src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel\r
  26     extends Panel implements Runnable\r
  27 {\r
  28   Image miniMe;\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   AlignmentPanel ap;\r
  31   float scalew = 1f;\r
  32   float scaleh = 1f;\r
  33 \r
  34   public int width, sequencesHeight;\r
  35   int graphHeight = 30;\r
  36   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  37 \r
  38   boolean resizing = false;\r
  39 \r
  40   Frame nullFrame;\r
  41 \r
  42   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  43   {\r
  44     this.av = ap.av;\r
  45     this.ap = ap;\r
  46     setLayout(null);\r
  47     nullFrame = new Frame();\r
  48     nullFrame.addNotify();\r
  49 \r
  50     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  51     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  52         (float) av.alignment.getHeight();\r
  53     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  54     {\r
  55       // wider\r
  56       width = 400;\r
  57       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  58     }\r
  59     else\r
  60     {\r
  61       // taller\r
  62       width = (int) (400f * initialScale);\r
  63       sequencesHeight = 300;\r
  64       if (width < 120)\r
  65       {\r
  66         width = 120;\r
  67       }\r
  68     }\r
  69 \r
  70     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
  71     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  72     {\r
  73 \r
  74       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  75       {\r
  76         if (getSize().width != width ||\r
  77             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
  78         {\r
  79           updateOverviewImage();\r
  80         }\r
  81       }\r
  82     });\r
  83 \r
  84     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  85     {\r
  86       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  87       {\r
  88         doMouseDragged(evt);\r
  89       }\r
  90     });\r
  91 \r
  92     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  93     {\r
  94       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  95       {\r
  96         doMousePressed(evt);\r
  97       }\r
  98 \r
  99       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 100       {\r
 101         doMouseReleased(evt);\r
 102       }\r
 103     });\r
 104 \r
 105     updateOverviewImage();\r
 106 \r
 107   }\r
 108 \r
 109   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 110   {\r
 111     boxX = evt.getX();\r
 112     boxY = evt.getY();\r
 113 \r
 114     checkValid();\r
 115     repaint();\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 119   {\r
 120     boxX = evt.getX();\r
 121     boxY = evt.getY();\r
 122     checkValid();\r
 123     if (!resizing)\r
 124     {\r
 125       ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 126                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 127     }\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 131   {\r
 132     boxX = evt.getX();\r
 133     boxY = evt.getY();\r
 134     checkValid();\r
 135     if (!resizing)\r
 136     {\r
 137       ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 138                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 139     }\r
 140     repaint();\r
 141     ap.repaint();\r
 142   }\r
 143 \r
 144   void checkValid()\r
 145   {\r
 146     if (boxY < 0)\r
 147     {\r
 148       boxY = 0;\r
 149     }\r
 150 \r
 151     if (boxY > sequencesHeight - boxHeight)\r
 152     {\r
 153       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 154     }\r
 155 \r
 156     if (boxX < 0)\r
 157     {\r
 158       boxX = 0;\r
 159     }\r
 160 \r
 161     if (boxX > width - boxWidth)\r
 162     {\r
 163       boxX = width - boxWidth;\r
 164     }\r
 165   }\r
 166 \r
 167   /**\r
 168    * DOCUMENT ME!\r
 169    */\r
 170   public void updateOverviewImage()\r
 171   {\r
 172       if (resizing)\r
 173       {\r
 174           resizeAgain = true;\r
 175           return;\r
 176       }\r
 177 \r
 178       resizing = true;\r
 179 \r
 180       Thread thread = new Thread(this);\r
 181       thread.start();\r
 182       repaint();\r
 183   }\r
 184 \r
 185   // This is set true if the user resizes whilst\r
 186   // the overview is being calculated\r
 187     boolean resizeAgain = false;\r
 188 \r
 189   public void run()\r
 190   {\r
 191     miniMe = null;\r
 192     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 193     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 194 \r
 195     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 196     {\r
 197       width = getSize().width;\r
 198       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 199     }\r
 200 \r
 201     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 202 \r
 203     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 204     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 205 \r
 206     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 207     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 208 \r
 209     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 210 \r
 211     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 212     Image consensus = nullFrame.createImage(fullsizeWidth, 60);\r
 213     Graphics g = consensus.getGraphics();\r
 214     ap.annotationPanel.drawGraph(g, av.conservation, fullsizeWidth, 60);\r
 215     mg.drawImage(consensus, 0, sequencesHeight, width,\r
 216                  sequencesHeight + graphHeight, 0, 0, fullsizeWidth, 60, this);\r
 217 \r
 218     boolean oldRenderGaps = av.renderGaps;\r
 219     try\r
 220     {\r
 221       // We'll have to draw the full size alignment in chunks, as an image of the\r
 222       // whole alignment requires too much memory\r
 223 \r
 224       // Max size depends on the font size, the following is a\r
 225       // guess at a size which works\r
 226       int maxSize = 2000 / av.getFont().getSize();\r
 227       Image block;\r
 228       int blockx = 0, blocky = 0, blockw = 0, blockh = 0, eRes = 0, eSeq = 0;\r
 229 \r
 230       av.setRenderGaps(false);\r
 231       for (int sRes = 0, chunkx = 0; sRes < alwidth; sRes += maxSize, chunkx++)\r
 232       {\r
 233         eSeq = 0;\r
 234         eRes += maxSize;\r
 235         if (eRes > alwidth)\r
 236         {\r
 237           eRes = alwidth;\r
 238         }\r
 239 \r
 240         for (int sSeq = 0, chunky = 0; sSeq < alheight; sSeq += maxSize, chunky++)\r
 241         {\r
 242           if(resizeAgain)\r
 243                   break;\r
 244 \r
 245           eSeq += maxSize;\r
 246           if (eSeq > alheight)\r
 247           {\r
 248             eSeq = alheight;\r
 249           }\r
 250 \r
 251           blocky = 0;\r
 252           blockx = (int) ( (float) sRes / (float) alwidth * width);\r
 253 \r
 254           block = nullFrame.createImage( (eRes - sRes) * av.charWidth,\r
 255                                         (eSeq - sSeq) * av.charHeight);\r
 256           g = block.getGraphics();\r
 257 \r
 258           ap.seqPanel.seqCanvas.drawPanel(g, sRes, eRes, sSeq, eSeq, sRes, sSeq,\r
 259                                           0);\r
 260 \r
 261           blockh = (int) ( (float) (eSeq - sSeq) / (float) alheight *\r
 262                           sequencesHeight) + 1;\r
 263           blockw = (int) ( (float) (eRes - sRes) / (float) alwidth * width) + 1;\r
 264 \r
 265           blocky += (int) ( (float) sSeq / (float) alheight * sequencesHeight);\r
 266 \r
 267           mg.drawImage(block, blockx,\r
 268                        blocky,\r
 269                        blockx + blockw,\r
 270                        blocky + blockh,\r
 271 \r
 272                        0, 0, block.getWidth(null), block.getHeight(null), this);\r
 273 \r
 274           block = null;\r
 275         }\r
 276 \r
 277       }\r
 278 \r
 279     }\r
 280     catch (OutOfMemoryError error)\r
 281     {\r
 282       System.err.println(\r
 283           "Out of memory when trying to calculate the overview window image!");\r
 284     }\r
 285 \r
 286     System.gc();\r
 287 \r
 288     av.setRenderGaps(oldRenderGaps);\r
 289     resizing = false;\r
 290 \r
 291     setBoxPosition();\r
 292 \r
 293     if(resizeAgain)\r
 294     {\r
 295       resizeAgain = false;\r
 296       updateOverviewImage();\r
 297     }\r
 298   }\r
 299 \r
 300   public void setBoxPosition()\r
 301   {\r
 302     boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 303     boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 304     boxWidth = (int) ( (av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) *\r
 305                       av.getCharWidth() * scalew);\r
 306     boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) - boxY;\r
 307     repaint();\r
 308   }\r
 309 \r
 310   public void update(Graphics g)\r
 311   {\r
 312     paint(g);\r
 313   }\r
 314 \r
 315   public void paint(Graphics g)\r
 316   {\r
 317     if (resizing)\r
 318     {\r
 319       g.setColor(Color.white);\r
 320       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 321       g.setColor(Color.black);\r
 322 \r
 323       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 324       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 325       g.drawString("Overview.....", 5, sequencesHeight / 2 + 20);\r
 326     }\r
 327     else\r
 328     {\r
 329       if (miniMe != null)\r
 330       {\r
 331         g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 332       }\r
 333 \r
 334       g.setColor(Color.red);\r
 335       g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 336       g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 337     }\r
 338   }\r
 339 \r
 340 }\r