src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel\r
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected IdCanvas idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35 \r
  36   int offy;\r
  37   int width;\r
  38   int lastid = -1;\r
  39   boolean mouseDragging = false;\r
  40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
  41 \r
  42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     alignPanel = parent;\r
  46     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  47     setLayout(new BorderLayout());\r
  48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  49     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52     String label, url;\r
  53     if (av.applet != null)\r
  54     {\r
  55       for (int i = 1; i < 10; i++)\r
  56       {\r
  57         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);\r
  58         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);\r
  59 \r
  60         if (label != null && url != null)\r
  61         {\r
  62           links.addElement(label + "|" + url);\r
  63         }\r
  64 \r
  65       }\r
  66     }\r
  67     if (links.size() < 1)\r
  68     {\r
  69       links = new java.util.Vector();\r
  70       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");\r
  71     }\r
  72   }\r
  73 \r
  74   Tooltip tooltip;\r
  75   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  76   {\r
  77     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
  78 \r
  79     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
  80 \r
  81     if (sequence.getDescription() == null)\r
  82     {\r
  83       if (tooltip != null)\r
  84       {\r
  85         tooltip.setVisible(false);\r
  86       }\r
  87       tooltip = null;\r
  88       return;\r
  89     }\r
  90 \r
  91     if (tooltip == null)\r
  92     {\r
  93       tooltip = new Tooltip(\r
  94           sequence.getDisplayId(true)\r
  95           + "\n" + sequence.getDescription(), idCanvas);\r
  96     }\r
  97     else\r
  98     {\r
  99       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true)\r
 100                      + "\n" + sequence.getDescription());\r
 101     }\r
 102   }\r
 103 \r
 104   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
 105   {\r
 106     mouseDragging = true;\r
 107 \r
 108     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));\r
 109 \r
 110     if (seq < lastid)\r
 111     {\r
 112       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 113     }\r
 114     else if (seq > lastid)\r
 115     {\r
 116       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     lastid = seq;\r
 120     alignPanel.paintAlignment(false);\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 124   {\r
 125     if (e.getClickCount() < 2)\r
 126     {\r
 127       return;\r
 128     }\r
 129 \r
 130     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 131     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
 132     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 133     if (id.indexOf("|") > -1)\r
 134     {\r
 135       id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 136     }\r
 137 \r
 138     String target = links.elementAt(0).toString();\r
 139     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));\r
 140     String url = links.elementAt(0).toString();\r
 141     url = url.substring(url.indexOf("|") + 1);\r
 142 \r
 143     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 144     url = url.substring(0, index) + id + url.substring(index + 13);\r
 145 \r
 146     try\r
 147     {\r
 148 \r
 149       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);\r
 150     }\r
 151     catch (Exception ex)\r
 152     {\r
 153       ex.printStackTrace();\r
 154     }\r
 155   }\r
 156 \r
 157   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 158   {\r
 159     if (scrollThread != null)\r
 160     {\r
 161       scrollThread.running = false;\r
 162     }\r
 163   }\r
 164 \r
 165   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 166   {\r
 167     if (av.getWrapAlignment())\r
 168     {\r
 169       return;\r
 170     }\r
 171 \r
 172     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 173     {\r
 174       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 175     }\r
 176 \r
 177     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
 178         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 179     {\r
 180       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 181     }\r
 182   }\r
 183 \r
 184   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 185   {\r
 186     if (e.getClickCount() > 1)\r
 187     {\r
 188       return;\r
 189     }\r
 190 \r
 191     int y = e.getY();\r
 192     if (av.getWrapAlignment())\r
 193     {\r
 194       y -= 2 * av.charHeight;\r
 195     }\r
 196 \r
 197     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
 198 \r
 199     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 200         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 201     {\r
 202       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel,\r
 203                                         (Sequence) av.getAlignment().\r
 204                                         getSequenceAt(seq), links);\r
 205       this.add(popup);\r
 206       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 207       return;\r
 208     }\r
 209 \r
 210     if ( (av.getSelectionGroup() == null) ||\r
 211         ( (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))\r
 212     {\r
 213       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 214       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 215       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 216     }\r
 217 \r
 218     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
 219     {\r
 220       selectSeqs(lastid, seq);\r
 221     }\r
 222     else\r
 223     {\r
 224       selectSeq(seq);\r
 225     }\r
 226 \r
 227     alignPanel.paintAlignment(false);\r
 228   }\r
 229 \r
 230   void selectSeq(int seq)\r
 231   {\r
 232     lastid = seq;\r
 233     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 234     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
 235   }\r
 236 \r
 237   void selectSeqs(int start, int end)\r
 238   {\r
 239 \r
 240     lastid = start;\r
 241 \r
 242     if (end >= av.getAlignment().getHeight())\r
 243     {\r
 244       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;\r
 245     }\r
 246 \r
 247     if (end < start)\r
 248     {\r
 249       int tmp = start;\r
 250       start = end;\r
 251       end = tmp;\r
 252       lastid = end;\r
 253     }\r
 254 \r
 255     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 256     {\r
 257       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 258     }\r
 259 \r
 260   }\r
 261 \r
 262   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 263   {\r
 264     if (scrollThread != null)\r
 265     {\r
 266       scrollThread.running = false;\r
 267     }\r
 268 \r
 269     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 270     {\r
 271       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 272     }\r
 273 \r
 274     mouseDragging = false;\r
 275     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
 276   }\r
 277 \r
 278   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 279   {\r
 280     idCanvas.setHighlighted(found);\r
 281 \r
 282     if (found == null)\r
 283     {\r
 284       return;\r
 285     }\r
 286 \r
 287     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
 288 \r
 289     // do we need to scroll the panel?\r
 290     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
 291     {\r
 292       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 293     }\r
 294   }\r
 295 \r
 296   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 297   class ScrollThread\r
 298       extends Thread\r
 299   {\r
 300     boolean running = false;\r
 301     boolean up = true;\r
 302     public ScrollThread(boolean up)\r
 303     {\r
 304       this.up = up;\r
 305       start();\r
 306     }\r
 307 \r
 308     public void stopScrolling()\r
 309     {\r
 310       running = false;\r
 311     }\r
 312 \r
 313     public void run()\r
 314     {\r
 315       running = true;\r
 316       while (running)\r
 317       {\r
 318         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 319         {\r
 320           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 321           int seq = av.getStartSeq();\r
 322           if (!up)\r
 323           {\r
 324             seq = av.getEndSeq();\r
 325           }\r
 326 \r
 327           if (seq < lastid)\r
 328           {\r
 329             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 330           }\r
 331           else if (seq > lastid && seq < av.alignment.getHeight())\r
 332           {\r
 333             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 334           }\r
 335 \r
 336           lastid = seq;\r
 337         }\r
 338         else\r
 339         {\r
 340           running = false;\r
 341         }\r
 342 \r
 343         alignPanel.paintAlignment(true);\r
 344         try\r
 345         {\r
 346           Thread.sleep(100);\r
 347         }\r
 348         catch (Exception ex)\r
 349         {}\r
 350       }\r
 351     }\r
 352   }\r
 353 \r
 354 }\r