src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.util.UrlLink;
  27
  28 public class IdPanel
  29     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener
  30 {
  31
  32   protected IdCanvas idCanvas;
  33   protected AlignViewport av;
  34   protected AlignmentPanel alignPanel;
  35   ScrollThread scrollThread = null;
  36
  37   int offy;
  38   int width;
  39   int lastid = -1;
  40   boolean mouseDragging = false;
  41   java.util.Vector links = new java.util.Vector();
  42
  43   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
  44   {
  45     this.av = av;
  46     alignPanel = parent;
  47     idCanvas = new IdCanvas(av);
  48     setLayout(new BorderLayout());
  49     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);
  50     idCanvas.addMouseListener(this);
  51     idCanvas.addMouseMotionListener(this);
  52
  53     String label, url;
  54     if (av.applet != null)
  55     {
  56       for (int i = 1; i < 10; i++)
  57       {
  58         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);
  59         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);
  60
  61         if (label != null && url != null)
  62         {
  63           links.addElement(label + "|" + url);
  64         }
  65
  66       }
  67     }
  68     if (links.size() < 1)
  69     {
  70       links = new java.util.Vector();
  71       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");
  72     }
  73   }
  74
  75   Tooltip tooltip;
  76   public void mouseMoved(MouseEvent e)
  77   {
  78     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
  79
  80     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
  81
  82     if (sequence.getDescription() == null)
  83     {
  84       if (tooltip != null)
  85       {
  86         tooltip.setVisible(false);
  87       }
  88       tooltip = null;
  89       return;
  90     }
  91
  92     if (tooltip == null)
  93     {
  94       tooltip = new Tooltip(
  95           sequence.getDisplayId(true)
  96           + "\n" + sequence.getDescription(), idCanvas);
  97     }
  98     else
  99     {
 100       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true)
 101                      + "\n" + sequence.getDescription());
 102     }
 103   }
 104
 105   public void mouseDragged(MouseEvent e)
 106   {
 107     mouseDragging = true;
 108
 109     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));
 110
 111     if (seq < lastid)
 112     {
 113       selectSeqs(lastid - 1, seq);
 114     }
 115     else if (seq > lastid)
 116     {
 117       selectSeqs(lastid + 1, seq);
 118     }
 119
 120     lastid = seq;
 121     alignPanel.paintAlignment(false);
 122   }
 123
 124   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 125   {
 126     if (e.getClickCount() < 2)
 127     {
 128       return;
 129     }
 130
 131     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
 132     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 133     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();
 134
 135     String target = null;
 136     String url = null;
 137     int i=0;
 138     while (url == null && i < links.size())
 139     {
 140       // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
 141       // BUT IF ITS A REGEX AND DOES NOT MATCH THE NEXT ONE WILL BE TRIED
 142       url = links.elementAt(i++).toString();
 143       jalview.util.UrlLink urlLink = null;
 144       try
 145       {
 146         urlLink = new UrlLink(url);
 147         target = urlLink.getTarget();
 148       } catch (Exception foo)
 149       {
 150         System.err.println("Exception for URLLink '" + url + "'");
 151         foo.printStackTrace();
 152         url = null;
 153         continue;
 154       }
 155       ;
 156       if (!urlLink.isValid())
 157       {
 158         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 159         url = null;
 160         continue;
 161       }
 162
 163       String urls[] = urlLink.makeUrls(id, true);
 164       if (urls == null || urls[0]==null || urls[0].length()<1)
 165       {
 166         url = null;
 167         continue;
 168       }
 169       // just take first URL made from regex
 170       url = urls[1];
 171     }
 172     try
 173     {
 174
 175       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);
 176     }
 177     catch (Exception ex)
 178     {
 179       ex.printStackTrace();
 180     }
 181   }
 182
 183   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 184   {
 185     if (scrollThread != null)
 186     {
 187       scrollThread.running = false;
 188     }
 189   }
 190
 191   public void mouseExited(MouseEvent e)
 192   {
 193     if (av.getWrapAlignment())
 194     {
 195       return;
 196     }
 197
 198     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
 199     {
 200       scrollThread = new ScrollThread(true);
 201     }
 202
 203     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&
 204         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())
 205     {
 206       scrollThread = new ScrollThread(false);
 207     }
 208   }
 209
 210   public void mousePressed(MouseEvent e)
 211   {
 212     if (e.getClickCount() > 1)
 213     {
 214       return;
 215     }
 216
 217     int y = e.getY();
 218     if (av.getWrapAlignment())
 219     {
 220       y -= 2 * av.charHeight;
 221     }
 222
 223     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 224
 225     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==
 226         InputEvent.BUTTON3_MASK)
 227     {
 228       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel,
 229                                         (Sequence) av.getAlignment().
 230                                         getSequenceAt(seq), links);
 231       this.add(popup);
 232       popup.show(this, e.getX(), e.getY());
 233       return;
 234     }
 235
 236     if ( (av.getSelectionGroup() == null) ||
 237         ( (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))
 238     {
 239       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 240       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);
 241       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);
 242     }
 243
 244     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)
 245     {
 246       selectSeqs(lastid, seq);
 247     }
 248     else
 249     {
 250       selectSeq(seq);
 251     }
 252
 253     alignPanel.paintAlignment(false);
 254   }
 255
 256   void selectSeq(int seq)
 257   {
 258     lastid = seq;
 259     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 260     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);
 261   }
 262
 263   void selectSeqs(int start, int end)
 264   {
 265
 266     lastid = start;
 267
 268     if (end >= av.getAlignment().getHeight())
 269     {
 270       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 271     }
 272
 273     if (end < start)
 274     {
 275       int tmp = start;
 276       start = end;
 277       end = tmp;
 278       lastid = end;
 279     }
 280
 281     for (int i = start; i <= end; i++)
 282     {
 283       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 284     }
 285
 286   }
 287
 288   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 289   {
 290     if (scrollThread != null)
 291     {
 292       scrollThread.running = false;
 293     }
 294
 295     if (av.getSelectionGroup() != null)
 296     {
 297       av.getSelectionGroup().recalcConservation();
 298     }
 299
 300     mouseDragging = false;
 301     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
 302   }
 303
 304   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)
 305   {
 306     idCanvas.setHighlighted(found);
 307
 308     if (found == null)
 309     {
 310       return;
 311     }
 312
 313     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));
 314
 315     // do we need to scroll the panel?
 316     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)
 317     {
 318       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);
 319     }
 320   }
 321
 322   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
 323   class ScrollThread
 324       extends Thread
 325   {
 326     boolean running = false;
 327     boolean up = true;
 328     public ScrollThread(boolean up)
 329     {
 330       this.up = up;
 331       start();
 332     }
 333
 334     public void stopScrolling()
 335     {
 336       running = false;
 337     }
 338
 339     public void run()
 340     {
 341       running = true;
 342       while (running)
 343       {
 344         if (alignPanel.scrollUp(up))
 345         {
 346           // scroll was ok, so add new sequence to selection
 347           int seq = av.getStartSeq();
 348           if (!up)
 349           {
 350             seq = av.getEndSeq();
 351           }
 352
 353           if (seq < lastid)
 354           {
 355             selectSeqs(lastid - 1, seq);
 356           }
 357           else if (seq > lastid && seq < av.alignment.getHeight())
 358           {
 359             selectSeqs(lastid + 1, seq);
 360           }
 361
 362           lastid = seq;
 363         }
 364         else
 365         {
 366           running = false;
 367         }
 368
 369         alignPanel.paintAlignment(true);
 370         try
 371         {
 372           Thread.sleep(100);
 373         }
 374         catch (Exception ex)
 375         {}
 376       }
 377     }
 378   }
 379
 380 }