src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel\r
  26     extends Panel implements Runnable, MouseMotionListener, MouseListener\r
  27 {\r
  28   Image miniMe;\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   AlignmentPanel ap;\r
  31   float scalew = 1f;\r
  32   float scaleh = 1f;\r
  33 \r
  34   public int width, sequencesHeight;\r
  35   int graphHeight = 20;\r
  36   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  37 \r
  38   boolean resizing = false;\r
  39 \r
  40   // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  41   // main visible SeqCanvas\r
  42   SequenceRenderer sr;\r
  43   FeatureRenderer fr;\r
  44 \r
  45 \r
  46   Frame nullFrame;\r
  47 \r
  48   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  49   {\r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     setLayout(null);\r
  53     nullFrame = new Frame();\r
  54     nullFrame.addNotify();\r
  55 \r
  56 \r
  57     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  58     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();\r
  59     sr.renderGaps( false );\r
  60     sr.forOverview = true;\r
  61     fr = new FeatureRenderer(av);\r
  62     fr.drawText = false;\r
  63     fr.overview = true;\r
  64 \r
  65 \r
  66 \r
  67     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  68     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  69         (float) av.alignment.getHeight();\r
  70 \r
  71     if(av.vconsensus==null)\r
  72           graphHeight = 0;\r
  73 \r
  74     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  75     {\r
  76       // wider\r
  77       width = 400;\r
  78       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  79       if(sequencesHeight<40)\r
  80               sequencesHeight = 40;\r
  81     }\r
  82     else\r
  83     {\r
  84       // taller\r
  85       width = (int) (400f * initialScale);\r
  86       sequencesHeight = 300;\r
  87       if (width < 120)\r
  88       {\r
  89         width = 120;\r
  90       }\r
  91     }\r
  92 \r
  93     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
  94     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  95     {\r
  96 \r
  97       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  98       {\r
  99         if (getSize().width != width ||\r
 100             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
 101         {\r
 102           updateOverviewImage();\r
 103         }\r
 104       }\r
 105     });\r
 106 \r
 107     addMouseMotionListener(this);\r
 108 \r
 109     addMouseListener(this);\r
 110 \r
 111     updateOverviewImage();\r
 112 \r
 113   }\r
 114 \r
 115 \r
 116   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 117   {}\r
 118   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 119   {}\r
 120   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 121   {}\r
 122   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 123   {}\r
 124   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 125   {\r
 126     boxX = evt.getX();\r
 127     boxY = evt.getY();\r
 128 \r
 129     checkValid();\r
 130     repaint();\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 134   {\r
 135     boxX = evt.getX();\r
 136     boxY = evt.getY();\r
 137     checkValid();\r
 138     ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 139                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 140   }\r
 141 \r
 142   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 143   {\r
 144     boxX = evt.getX();\r
 145     boxY = evt.getY();\r
 146     checkValid();\r
 147     ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 148                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 149 \r
 150     repaint();\r
 151     ap.repaint();\r
 152   }\r
 153 \r
 154   void checkValid()\r
 155   {\r
 156     if (boxY < 0)\r
 157     {\r
 158       boxY = 0;\r
 159     }\r
 160 \r
 161     if (boxY > sequencesHeight - boxHeight)\r
 162     {\r
 163       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     if (boxX < 0)\r
 167     {\r
 168       boxX = 0;\r
 169     }\r
 170 \r
 171     if (boxX > width - boxWidth)\r
 172     {\r
 173       boxX = width - boxWidth;\r
 174     }\r
 175   }\r
 176 \r
 177   /**\r
 178    * DOCUMENT ME!\r
 179    */\r
 180   public void updateOverviewImage()\r
 181   {\r
 182     if (resizing)\r
 183     {\r
 184         resizeAgain = true;\r
 185         return;\r
 186     }\r
 187 \r
 188     if (av.showSequenceFeatures)\r
 189    {\r
 190      fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureGroups;\r
 191      fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;\r
 192      fr.sequenceFeatures = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().sequenceFeatures;\r
 193    }\r
 194 \r
 195 \r
 196     resizing = true;\r
 197 \r
 198     if ( (getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))\r
 199     {\r
 200       width = getSize().width;\r
 201       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 202     }\r
 203     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 204     setBoxPosition();\r
 205 \r
 206     Thread thread = new Thread(this);\r
 207     thread.start();\r
 208         repaint();\r
 209   }\r
 210 \r
 211   // This is set true if the user resizes whilst\r
 212   // the overview is being calculated\r
 213     boolean resizeAgain = false;\r
 214 \r
 215   public void run()\r
 216   {\r
 217     miniMe = null;\r
 218     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 219     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 220 \r
 221     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 222     {\r
 223       width = getSize().width;\r
 224       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 225     }\r
 226 \r
 227     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 228 \r
 229     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 230     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 231 \r
 232     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 233     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 234 \r
 235     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 236 \r
 237     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 238     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 239     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 240 \r
 241     int lastcol=-1, lastrow=0;\r
 242     Color color = Color.yellow;\r
 243     int row, col;\r
 244     jalview.datamodel.SequenceI sequence;\r
 245     for (row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 246     {\r
 247       sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(lastrow);\r
 248       for (col = 0; col < width; col++)\r
 249       {\r
 250         if((int)(col*sampleCol) == lastcol && (int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
 251         {\r
 252           mg.drawLine(col, row, col, row);\r
 253           continue;\r
 254         }\r
 255 \r
 256         lastrow = (int)(row*sampleRow);\r
 257         lastcol = (int)(col*sampleCol);\r
 258 \r
 259         if(av.alignment.getSequenceAt(lastrow).getLength()>lastcol)\r
 260         {\r
 261 \r
 262           color = sr.findSequenceColour(sequence, lastcol);\r
 263 \r
 264           if (av.showSequenceFeatures)\r
 265             color = fr.findFeatureColour(color,\r
 266                                         sequence,\r
 267                                         lastcol);\r
 268         }\r
 269         else\r
 270           color = color.white;\r
 271 \r
 272         mg.setColor(color);\r
 273         mg.drawLine(col,row,col,row);\r
 274 \r
 275       }\r
 276     }\r
 277 \r
 278     if (av.conservation != null)\r
 279     {\r
 280       for (col = 0; col < width; col++)\r
 281       {\r
 282         lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 283         {\r
 284           mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 285           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 286                                        (int) (sampleCol) + 1,\r
 287                                        graphHeight,\r
 288                                        (int) (col * sampleCol),\r
 289                                        (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 290           mg.translate( -col, -sequencesHeight);\r
 291         }\r
 292       }\r
 293     }\r
 294 \r
 295 \r
 296 \r
 297     System.gc();\r
 298 \r
 299     resizing = false;\r
 300 \r
 301     setBoxPosition();\r
 302 \r
 303     if(resizeAgain)\r
 304     {\r
 305       resizeAgain = false;\r
 306       updateOverviewImage();\r
 307     }\r
 308   }\r
 309 \r
 310   public void setBoxPosition()\r
 311   {\r
 312     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 313     int fullsizeHeight = av.alignment.getHeight() * av.getCharHeight();\r
 314 \r
 315     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 316     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 317 \r
 318     boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 319     boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 320     boxWidth = (int) ( (av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) *\r
 321                       av.getCharWidth() * scalew);\r
 322     boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) - boxY;\r
 323     repaint();\r
 324   }\r
 325 \r
 326   public void update(Graphics g)\r
 327   {\r
 328     paint(g);\r
 329   }\r
 330 \r
 331   public void paint(Graphics g)\r
 332   {\r
 333     if (miniMe != null)\r
 334     {\r
 335       g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 336     }\r
 337     else\r
 338     {\r
 339       g.setColor(Color.white);\r
 340       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 341       g.setColor(Color.black);\r
 342       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 343       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 344       g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 345     }\r
 346 \r
 347     g.setColor(Color.red);\r
 348     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 349     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 350   }\r
 351 \r
 352 }\r