r
 129     {\r
 130       jalview.bin.JalviewLite.showURL(url, target);\r
 131     }\r
 132     catch (Exception ex)\r
 133     {\r
 134       ex.printStackTrace();\r
 135     }\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 139   {\r
 140     if (scrollThread != null)\r
 141     {\r
 142       scrollThread.running = false;\r
 143     }\r
 144   }\r
 145 \r
 146   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 147   {\r
 148     if (av.getWrapAlignment())\r
 149     {\r
 150       return;\r
 151     }\r
 152 \r
 153     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 154     {\r
 155       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 156     }\r
 157 \r
 158     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
 159         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 160     {\r
 161       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 162     }\r
 163   }\r
 164 \r
 165   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 166   {\r
 167     if (e.getClickCount() >1 )\r
 168     {\r
 169       return;\r
 170     }\r
 171 \r
 172     int y = e.getY();\r
 173     if (av.getWrapAlignment())\r
 174     {\r
 175       y -= 2 * av.charHeight;\r
 176     }\r
 177 \r
 178     int seq = av.getIndex(y);\r
 179     if (seq == -1)\r
 180     {\r
 181       return;\r
 182     }\r
 183 \r
 184     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 185         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 186     {\r
 187       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq), links);\r
 188       this.add(popup);\r
 189       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 190       return;\r
 191     }\r
 192 \r
 193     if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
 194         av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null)\r
 195     {\r
 196 \r
 197       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 198       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 199       selection.setStartRes(0);\r
 200       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 201       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 202       {\r
 203         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
 204       }\r
 205 \r
 206       av.setSelectionGroup(selection);\r
 207       return;\r
 208     }\r
 209 \r
 210     if (av.getSelectionGroup() == null ||\r
 211         (!e.isControlDown() && av.getSelectionGroup() != null))\r
 212     {\r
 213       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 214     }\r
 215 \r
 216     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 217     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 218 \r
 219     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
 220     {\r
 221       selectSeqs(lastid, seq);\r
 222     }\r
 223     else\r
 224     {\r
 225       selectSeq(seq);\r
 226     }\r
 227 \r
 228     alignPanel.repaint();\r
 229   }\r
 230 \r
 231   void selectSeq(int seq)\r
 232   {\r
 233     lastid = seq;\r
 234     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 235     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
 236   }\r
 237 \r
 238   void selectSeqs(int start, int end)\r
 239   {\r
 240 \r
 241     lastid = start;\r
 242     if (end < start)\r
 243     {\r
 244       int tmp = start;\r
 245       start = end;\r
 246       end = tmp;\r
 247       lastid = end;\r
 248     }\r
 249 \r
 250     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 251     {\r
 252       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 253     }\r
 254 \r
 255   }\r
 256 \r
 257   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 258   {\r
 259     if (scrollThread != null)\r
 260     {\r
 261       scrollThread.running = false;\r
 262     }\r
 263 \r
 264     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 265       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 266 \r
 267     mouseDragging = false;\r
 268     PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 269   }\r
 270 \r
 271   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 272   {\r
 273     idCanvas.setHighlighted(found);\r
 274 \r
 275     if (found == null)\r
 276     {\r
 277       return;\r
 278     }\r
 279 \r
 280     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
 281 \r
 282     // do we need to scroll the panel?\r
 283     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
 284     {\r
 285       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 286     }\r
 287   }\r
 288 \r
 289   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 290   class ScrollThread\r
 291       extends Thread\r
 292   {\r
 293     boolean running = false;\r
 294     boolean up = true;\r
 295     public ScrollThread(boolean up)\r
 296     {\r
 297       this.up = up;\r
 298       start();\r
 299     }\r
 300 \r
 301     public void stopScrolling()\r
 302     {\r
 303       running = false;\r
 304     }\r
 305 \r
 306     public void run()\r
 307     {\r
 308       running = true;\r
 309       while (running)\r
 310       {\r
 311         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 312         {\r
 313           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 314           int seq = av.getStartSeq();\r
 315           if (!up)\r
 316           {\r
 317             seq = av.getEndSeq();\r
 318           }\r
 319 \r
 320           if (seq < lastid)\r
 321           {\r
 322             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 323           }\r
 324           else if (seq > lastid)\r
 325           {\r
 326             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 327           }\r
 328 \r
 329           lastid = seq;\r
 330         }\r
 331         else\r
 332         {\r
 333           running = false;\r
 334         }\r
 335 \r
 336         alignPanel.repaint();\r
 337         try\r
 338         {\r
 339           Thread.sleep(100);\r
 340         }\r
 341         catch (Exception ex)\r
 342         {}\r
 343       }\r
 344     }\r
 345   }\r
 346 \r
 347 }\r