src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 public class OverviewPanel
  26     extends Panel implements Runnable, MouseMotionListener, MouseListener
  27 {
  28   Image miniMe;
  29   Image offscreen;
  30   AlignViewport av;
  31   AlignmentPanel ap;
  32   float scalew = 1f;
  33   float scaleh = 1f;
  34
  35   public int width, sequencesHeight;
  36   int graphHeight = 20;
  37   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;
  38
  39   boolean resizing = false;
  40
  41   // Can set different properties in this seqCanvas than
  42   // main visible SeqCanvas
  43   SequenceRenderer sr;
  44   FeatureRenderer fr;
  45
  46
  47   Frame nullFrame;
  48
  49   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)
  50   {
  51     this.av = ap.av;
  52     this.ap = ap;
  53     setLayout(null);
  54     nullFrame = new Frame();
  55     nullFrame.addNotify();
  56
  57
  58     sr = new SequenceRenderer(av);
  59     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();
  60     sr.renderGaps = false;
  61     sr.forOverview = true;
  62     fr = new FeatureRenderer(av);
  63     fr.overview = true;
  64
  65
  66
  67     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment
  68     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /
  69         (float) av.alignment.getHeight();
  70
  71     if(av.vconsensus==null)
  72           graphHeight = 0;
  73
  74     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())
  75     {
  76       // wider
  77       width = 400;
  78       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);
  79       if(sequencesHeight<40)
  80               sequencesHeight = 40;
  81     }
  82     else
  83     {
  84       // taller
  85       width = (int) (400f * initialScale);
  86       sequencesHeight = 300;
  87       if (width < 120)
  88       {
  89         width = 120;
  90       }
  91     }
  92
  93     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
  94     addComponentListener(new ComponentAdapter()
  95     {
  96
  97       public void componentResized(ComponentEvent evt)
  98       {
  99         if (getSize().width != width ||
 100             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)
 101         {
 102           updateOverviewImage();
 103         }
 104       }
 105     });
 106
 107     addMouseMotionListener(this);
 108
 109     addMouseListener(this);
 110
 111     updateOverviewImage();
 112
 113   }
 114
 115
 116   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 117   {}
 118   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 119   {}
 120   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 121   {}
 122   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 123   {}
 124   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 125   {
 126     boxX = evt.getX();
 127     boxY = evt.getY();
 128     checkValid();
 129   }
 130
 131   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 132   {
 133     boxX = evt.getX();
 134     boxY = evt.getY();
 135     checkValid();
 136   }
 137
 138   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 139   {
 140     boxX = evt.getX();
 141     boxY = evt.getY();
 142     checkValid();
 143   }
 144
 145   void checkValid()
 146   {
 147     if (boxY < 0)
 148     {
 149         boxY = 0;
 150     }
 151
 152     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))
 153     {
 154         boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;
 155     }
 156
 157     if (boxX < 0)
 158     {
 159         boxX = 0;
 160     }
 161
 162     if (boxX > (width - boxWidth))
 163     {
 164       if(av.hasHiddenColumns)
 165       {
 166         //Try smallest possible box
 167         boxWidth = (int) ( (av.endRes - av.startRes + 1) *
 168                                av.getCharWidth() * scalew);
 169       }
 170       boxX = width - boxWidth;
 171     }
 172
 173     int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());
 174     int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());
 175
 176     if (av.hasHiddenColumns)
 177     {
 178       if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))
 179       {
 180         return;
 181       }
 182
 183       col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);
 184     }
 185
 186     if( av.hasHiddenRows )
 187     {
 188       row = av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(row);
 189     }
 190
 191     ap.setScrollValues( col, row );
 192     ap.repaint();
 193   }
 194
 195   /**
 196    * DOCUMENT ME!
 197    */
 198   public void updateOverviewImage()
 199   {
 200     if (resizing)
 201     {
 202         resizeAgain = true;
 203         return;
 204     }
 205
 206     if (av.showSequenceFeatures)
 207    {
 208      fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureGroups;
 209      fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;
 210    }
 211
 212     resizing = true;
 213
 214     if ( (getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))
 215     {
 216       width = getSize().width;
 217       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;
 218     }
 219     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 220
 221     Thread thread = new Thread(this);
 222     thread.start();
 223     repaint();
 224   }
 225
 226   // This is set true if the user resizes whilst
 227   // the overview is being calculated
 228     boolean resizeAgain = false;
 229
 230   public void run()
 231   {
 232     miniMe = null;
 233     int alwidth = av.alignment.getWidth();
 234     int alheight = av.alignment.getHeight();
 235
 236     if (av.showSequenceFeatures)
 237     {
 238       fr.transferSettings( ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer() );
 239     }
 240
 241     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)
 242     {
 243       width = getSize().width;
 244       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;
 245     }
 246
 247     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 248
 249     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();
 250     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();
 251
 252     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;
 253     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;
 254
 255     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);
 256     offscreen = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);
 257
 258     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
 259     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;
 260     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;
 261
 262     int lastcol=0, lastrow=0;
 263     int xstart=0, ystart=0;
 264     Color color = Color.yellow;
 265     int row, col, sameRow = 0, sameCol = 0;
 266     jalview.datamodel.SequenceI seq;
 267     boolean hiddenRow = false;
 268     for (row = 0; row <= sequencesHeight; row++)
 269     {
 270       if((int)(row*sampleRow)==lastrow)
 271       {
 272         sameRow ++;
 273         continue;
 274       }
 275
 276       hiddenRow = false;
 277       if (av.hasHiddenRows)
 278       {
 279         seq = av.alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);
 280         if (seq == null)
 281         {
 282           int index =
 283              av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);
 284
 285          seq = av.alignment.getSequenceAt(index);
 286         }
 287         else
 288         {
 289           hiddenRow = true;
 290         }
 291       }
 292       else
 293         seq = av.alignment.getSequenceAt(lastrow);
 294
 295         for (col = 0; col < width; col++)
 296         {
 297           if ( (int) (col * sampleCol) == lastcol && (int) (row * sampleRow) == lastrow)
 298           {
 299             sameCol ++;
 300             continue;
 301           }
 302
 303           lastcol = (int) (col * sampleCol);
 304
 305           if (seq.getLength() > lastcol)
 306           {
 307             color = sr.getResidueBoxColour(
 308                 seq, lastcol);
 309
 310             if (av.showSequenceFeatures)
 311               color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);
 312           }
 313           else
 314           {
 315             color = Color.white; //White
 316           }
 317
 318           if (hiddenRow ||
 319               (av.hasHiddenColumns && !av.getColumnSelection().isVisible(lastcol)))
 320           {
 321             color = color.darker().darker();
 322           }
 323
 324           mg.setColor(color);
 325           if (sameCol == 1 && sameRow == 1)
 326             mg.drawLine(xstart, ystart, xstart, ystart);
 327           else
 328             mg.fillRect(xstart, ystart, sameCol, sameRow);
 329
 330           xstart = col;
 331           sameCol = 1;
 332       }
 333       lastrow = (int)(row*sampleRow);
 334       ystart = row;
 335       sameRow = 1;
 336     }
 337
 338     if (av.conservation != null)
 339     {
 340       for (col = 0; col < width; col++)
 341       {
 342         lastcol = (int) (col * sampleCol);
 343         {
 344           mg.translate(col, sequencesHeight);
 345           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,
 346                                        (int) (sampleCol) + 1,
 347                                        graphHeight,
 348                                        (int) (col * sampleCol),
 349                                        (int) (col * sampleCol) + 1);
 350           mg.translate( -col, -sequencesHeight);
 351         }
 352       }
 353     }
 354     System.gc();
 355
 356     resizing = false;
 357
 358     setBoxPosition();
 359
 360     if(resizeAgain)
 361     {
 362       resizeAgain = false;
 363       updateOverviewImage();
 364     }
 365 }
 366
 367   public void setBoxPosition()
 368   {
 369     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();
 370     int fullsizeHeight = (av.alignment.getHeight()
 371                           + av.alignment.getHiddenSequences().getSize()) *
 372         av.getCharHeight();
 373
 374     int startRes = av.getStartRes();
 375     int endRes = av.getEndRes();
 376
 377     if (av.hasHiddenColumns)
 378     {
 379       startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);
 380       endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);
 381     }
 382
 383     int startSeq = av.startSeq;
 384     int endSeq = av.endSeq;
 385
 386     if (av.hasHiddenRows)
 387     {
 388       startSeq =
 389           av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(startSeq);
 390
 391       endSeq =
 392           av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(endSeq);
 393
 394     }
 395
 396     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;
 397     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;
 398
 399     boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);
 400     boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);
 401
 402     if (av.hasHiddenColumns)
 403       boxWidth = (int) ( (endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 404     else
 405       boxWidth = (int) ( (endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 406
 407     boxHeight = (int) ( (endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);
 408
 409     repaint();
 410   }
 411
 412   public void update(Graphics g)
 413   {
 414     paint(g);
 415   }
 416
 417   public void paint(Graphics g)
 418   {
 419     Graphics og = offscreen.getGraphics();
 420     if (miniMe != null)
 421     {
 422       og.drawImage(miniMe, 0, 0, this);
 423       og.setColor(Color.red);
 424       og.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);
 425       og.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);
 426       g.drawImage(offscreen, 0,0, this);
 427     }
 428     else
 429     {
 430       g.setColor(Color.white);
 431       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 432       g.setColor(Color.black);
 433       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));
 434       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);
 435       g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);
 436     }
 437   }
 438
 439 }