src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel\r
  26     extends Panel implements Runnable, MouseMotionListener, MouseListener\r
  27 {\r
  28   Image miniMe;\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   AlignmentPanel ap;\r
  31   float scalew = 1f;\r
  32   float scaleh = 1f;\r
  33 \r
  34   public int width, sequencesHeight;\r
  35   int graphHeight = 20;\r
  36   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  37 \r
  38   boolean resizing = false;\r
  39 \r
  40   // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  41   // main visible SeqCanvas\r
  42   SequenceRenderer sr;\r
  43   FeatureRenderer fr;\r
  44 \r
  45 \r
  46   Frame nullFrame;\r
  47 \r
  48   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  49   {\r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     setLayout(null);\r
  53     nullFrame = new Frame();\r
  54     nullFrame.addNotify();\r
  55 \r
  56 \r
  57     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  58     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();\r
  59     sr.renderGaps( false );\r
  60     fr = new FeatureRenderer(av);\r
  61     fr.drawText = false;\r
  62 \r
  63 \r
  64 \r
  65     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  66     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  67         (float) av.alignment.getHeight();\r
  68 \r
  69     if(av.vconsensus==null)\r
  70           graphHeight = 0;\r
  71 \r
  72     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  73     {\r
  74       // wider\r
  75       width = 400;\r
  76       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  77       if(sequencesHeight<40)\r
  78               sequencesHeight = 40;\r
  79     }\r
  80     else\r
  81     {\r
  82       // taller\r
  83       width = (int) (400f * initialScale);\r
  84       sequencesHeight = 300;\r
  85       if (width < 120)\r
  86       {\r
  87         width = 120;\r
  88       }\r
  89     }\r
  90 \r
  91     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
  92     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  93     {\r
  94 \r
  95       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  96       {\r
  97         if (getSize().width != width ||\r
  98             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
  99         {\r
 100           updateOverviewImage();\r
 101         }\r
 102       }\r
 103     });\r
 104 \r
 105     addMouseMotionListener(this);\r
 106 \r
 107     addMouseListener(this);\r
 108 \r
 109     updateOverviewImage();\r
 110 \r
 111   }\r
 112 \r
 113 \r
 114   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 115   {}\r
 116   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 117   {}\r
 118   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 119   {}\r
 120   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 121   {}\r
 122   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 123   {\r
 124     boxX = evt.getX();\r
 125     boxY = evt.getY();\r
 126 \r
 127     checkValid();\r
 128     repaint();\r
 129   }\r
 130 \r
 131   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 132   {\r
 133     boxX = evt.getX();\r
 134     boxY = evt.getY();\r
 135     checkValid();\r
 136     ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 137                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 138   }\r
 139 \r
 140   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 141   {\r
 142     boxX = evt.getX();\r
 143     boxY = evt.getY();\r
 144     checkValid();\r
 145     ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 146                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 147 \r
 148     repaint();\r
 149     ap.repaint();\r
 150   }\r
 151 \r
 152   void checkValid()\r
 153   {\r
 154     if (boxY < 0)\r
 155     {\r
 156       boxY = 0;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     if (boxY > sequencesHeight - boxHeight)\r
 160     {\r
 161       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 162     }\r
 163 \r
 164     if (boxX < 0)\r
 165     {\r
 166       boxX = 0;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     if (boxX > width - boxWidth)\r
 170     {\r
 171       boxX = width - boxWidth;\r
 172     }\r
 173   }\r
 174 \r
 175   /**\r
 176    * DOCUMENT ME!\r
 177    */\r
 178   public void updateOverviewImage()\r
 179   {\r
 180     if (resizing)\r
 181     {\r
 182         resizeAgain = true;\r
 183         return;\r
 184     }\r
 185 \r
 186     if (av.showSequenceFeatures)\r
 187       fr.featuresDisplayed = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featuresDisplayed;\r
 188 \r
 189 \r
 190     resizing = true;\r
 191 \r
 192     if ( (getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))\r
 193     {\r
 194       width = getSize().width;\r
 195       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 196     }\r
 197     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 198     setBoxPosition();\r
 199 \r
 200     Thread thread = new Thread(this);\r
 201     thread.start();\r
 202         repaint();\r
 203   }\r
 204 \r
 205   // This is set true if the user resizes whilst\r
 206   // the overview is being calculated\r
 207     boolean resizeAgain = false;\r
 208 \r
 209   public void run()\r
 210   {\r
 211     miniMe = null;\r
 212     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 213     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 214 \r
 215     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 216     {\r
 217       width = getSize().width;\r
 218       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 219     }\r
 220 \r
 221     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 222 \r
 223     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 224     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 225 \r
 226     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 227     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 228 \r
 229     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 230 \r
 231     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 232     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 233     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 234 \r
 235     int lastcol=-1, lastrow=-1;\r
 236     Color color = Color.yellow;\r
 237     int row, col;\r
 238     for (col = 0; col < width; col++)\r
 239     {\r
 240       for (row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 241       {\r
 242         if((int)(col*sampleCol) == lastcol && (int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
 243         {\r
 244           mg.drawLine(col, row, col, row);\r
 245           continue;\r
 246         }\r
 247 \r
 248         if (av.conservation != null)\r
 249         {\r
 250           mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 251           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 252                                        (int) (sampleCol) + 1,\r
 253                                        graphHeight,\r
 254                                        (int) (col * sampleCol),\r
 255                                        (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 256           mg.translate( -col, -sequencesHeight);\r
 257         }\r
 258 \r
 259         lastrow = (int)(row*sampleRow);\r
 260         lastcol = (int)(col*sampleCol);\r
 261 \r
 262         if(av.alignment.getSequenceAt(lastrow).getLength()>lastcol)\r
 263         {\r
 264           color = sr.findSequenceColour(av.alignment.getSequenceAt(lastrow), lastcol);\r
 265 \r
 266 \r
 267           if (av.showSequenceFeatures)\r
 268             color = fr.findFeatureColour(color,\r
 269                                         av.alignment.getSequenceAt(lastrow),\r
 270                                          lastcol);\r
 271         }\r
 272 \r
 273         mg.setColor(color);\r
 274         mg.drawLine(col,row,col,row);\r
 275 \r
 276       }\r
 277     }\r
 278 \r
 279 \r
 280     System.gc();\r
 281 \r
 282     resizing = false;\r
 283 \r
 284     setBoxPosition();\r
 285 \r
 286     if(resizeAgain)\r
 287     {\r
 288       resizeAgain = false;\r
 289       updateOverviewImage();\r
 290     }\r
 291   }\r
 292 \r
 293   public void setBoxPosition()\r
 294   {\r
 295     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 296     int fullsizeHeight = av.alignment.getHeight() * av.getCharHeight();\r
 297 \r
 298     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 299     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 300 \r
 301     boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 302     boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 303     boxWidth = (int) ( (av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) *\r
 304                       av.getCharWidth() * scalew);\r
 305     boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) - boxY;\r
 306     repaint();\r
 307   }\r
 308 \r
 309   public void update(Graphics g)\r
 310   {\r
 311     paint(g);\r
 312   }\r
 313 \r
 314   public void paint(Graphics g)\r
 315   {\r
 316     if (miniMe != null)\r
 317     {\r
 318       g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 319     }\r
 320     else\r
 321     {\r
 322       g.setColor(Color.white);\r
 323       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 324       g.setColor(Color.black);\r
 325       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 326       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 327       g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 328     }\r
 329 \r
 330     g.setColor(Color.red);\r
 331     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 332     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 333   }\r
 334 \r
 335 }\r