src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel\r
  26     extends Panel implements Runnable, MouseMotionListener, MouseListener\r
  27 {\r
  28   Image miniMe;\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   AlignmentPanel ap;\r
  31   float scalew = 1f;\r
  32   float scaleh = 1f;\r
  33 \r
  34   public int width, sequencesHeight;\r
  35   int graphHeight = 20;\r
  36   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  37 \r
  38   boolean resizing = false;\r
  39 \r
  40   // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  41   // main visible SeqCanvas\r
  42   SequenceRenderer sr;\r
  43   FeatureRenderer fr;\r
  44 \r
  45 \r
  46   Frame nullFrame;\r
  47 \r
  48   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  49   {\r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     setLayout(null);\r
  53     nullFrame = new Frame();\r
  54     nullFrame.addNotify();\r
  55 \r
  56 \r
  57     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  58     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();\r
  59     sr.renderGaps( false );\r
  60     sr.forOverview = true;\r
  61     fr = new FeatureRenderer(av);\r
  62     fr.overview = true;\r
  63 \r
  64 \r
  65 \r
  66     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  67     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  68         (float) av.alignment.getHeight();\r
  69 \r
  70     if(av.vconsensus==null)\r
  71           graphHeight = 0;\r
  72 \r
  73     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  74     {\r
  75       // wider\r
  76       width = 400;\r
  77       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  78       if(sequencesHeight<40)\r
  79               sequencesHeight = 40;\r
  80     }\r
  81     else\r
  82     {\r
  83       // taller\r
  84       width = (int) (400f * initialScale);\r
  85       sequencesHeight = 300;\r
  86       if (width < 120)\r
  87       {\r
  88         width = 120;\r
  89       }\r
  90     }\r
  91 \r
  92     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
  93     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  94     {\r
  95 \r
  96       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  97       {\r
  98         if (getSize().width != width ||\r
  99             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
 100         {\r
 101           updateOverviewImage();\r
 102         }\r
 103       }\r
 104     });\r
 105 \r
 106     addMouseMotionListener(this);\r
 107 \r
 108     addMouseListener(this);\r
 109 \r
 110     updateOverviewImage();\r
 111 \r
 112   }\r
 113 \r
 114 \r
 115   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 116   {}\r
 117   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 118   {}\r
 119   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 120   {}\r
 121   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 122   {}\r
 123   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 124   {\r
 125     boxX = evt.getX();\r
 126     boxY = evt.getY();\r
 127 \r
 128     checkValid();\r
 129     repaint();\r
 130   }\r
 131 \r
 132   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 133   {\r
 134     boxX = evt.getX();\r
 135     boxY = evt.getY();\r
 136     checkValid();\r
 137     ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 138                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 142   {\r
 143     boxX = evt.getX();\r
 144     boxY = evt.getY();\r
 145     checkValid();\r
 146     ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 147                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 148 \r
 149     repaint();\r
 150     ap.repaint();\r
 151   }\r
 152 \r
 153   void checkValid()\r
 154   {\r
 155     if (boxY < 0)\r
 156     {\r
 157       boxY = 0;\r
 158     }\r
 159 \r
 160     if (boxY > sequencesHeight - boxHeight)\r
 161     {\r
 162       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 163     }\r
 164 \r
 165     if (boxX < 0)\r
 166     {\r
 167       boxX = 0;\r
 168     }\r
 169 \r
 170     if (boxX > width - boxWidth)\r
 171     {\r
 172       boxX = width - boxWidth;\r
 173     }\r
 174   }\r
 175 \r
 176   /**\r
 177    * DOCUMENT ME!\r
 178    */\r
 179   public void updateOverviewImage()\r
 180   {\r
 181     if (resizing)\r
 182     {\r
 183         resizeAgain = true;\r
 184         return;\r
 185     }\r
 186 \r
 187     if (av.showSequenceFeatures)\r
 188    {\r
 189      fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureGroups;\r
 190      fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;\r
 191    }\r
 192 \r
 193     resizing = true;\r
 194 \r
 195     if ( (getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))\r
 196     {\r
 197       width = getSize().width;\r
 198       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 199     }\r
 200     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 201     setBoxPosition();\r
 202 \r
 203     Thread thread = new Thread(this);\r
 204     thread.start();\r
 205         repaint();\r
 206   }\r
 207 \r
 208   // This is set true if the user resizes whilst\r
 209   // the overview is being calculated\r
 210     boolean resizeAgain = false;\r
 211 \r
 212   public void run()\r
 213   {\r
 214     miniMe = null;\r
 215     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 216     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 217 \r
 218     if (av.showSequenceFeatures)\r
 219     {\r
 220       fr.renderOrder = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().renderOrder;\r
 221       fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureGroups;\r
 222       fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;\r
 223       fr.sequenceFeatures = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().sequenceFeatures;\r
 224     }\r
 225 \r
 226     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 227     {\r
 228       width = getSize().width;\r
 229       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 230     }\r
 231 \r
 232     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 233 \r
 234     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 235     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 236 \r
 237     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 238     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 239 \r
 240     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 241 \r
 242     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 243     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 244     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 245 \r
 246     int lastcol=0, lastseq=0;\r
 247     int xstart=0, ystart=0;\r
 248     Color color = Color.yellow;\r
 249     int col, sameRow = 0, sameCol = 0;\r
 250     jalview.datamodel.SequenceI sequence;\r
 251 \r
 252     for (int row = 0; row <= sequencesHeight; row++)\r
 253     {\r
 254       if((int)(row*sampleRow)==lastseq)\r
 255       {\r
 256         sameRow ++;\r
 257         continue;\r
 258       }\r
 259 \r
 260       sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(lastseq);\r
 261 \r
 262       for (col = 0; col < width; col++)\r
 263       {\r
 264         if((int)(col*sampleCol) == lastcol)\r
 265         {\r
 266           sameCol ++;\r
 267           continue;\r
 268         }\r
 269 \r
 270         lastcol = (int)(col*sampleCol);\r
 271 \r
 272         if(sequence.getLength()>lastcol)\r
 273         {\r
 274           color = sr.findSequenceColour(sequence, lastcol);\r
 275 \r
 276           if (av.showSequenceFeatures)\r
 277             color = fr.findFeatureColour(color,\r
 278                                         sequence,\r
 279                                         lastcol);\r
 280         }\r
 281         else\r
 282           color = color.white;\r
 283 \r
 284         mg.setColor(color);\r
 285         if (sameCol == 1 && sameRow == 1)\r
 286           mg.drawLine(xstart, ystart, xstart, ystart);\r
 287         else\r
 288           mg.fillRect(xstart, ystart, sameCol, sameRow);\r
 289 \r
 290         xstart = col;\r
 291         sameCol = 1;\r
 292       }\r
 293 \r
 294 \r
 295       lastseq = (int)(row*sampleRow);\r
 296       ystart = row;\r
 297       sameRow = 1;\r
 298     }\r
 299 \r
 300     if (av.conservation != null)\r
 301     {\r
 302       for (col = 0; col < width; col++)\r
 303       {\r
 304         lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 305         {\r
 306           mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 307           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 308                                        (int) (sampleCol) + 1,\r
 309                                        graphHeight,\r
 310                                        (int) (col * sampleCol),\r
 311                                        (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 312           mg.translate( -col, -sequencesHeight);\r
 313         }\r
 314       }\r
 315     }\r
 316 \r
 317 \r
 318 \r
 319     System.gc();\r
 320 \r
 321     resizing = false;\r
 322 \r
 323     setBoxPosition();\r
 324 \r
 325     if(resizeAgain)\r
 326     {\r
 327       resizeAgain = false;\r
 328       updateOverviewImage();\r
 329     }\r
 330   }\r
 331 \r
 332   public void setBoxPosition()\r
 333   {\r
 334     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 335     int fullsizeHeight = av.alignment.getHeight() * av.getCharHeight();\r
 336 \r
 337     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 338     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 339 \r
 340     boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 341     boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 342     boxWidth = (int) ( (av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) *\r
 343                       av.getCharWidth() * scalew);\r
 344     boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) - boxY;\r
 345     repaint();\r
 346   }\r
 347 \r
 348   public void update(Graphics g)\r
 349   {\r
 350     paint(g);\r
 351   }\r
 352 \r
 353   public void paint(Graphics g)\r
 354   {\r
 355     if (miniMe != null)\r
 356     {\r
 357       g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 358     }\r
 359     else\r
 360     {\r
 361       g.setColor(Color.white);\r
 362       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 363       g.setColor(Color.black);\r
 364       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 365       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 366       g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 367     }\r
 368 \r
 369     g.setColor(Color.red);\r
 370     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 371     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 372   }\r
 373 \r
 374 }\r