src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel\r
  26     extends Panel implements Runnable\r
  27 {\r
  28   Image miniMe;\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   AlignmentPanel ap;\r
  31   float scalew = 1f;\r
  32   float scaleh = 1f;\r
  33 \r
  34   public int width, sequencesHeight;\r
  35   int graphHeight = 20;\r
  36   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  37 \r
  38   boolean resizing = false;\r
  39 \r
  40   // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  41   // main visible SeqCanvas\r
  42   SequenceRenderer sr;\r
  43   //FeatureRenderer fr;\r
  44 \r
  45 \r
  46   Frame nullFrame;\r
  47 \r
  48   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  49   {\r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     setLayout(null);\r
  53     nullFrame = new Frame();\r
  54     nullFrame.addNotify();\r
  55 \r
  56 \r
  57     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  58     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();\r
  59     sr.renderGaps( false );\r
  60     //fr = new FeatureRenderer(av);\r
  61     //fr.transparency = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().transparency;\r
  62     //fr.featuresDisplayed = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featuresDisplayed;\r
  63 \r
  64 \r
  65 \r
  66     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  67     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  68         (float) av.alignment.getHeight();\r
  69 \r
  70     if(av.vconsensus==null)\r
  71           graphHeight = 0;\r
  72 \r
  73     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  74     {\r
  75       // wider\r
  76       width = 400;\r
  77       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  78       if(sequencesHeight<40)\r
  79               sequencesHeight = 40;\r
  80     }\r
  81     else\r
  82     {\r
  83       // taller\r
  84       width = (int) (400f * initialScale);\r
  85       sequencesHeight = 300;\r
  86       if (width < 120)\r
  87       {\r
  88         width = 120;\r
  89       }\r
  90     }\r
  91 \r
  92     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
  93     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  94     {\r
  95 \r
  96       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  97       {\r
  98         if (getSize().width != width ||\r
  99             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
 100         {\r
 101           updateOverviewImage();\r
 102         }\r
 103       }\r
 104     });\r
 105 \r
 106     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
 107     {\r
 108       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 109       {\r
 110         doMouseDragged(evt);\r
 111       }\r
 112     });\r
 113 \r
 114     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 115     {\r
 116       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 117       {\r
 118         doMousePressed(evt);\r
 119       }\r
 120 \r
 121       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 122       {\r
 123         doMouseReleased(evt);\r
 124       }\r
 125     });\r
 126 \r
 127     updateOverviewImage();\r
 128 \r
 129   }\r
 130 \r
 131   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 132   {\r
 133     boxX = evt.getX();\r
 134     boxY = evt.getY();\r
 135 \r
 136     checkValid();\r
 137     repaint();\r
 138   }\r
 139 \r
 140   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 141   {\r
 142     boxX = evt.getX();\r
 143     boxY = evt.getY();\r
 144     checkValid();\r
 145     ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 146                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 150   {\r
 151     boxX = evt.getX();\r
 152     boxY = evt.getY();\r
 153     checkValid();\r
 154     ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 155                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 156 \r
 157     repaint();\r
 158     ap.repaint();\r
 159   }\r
 160 \r
 161   void checkValid()\r
 162   {\r
 163     if (boxY < 0)\r
 164     {\r
 165       boxY = 0;\r
 166     }\r
 167 \r
 168     if (boxY > sequencesHeight - boxHeight)\r
 169     {\r
 170       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 171     }\r
 172 \r
 173     if (boxX < 0)\r
 174     {\r
 175       boxX = 0;\r
 176     }\r
 177 \r
 178     if (boxX > width - boxWidth)\r
 179     {\r
 180       boxX = width - boxWidth;\r
 181     }\r
 182   }\r
 183 \r
 184   /**\r
 185    * DOCUMENT ME!\r
 186    */\r
 187   public void updateOverviewImage()\r
 188   {\r
 189     if (resizing)\r
 190     {\r
 191         resizeAgain = true;\r
 192         return;\r
 193     }\r
 194 \r
 195     resizing = true;\r
 196 \r
 197     if ( (getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))\r
 198     {\r
 199       width = getSize().width;\r
 200       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 201     }\r
 202     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 203     setBoxPosition();\r
 204 \r
 205     Thread thread = new Thread(this);\r
 206     thread.start();\r
 207         repaint();\r
 208   }\r
 209 \r
 210   // This is set true if the user resizes whilst\r
 211   // the overview is being calculated\r
 212     boolean resizeAgain = false;\r
 213 \r
 214   public void run()\r
 215   {\r
 216     miniMe = null;\r
 217     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 218     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 219 \r
 220     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 221     {\r
 222       width = getSize().width;\r
 223       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 224     }\r
 225 \r
 226     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 227 \r
 228     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 229     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 230 \r
 231     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 232     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 233 \r
 234     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 235 \r
 236     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 237     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 238     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 239 \r
 240     int lastcol=-1, lastrow=-1;\r
 241     Color color = Color.white;\r
 242     for (int col = 0; col < width; col++)\r
 243     {\r
 244       for (int row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 245       {\r
 246         if((int)(col*sampleCol) == lastcol && (int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
 247         {\r
 248           mg.setColor(color);\r
 249           mg.fillRect(col,row,1,1);\r
 250           continue;\r
 251         }\r
 252 \r
 253         lastrow = (int)(row*sampleRow);\r
 254         lastcol = (int)(col*sampleCol);\r
 255 \r
 256         color = sr.findSequenceColour(av.alignment.getSequenceAt(lastrow), lastcol);\r
 257 \r
 258         mg.setColor(color);\r
 259         mg.fillRect(col,row,1,1);\r
 260 \r
 261         if (av.conservation != null)\r
 262         {\r
 263           mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 264           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 265                                        (int) (sampleCol) + 1,\r
 266                                        graphHeight,\r
 267                                        (int) (col * sampleCol),\r
 268                                        (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 269           mg.translate(-col, -sequencesHeight);\r
 270         }\r
 271       }\r
 272     }\r
 273 \r
 274     System.gc();\r
 275 \r
 276     resizing = false;\r
 277 \r
 278     setBoxPosition();\r
 279 \r
 280     if(resizeAgain)\r
 281     {\r
 282       resizeAgain = false;\r
 283       updateOverviewImage();\r
 284     }\r
 285   }\r
 286 \r
 287   public void setBoxPosition()\r
 288   {\r
 289     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 290     int fullsizeHeight = av.alignment.getHeight() * av.getCharHeight();\r
 291 \r
 292     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 293     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 294 \r
 295     boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 296     boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 297     boxWidth = (int) ( (av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) *\r
 298                       av.getCharWidth() * scalew);\r
 299     boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) - boxY;\r
 300     repaint();\r
 301   }\r
 302 \r
 303   public void update(Graphics g)\r
 304   {\r
 305     paint(g);\r
 306   }\r
 307 \r
 308   public void paint(Graphics g)\r
 309   {\r
 310     if (miniMe != null)\r
 311     {\r
 312       g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 313     }\r
 314     else\r
 315     {\r
 316       g.setColor(Color.white);\r
 317       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 318       g.setColor(Color.black);\r
 319       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 320       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 321       g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 322     }\r
 323 \r
 324     g.setColor(Color.red);\r
 325     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 326     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 327   }\r
 328 \r
 329 }\r