src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.util.UrlLink;
  26
  27 public class IdPanel
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener
  29 {
  30
  31   protected IdCanvas idCanvas;
  32   protected AlignViewport av;
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;
  34   ScrollThread scrollThread = null;
  35
  36   int offy;
  37   int width;
  38   int lastid = -1;
  39   boolean mouseDragging = false;
  40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();
  41
  42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
  43   {
  44     this.av = av;
  45     alignPanel = parent;
  46     idCanvas = new IdCanvas(av);
  47     setLayout(new BorderLayout());
  48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);
  49     idCanvas.addMouseListener(this);
  50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);
  51
  52     String label, url;
  53     if (av.applet != null)
  54     {
  55       for (int i = 1; i < 10; i++)
  56       {
  57         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);
  58         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);
  59
  60         if (label != null && url != null)
  61         {
  62           links.addElement(label + "|" + url);
  63         }
  64
  65       }
  66     }
  67     if (links.size() < 1)
  68     {
  69       links = new java.util.Vector();
  70       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");
  71     }
  72   }
  73
  74   Tooltip tooltip;
  75   public void mouseMoved(MouseEvent e)
  76   {
  77     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
  78
  79     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
  80
  81     if (sequence.getDescription() == null)
  82     {
  83       if (tooltip != null)
  84       {
  85         tooltip.setVisible(false);
  86       }
  87       tooltip = null;
  88       return;
  89     }
  90
  91     if (tooltip == null)
  92     {
  93       tooltip = new Tooltip(
  94           sequence.getDisplayId(true)
  95           + "\n" + sequence.getDescription(), idCanvas);
  96     }
  97     else
  98     {
  99       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true)
 100                      + "\n" + sequence.getDescription());
 101     }
 102   }
 103
 104   public void mouseDragged(MouseEvent e)
 105   {
 106     mouseDragging = true;
 107
 108     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));
 109
 110     if (seq < lastid)
 111     {
 112       selectSeqs(lastid - 1, seq);
 113     }
 114     else if (seq > lastid)
 115     {
 116       selectSeqs(lastid + 1, seq);
 117     }
 118
 119     lastid = seq;
 120     alignPanel.paintAlignment(false);
 121   }
 122
 123   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 124   {
 125     if (e.getClickCount() < 2)
 126     {
 127       return;
 128     }
 129
 130     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
 131     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 132     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();
 133
 134     String target = null;
 135     String url = null;
 136     int i=0;
 137     while (url == null && i < links.size())
 138     {
 139       // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
 140       // BUT IF ITS A REGEX AND DOES NOT MATCH THE NEXT ONE WILL BE TRIED
 141       url = links.elementAt(i++).toString();
 142       jalview.util.UrlLink urlLink = null;
 143       try
 144       {
 145         urlLink = new UrlLink(url);
 146         target = urlLink.getTarget();
 147       } catch (Exception foo)
 148       {
 149         System.err.println("Exception for URLLink '" + url + "'");
 150         foo.printStackTrace();
 151         url = null;
 152         continue;
 153       }
 154       ;
 155       if (!urlLink.isValid())
 156       {
 157         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 158         url = null;
 159         continue;
 160       }
 161
 162       String urls[] = urlLink.makeUrls(id, true);
 163       if (urls == null || urls[0]==null || urls[0].length()<1)
 164       {
 165         url = null;
 166         continue;
 167       }
 168       // just take first URL made from regex
 169       url = urls[1];
 170     }
 171     try
 172     {
 173
 174       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);
 175     }
 176     catch (Exception ex)
 177     {
 178       ex.printStackTrace();
 179     }
 180   }
 181
 182   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 183   {
 184     if (scrollThread != null)
 185     {
 186       scrollThread.running = false;
 187     }
 188   }
 189
 190   public void mouseExited(MouseEvent e)
 191   {
 192     if (av.getWrapAlignment())
 193     {
 194       return;
 195     }
 196
 197     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
 198     {
 199       scrollThread = new ScrollThread(true);
 200     }
 201
 202     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&
 203         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())
 204     {
 205       scrollThread = new ScrollThread(false);
 206     }
 207   }
 208
 209   public void mousePressed(MouseEvent e)
 210   {
 211     if (e.getClickCount() > 1)
 212     {
 213       return;
 214     }
 215
 216     int y = e.getY();
 217     if (av.getWrapAlignment())
 218     {
 219       y -= 2 * av.charHeight;
 220     }
 221
 222     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 223
 224     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==
 225         InputEvent.BUTTON3_MASK)
 226     {
 227       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel,
 228                                         (Sequence) av.getAlignment().
 229                                         getSequenceAt(seq), links);
 230       this.add(popup);
 231       popup.show(this, e.getX(), e.getY());
 232       return;
 233     }
 234
 235     if ( (av.getSelectionGroup() == null) ||
 236         ( (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))
 237     {
 238       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 239       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);
 240       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);
 241     }
 242
 243     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)
 244     {
 245       selectSeqs(lastid, seq);
 246     }
 247     else
 248     {
 249       selectSeq(seq);
 250     }
 251
 252     alignPanel.paintAlignment(false);
 253   }
 254
 255   void selectSeq(int seq)
 256   {
 257     lastid = seq;
 258     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 259     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);
 260   }
 261
 262   void selectSeqs(int start, int end)
 263   {
 264
 265     lastid = start;
 266
 267     if (end >= av.getAlignment().getHeight())
 268     {
 269       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 270     }
 271
 272     if (end < start)
 273     {
 274       int tmp = start;
 275       start = end;
 276       end = tmp;
 277       lastid = end;
 278     }
 279
 280     for (int i = start; i <= end; i++)
 281     {
 282       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 283     }
 284
 285   }
 286
 287   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 288   {
 289     if (scrollThread != null)
 290     {
 291       scrollThread.running = false;
 292     }
 293
 294     if (av.getSelectionGroup() != null)
 295     {
 296       av.getSelectionGroup().recalcConservation();
 297     }
 298
 299     mouseDragging = false;
 300     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
 301   }
 302
 303   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)
 304   {
 305     idCanvas.setHighlighted(found);
 306
 307     if (found == null)
 308     {
 309       return;
 310     }
 311
 312     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));
 313
 314     // do we need to scroll the panel?
 315     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)
 316     {
 317       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);
 318     }
 319   }
 320
 321   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
 322   class ScrollThread
 323       extends Thread
 324   {
 325     boolean running = false;
 326     boolean up = true;
 327     public ScrollThread(boolean up)
 328     {
 329       this.up = up;
 330       start();
 331     }
 332
 333     public void stopScrolling()
 334     {
 335       running = false;
 336     }
 337
 338     public void run()
 339     {
 340       running = true;
 341       while (running)
 342       {
 343         if (alignPanel.scrollUp(up))
 344         {
 345           // scroll was ok, so add new sequence to selection
 346           int seq = av.getStartSeq();
 347           if (!up)
 348           {
 349             seq = av.getEndSeq();
 350           }
 351
 352           if (seq < lastid)
 353           {
 354             selectSeqs(lastid - 1, seq);
 355           }
 356           else if (seq > lastid && seq < av.alignment.getHeight())
 357           {
 358             selectSeqs(lastid + 1, seq);
 359           }
 360
 361           lastid = seq;
 362         }
 363         else
 364         {
 365           running = false;
 366         }
 367
 368         alignPanel.paintAlignment(true);
 369         try
 370         {
 371           Thread.sleep(100);
 372         }
 373         catch (Exception ex)
 374         {}
 375       }
 376     }
 377   }
 378
 379 }