src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel\r
  26     extends Panel implements Runnable, MouseMotionListener, MouseListener\r
  27 {\r
  28   Image miniMe;\r
  29   Image offscreen;\r
  30   AlignViewport av;\r
  31   AlignmentPanel ap;\r
  32   float scalew = 1f;\r
  33   float scaleh = 1f;\r
  34 \r
  35   public int width, sequencesHeight;\r
  36   int graphHeight = 20;\r
  37   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  38 \r
  39   boolean resizing = false;\r
  40 \r
  41   // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  42   // main visible SeqCanvas\r
  43   SequenceRenderer sr;\r
  44   FeatureRenderer fr;\r
  45 \r
  46   Frame nullFrame;\r
  47 \r
  48   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  49   {\r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     setLayout(null);\r
  53     nullFrame = new Frame();\r
  54     nullFrame.addNotify();\r
  55 \r
  56     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  57     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();\r
  58     sr.renderGaps = false;\r
  59     sr.forOverview = true;\r
  60     fr = new FeatureRenderer(av);\r
  61     fr.overview = true;\r
  62 \r
  63     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  64     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  65         (float) av.alignment.getHeight();\r
  66 \r
  67     if (av.hconsensus == null)\r
  68     {\r
  69       graphHeight = 0;\r
  70     }\r
  71 \r
  72     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  73     {\r
  74       // wider\r
  75       width = 400;\r
  76       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  77       if (sequencesHeight < 40)\r
  78       {\r
  79         sequencesHeight = 40;\r
  80       }\r
  81     }\r
  82     else\r
  83     {\r
  84       // taller\r
  85       width = (int) (400f * initialScale);\r
  86       sequencesHeight = 300;\r
  87       if (width < 120)\r
  88       {\r
  89         width = 120;\r
  90       }\r
  91     }\r
  92 \r
  93     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
  94     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  95     {\r
  96 \r
  97       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  98       {\r
  99         if (getSize().width != width ||\r
 100             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
 101         {\r
 102           updateOverviewImage();\r
 103         }\r
 104       }\r
 105     });\r
 106 \r
 107     addMouseMotionListener(this);\r
 108 \r
 109     addMouseListener(this);\r
 110 \r
 111     updateOverviewImage();\r
 112 \r
 113   }\r
 114 \r
 115   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 116   {}\r
 117 \r
 118   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 119   {}\r
 120 \r
 121   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 122   {}\r
 123 \r
 124   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 125   {}\r
 126 \r
 127   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 128   {\r
 129     boxX = evt.getX();\r
 130     boxY = evt.getY();\r
 131     checkValid();\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 135   {\r
 136     boxX = evt.getX();\r
 137     boxY = evt.getY();\r
 138     checkValid();\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 142   {\r
 143     boxX = evt.getX();\r
 144     boxY = evt.getY();\r
 145     checkValid();\r
 146   }\r
 147 \r
 148   void checkValid()\r
 149   {\r
 150     if (boxY < 0)\r
 151     {\r
 152       boxY = 0;\r
 153     }\r
 154 \r
 155     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 156     {\r
 157       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 158     }\r
 159 \r
 160     if (boxX < 0)\r
 161     {\r
 162       boxX = 0;\r
 163     }\r
 164 \r
 165     if (boxX > (width - boxWidth))\r
 166     {\r
 167       if (av.hasHiddenColumns)\r
 168       {\r
 169         //Try smallest possible box\r
 170         boxWidth = (int) ( (av.endRes - av.startRes + 1) *\r
 171                           av.getCharWidth() * scalew);\r
 172       }\r
 173       boxX = width - boxWidth;\r
 174     }\r
 175 \r
 176     int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());\r
 177     int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());\r
 178 \r
 179     if (av.hasHiddenColumns)\r
 180     {\r
 181       if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))\r
 182       {\r
 183         return;\r
 184       }\r
 185 \r
 186       col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);\r
 187     }\r
 188 \r
 189     if (av.hasHiddenRows)\r
 190     {\r
 191       row = av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(row);\r
 192     }\r
 193 \r
 194     ap.setScrollValues(col, row);\r
 195     ap.paintAlignment(false);\r
 196   }\r
 197 \r
 198   /**\r
 199    * DOCUMENT ME!\r
 200    */\r
 201   public void updateOverviewImage()\r
 202   {\r
 203     if (resizing)\r
 204     {\r
 205       resizeAgain = true;\r
 206       return;\r
 207     }\r
 208 \r
 209     if (av.showSequenceFeatures)\r
 210     {\r
 211       fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().\r
 212           featureGroups;\r
 213       fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().\r
 214           featureColours;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     resizing = true;\r
 218 \r
 219     if ( (getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))\r
 220     {\r
 221       width = getSize().width;\r
 222       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 223     }\r
 224     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 225 \r
 226     Thread thread = new Thread(this);\r
 227     thread.start();\r
 228     repaint();\r
 229   }\r
 230 \r
 231   // This is set true if the user resizes whilst\r
 232   // the overview is being calculated\r
 233   boolean resizeAgain = false;\r
 234 \r
 235   public void run()\r
 236   {\r
 237     miniMe = null;\r
 238     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 239     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 240 \r
 241     if (av.showSequenceFeatures)\r
 242     {\r
 243       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());\r
 244     }\r
 245 \r
 246     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 247     {\r
 248       width = getSize().width;\r
 249       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 250     }\r
 251 \r
 252     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 253 \r
 254     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 255     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 256 \r
 257     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 258     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 259 \r
 260     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 261     offscreen = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 262 \r
 263     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 264     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 265     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 266 \r
 267     int lastcol = 0, lastrow = 0;\r
 268     int xstart = 0, ystart = 0;\r
 269     Color color = Color.yellow;\r
 270     int row, col, sameRow = 0, sameCol = 0;\r
 271     jalview.datamodel.SequenceI seq;\r
 272     boolean hiddenRow = false;\r
 273     for (row = 0; row <= sequencesHeight; row++)\r
 274     {\r
 275       if ( (int) (row * sampleRow) == lastrow)\r
 276       {\r
 277         sameRow++;\r
 278         continue;\r
 279       }\r
 280 \r
 281       hiddenRow = false;\r
 282       if (av.hasHiddenRows)\r
 283       {\r
 284         seq = av.alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);\r
 285         if (seq == null)\r
 286         {\r
 287           int index =\r
 288               av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(\r
 289               lastrow);\r
 290 \r
 291           seq = av.alignment.getSequenceAt(index);\r
 292         }\r
 293         else\r
 294         {\r
 295           hiddenRow = true;\r
 296         }\r
 297       }\r
 298       else\r
 299       {\r
 300         seq = av.alignment.getSequenceAt(lastrow);\r
 301       }\r
 302 \r
 303       for (col = 0; col < width; col++)\r
 304       {\r
 305         if ( (int) (col * sampleCol) == lastcol &&\r
 306             (int) (row * sampleRow) == lastrow)\r
 307         {\r
 308           sameCol++;\r
 309           continue;\r
 310         }\r
 311 \r
 312         lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 313 \r
 314         if (seq.getLength() > lastcol)\r
 315         {\r
 316           color = sr.getResidueBoxColour(\r
 317               seq, lastcol);\r
 318 \r
 319           if (av.showSequenceFeatures)\r
 320           {\r
 321             color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);\r
 322           }\r
 323         }\r
 324         else\r
 325         {\r
 326           color = Color.white; //White\r
 327         }\r
 328 \r
 329         if (hiddenRow ||\r
 330             (av.hasHiddenColumns && !av.getColumnSelection().isVisible(lastcol)))\r
 331         {\r
 332           color = color.darker().darker();\r
 333         }\r
 334 \r
 335         mg.setColor(color);\r
 336         if (sameCol == 1 && sameRow == 1)\r
 337         {\r
 338           mg.drawLine(xstart, ystart, xstart, ystart);\r
 339         }\r
 340         else\r
 341         {\r
 342           mg.fillRect(xstart, ystart, sameCol, sameRow);\r
 343         }\r
 344 \r
 345         xstart = col;\r
 346         sameCol = 1;\r
 347       }\r
 348       lastrow = (int) (row * sampleRow);\r
 349       ystart = row;\r
 350       sameRow = 1;\r
 351     }\r
 352 \r
 353     if (av.conservation != null)\r
 354     {\r
 355       for (col = 0; col < width; col++)\r
 356       {\r
 357         lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 358         {\r
 359           mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 360           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 361                                        (int) (sampleCol) + 1,\r
 362                                        graphHeight,\r
 363                                        (int) (col * sampleCol),\r
 364                                        (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 365           mg.translate( -col, -sequencesHeight);\r
 366         }\r
 367       }\r
 368     }\r
 369     System.gc();\r
 370 \r
 371     resizing = false;\r
 372 \r
 373     setBoxPosition();\r
 374 \r
 375     if (resizeAgain)\r
 376     {\r
 377       resizeAgain = false;\r
 378       updateOverviewImage();\r
 379     }\r
 380   }\r
 381 \r
 382   public void setBoxPosition()\r
 383   {\r
 384     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 385     int fullsizeHeight = (av.alignment.getHeight()\r
 386                           + av.alignment.getHiddenSequences().getSize()) *\r
 387         av.getCharHeight();\r
 388 \r
 389     int startRes = av.getStartRes();\r
 390     int endRes = av.getEndRes();\r
 391 \r
 392     if (av.hasHiddenColumns)\r
 393     {\r
 394       startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);\r
 395       endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);\r
 396     }\r
 397 \r
 398     int startSeq = av.startSeq;\r
 399     int endSeq = av.endSeq;\r
 400 \r
 401     if (av.hasHiddenRows)\r
 402     {\r
 403       startSeq =\r
 404           av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(startSeq);\r
 405 \r
 406       endSeq =\r
 407           av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(endSeq);\r
 408 \r
 409     }\r
 410 \r
 411     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 412     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 413 \r
 414     boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);\r
 415     boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 416 \r
 417     if (av.hasHiddenColumns)\r
 418     {\r
 419       boxWidth = (int) ( (endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 420     }\r
 421     else\r
 422     {\r
 423       boxWidth = (int) ( (endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 424     }\r
 425 \r
 426     boxHeight = (int) ( (endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 427 \r
 428     repaint();\r
 429   }\r
 430 \r
 431   public void update(Graphics g)\r
 432   {\r
 433     paint(g);\r
 434   }\r
 435 \r
 436   public void paint(Graphics g)\r
 437   {\r
 438     Graphics og = offscreen.getGraphics();\r
 439     if (miniMe != null)\r
 440     {\r
 441       og.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 442       og.setColor(Color.red);\r
 443       og.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 444       og.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 445       g.drawImage(offscreen, 0, 0, this);\r
 446     }\r
 447   }\r
 448 \r
 449 }\r