src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel\r
  26     extends Panel implements Runnable, MouseMotionListener, MouseListener\r
  27 {\r
  28   Image miniMe;\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   AlignmentPanel ap;\r
  31   float scalew = 1f;\r
  32   float scaleh = 1f;\r
  33 \r
  34   public int width, sequencesHeight;\r
  35   int graphHeight = 20;\r
  36   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  37 \r
  38   boolean resizing = false;\r
  39 \r
  40   // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  41   // main visible SeqCanvas\r
  42   SequenceRenderer sr;\r
  43   FeatureRenderer fr;\r
  44 \r
  45 \r
  46   Frame nullFrame;\r
  47 \r
  48   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  49   {\r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     setLayout(null);\r
  53     nullFrame = new Frame();\r
  54     nullFrame.addNotify();\r
  55 \r
  56 \r
  57     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  58     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();\r
  59     sr.renderGaps = false;\r
  60     sr.forOverview = true;\r
  61     fr = new FeatureRenderer(av);\r
  62     fr.overview = true;\r
  63 \r
  64 \r
  65 \r
  66     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  67     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  68         (float) av.alignment.getHeight();\r
  69 \r
  70     if(av.vconsensus==null)\r
  71           graphHeight = 0;\r
  72 \r
  73     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  74     {\r
  75       // wider\r
  76       width = 400;\r
  77       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  78       if(sequencesHeight<40)\r
  79               sequencesHeight = 40;\r
  80     }\r
  81     else\r
  82     {\r
  83       // taller\r
  84       width = (int) (400f * initialScale);\r
  85       sequencesHeight = 300;\r
  86       if (width < 120)\r
  87       {\r
  88         width = 120;\r
  89       }\r
  90     }\r
  91 \r
  92     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
  93     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  94     {\r
  95 \r
  96       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  97       {\r
  98         if (getSize().width != width ||\r
  99             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
 100         {\r
 101           updateOverviewImage();\r
 102         }\r
 103       }\r
 104     });\r
 105 \r
 106     addMouseMotionListener(this);\r
 107 \r
 108     addMouseListener(this);\r
 109 \r
 110     updateOverviewImage();\r
 111 \r
 112   }\r
 113 \r
 114 \r
 115   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 116   {}\r
 117   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 118   {}\r
 119   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 120   {}\r
 121   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 122   {}\r
 123   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 124   {\r
 125     boxX = evt.getX();\r
 126     boxY = evt.getY();\r
 127     checkValid();\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 131   {\r
 132     boxX = evt.getX();\r
 133     boxY = evt.getY();\r
 134     checkValid();\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 138   {\r
 139     boxX = evt.getX();\r
 140     boxY = evt.getY();\r
 141     checkValid();\r
 142   }\r
 143 \r
 144   void checkValid()\r
 145   {\r
 146     if (boxY < 0)\r
 147     {\r
 148         boxY = 0;\r
 149     }\r
 150 \r
 151     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 152     {\r
 153         boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 154     }\r
 155 \r
 156     if (boxX < 0)\r
 157     {\r
 158         boxX = 0;\r
 159     }\r
 160 \r
 161     if (boxX > (width - boxWidth))\r
 162     {\r
 163       if(av.hasHiddenColumns)\r
 164       {\r
 165         //Try smallest possible box\r
 166         boxWidth = (int) ( (av.endRes - av.startRes + 1) *\r
 167                                av.getCharWidth() * scalew);\r
 168       }\r
 169       boxX = width - boxWidth;\r
 170     }\r
 171 \r
 172     int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());\r
 173     int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());\r
 174 \r
 175     if (av.hasHiddenColumns)\r
 176     {\r
 177       if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))\r
 178       {\r
 179         return;\r
 180       }\r
 181 \r
 182       col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);\r
 183     }\r
 184 \r
 185     if( av.hasHiddenRows )\r
 186     {\r
 187       row = av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(row);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     ap.setScrollValues( col, row );\r
 191     ap.repaint();\r
 192   }\r
 193 \r
 194   /**\r
 195    * DOCUMENT ME!\r
 196    */\r
 197   public void updateOverviewImage()\r
 198   {\r
 199     if (resizing)\r
 200     {\r
 201         resizeAgain = true;\r
 202         return;\r
 203     }\r
 204 \r
 205     if (av.showSequenceFeatures)\r
 206    {\r
 207      fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureGroups;\r
 208      fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;\r
 209    }\r
 210 \r
 211     resizing = true;\r
 212 \r
 213     if ( (getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))\r
 214     {\r
 215       width = getSize().width;\r
 216       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 217     }\r
 218     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 219 \r
 220     Thread thread = new Thread(this);\r
 221     thread.start();\r
 222     repaint();\r
 223   }\r
 224 \r
 225   // This is set true if the user resizes whilst\r
 226   // the overview is being calculated\r
 227     boolean resizeAgain = false;\r
 228 \r
 229   public void run()\r
 230   {\r
 231     miniMe = null;\r
 232     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 233     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 234 \r
 235     if (av.showSequenceFeatures)\r
 236     {\r
 237       fr.transferSettings( ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer() );\r
 238     }\r
 239 \r
 240     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 241     {\r
 242       width = getSize().width;\r
 243       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 244     }\r
 245 \r
 246     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 247 \r
 248     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 249     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 250 \r
 251     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 252     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 253 \r
 254     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 255 \r
 256     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 257     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 258     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 259 \r
 260     int lastcol=-1, lastrow=-1;\r
 261     Color color = Color.yellow;\r
 262     int row, col, sameRow = 0, sameCol = 0;\r
 263     jalview.datamodel.SequenceI seq;\r
 264     boolean hiddenRow = false;\r
 265     for (row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 266     {\r
 267       if((int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
 268       {\r
 269         sameRow ++;\r
 270         continue;\r
 271       }\r
 272 \r
 273       lastrow = (int)(row*sampleRow);\r
 274 \r
 275       hiddenRow = false;\r
 276       if (av.hasHiddenRows)\r
 277       {\r
 278         seq = av.alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);\r
 279         if (seq == null)\r
 280         {\r
 281           int index =\r
 282              av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);\r
 283 \r
 284          seq = av.alignment.getSequenceAt(index);\r
 285         }\r
 286         else\r
 287         {\r
 288           hiddenRow = true;\r
 289         }\r
 290       }\r
 291       else\r
 292         seq = av.alignment.getSequenceAt(lastrow);\r
 293 \r
 294       if(seq==null)\r
 295       {\r
 296         System.out.println(lastrow+" null");\r
 297         continue;\r
 298       }\r
 299 \r
 300         for (col = 0; col < width; col++)\r
 301         {\r
 302           if ( (int) (col * sampleCol) == lastcol && (int) (row * sampleRow) == lastrow)\r
 303           {\r
 304             sameCol ++;\r
 305             continue;\r
 306           }\r
 307 \r
 308           lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 309 \r
 310           if (seq.getLength() > lastcol)\r
 311           {\r
 312             color = sr.getResidueBoxColour(\r
 313                 seq, lastcol);\r
 314 \r
 315             if (av.showSequenceFeatures)\r
 316               color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);\r
 317           }\r
 318           else\r
 319           {\r
 320             color = Color.white; //White\r
 321           }\r
 322 \r
 323           if (hiddenRow ||\r
 324               (av.hasHiddenColumns && !av.getColumnSelection().isVisible(lastcol)))\r
 325           {\r
 326             color = color.darker().darker();\r
 327           }\r
 328 \r
 329           mg.setColor(color);\r
 330           if (sameCol == 1 && sameRow == 1)\r
 331             mg.drawLine(col, row, col, row);\r
 332           else\r
 333             mg.fillRect(col, row, col+sameCol, col+sameRow);\r
 334 \r
 335           sameCol = 1;\r
 336       }\r
 337       sameRow = 1;\r
 338     }\r
 339 \r
 340     if (av.conservation != null)\r
 341     {\r
 342       for (col = 0; col < width; col++)\r
 343       {\r
 344         lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 345         {\r
 346           mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 347           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 348                                        (int) (sampleCol) + 1,\r
 349                                        graphHeight,\r
 350                                        (int) (col * sampleCol),\r
 351                                        (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 352           mg.translate( -col, -sequencesHeight);\r
 353         }\r
 354       }\r
 355     }\r
 356     System.gc();\r
 357 \r
 358     resizing = false;\r
 359 \r
 360     setBoxPosition();\r
 361 \r
 362     if(resizeAgain)\r
 363     {\r
 364       resizeAgain = false;\r
 365       updateOverviewImage();\r
 366     }\r
 367 }\r
 368 \r
 369   public void setBoxPosition()\r
 370   {\r
 371     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 372     int fullsizeHeight = (av.alignment.getHeight()\r
 373                           + av.alignment.getHiddenSequences().getSize()) *\r
 374         av.getCharHeight();\r
 375 \r
 376     int startRes = av.getStartRes();\r
 377     int endRes = av.getEndRes();\r
 378 \r
 379     if (av.hasHiddenColumns)\r
 380     {\r
 381       startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);\r
 382       endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);\r
 383     }\r
 384 \r
 385     int startSeq = av.startSeq;\r
 386     int endSeq = av.endSeq;\r
 387 \r
 388     if (av.hasHiddenRows)\r
 389     {\r
 390       startSeq =\r
 391           av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(startSeq);\r
 392 \r
 393       endSeq =\r
 394           av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(endSeq);\r
 395 \r
 396     }\r
 397 \r
 398     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 399     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 400 \r
 401     boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);\r
 402     boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 403 \r
 404     if (av.hasHiddenColumns)\r
 405       boxWidth = (int) ( (endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 406     else\r
 407       boxWidth = (int) ( (endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 408 \r
 409     boxHeight = (int) ( (endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 410 \r
 411     repaint();\r
 412   }\r
 413 \r
 414   public void update(Graphics g)\r
 415   {\r
 416     paint(g);\r
 417   }\r
 418 \r
 419   public void paint(Graphics g)\r
 420   {\r
 421     if (miniMe != null)\r
 422     {\r
 423       g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 424     }\r
 425     else\r
 426     {\r
 427       g.setColor(Color.white);\r
 428       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 429       g.setColor(Color.black);\r
 430       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 431       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 432       g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 433     }\r
 434 \r
 435     g.setColor(Color.red);\r
 436     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 437     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 438   }\r
 439 \r
 440 }\r