src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel\r
  26     extends Panel implements Runnable, MouseMotionListener, MouseListener\r
  27 {\r
  28   Image miniMe;\r
  29   Image offscreen;\r
  30   AlignViewport av;\r
  31   AlignmentPanel ap;\r
  32   float scalew = 1f;\r
  33   float scaleh = 1f;\r
  34 \r
  35   public int width, sequencesHeight;\r
  36   int graphHeight = 20;\r
  37   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  38 \r
  39   boolean resizing = false;\r
  40 \r
  41   // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  42   // main visible SeqCanvas\r
  43   SequenceRenderer sr;\r
  44   FeatureRenderer fr;\r
  45 \r
  46 \r
  47   Frame nullFrame;\r
  48 \r
  49   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  50   {\r
  51     this.av = ap.av;\r
  52     this.ap = ap;\r
  53     setLayout(null);\r
  54     nullFrame = new Frame();\r
  55     nullFrame.addNotify();\r
  56 \r
  57 \r
  58     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  59     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();\r
  60     sr.renderGaps = false;\r
  61     sr.forOverview = true;\r
  62     fr = new FeatureRenderer(av);\r
  63     fr.overview = true;\r
  64 \r
  65 \r
  66 \r
  67     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  68     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  69         (float) av.alignment.getHeight();\r
  70 \r
  71     if(av.hconsensus==null)\r
  72           graphHeight = 0;\r
  73 \r
  74     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  75     {\r
  76       // wider\r
  77       width = 400;\r
  78       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  79       if(sequencesHeight<40)\r
  80               sequencesHeight = 40;\r
  81     }\r
  82     else\r
  83     {\r
  84       // taller\r
  85       width = (int) (400f * initialScale);\r
  86       sequencesHeight = 300;\r
  87       if (width < 120)\r
  88       {\r
  89         width = 120;\r
  90       }\r
  91     }\r
  92 \r
  93     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
  94     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  95     {\r
  96 \r
  97       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  98       {\r
  99         if (getSize().width != width ||\r
 100             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
 101         {\r
 102           updateOverviewImage();\r
 103         }\r
 104       }\r
 105     });\r
 106 \r
 107     addMouseMotionListener(this);\r
 108 \r
 109     addMouseListener(this);\r
 110 \r
 111     updateOverviewImage();\r
 112 \r
 113   }\r
 114 \r
 115 \r
 116   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 117   {}\r
 118   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 119   {}\r
 120   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 121   {}\r
 122   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 123   {}\r
 124   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 125   {\r
 126     boxX = evt.getX();\r
 127     boxY = evt.getY();\r
 128     checkValid();\r
 129   }\r
 130 \r
 131   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 132   {\r
 133     boxX = evt.getX();\r
 134     boxY = evt.getY();\r
 135     checkValid();\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 139   {\r
 140     boxX = evt.getX();\r
 141     boxY = evt.getY();\r
 142     checkValid();\r
 143   }\r
 144 \r
 145   void checkValid()\r
 146   {\r
 147     if (boxY < 0)\r
 148     {\r
 149         boxY = 0;\r
 150     }\r
 151 \r
 152     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 153     {\r
 154         boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 155     }\r
 156 \r
 157     if (boxX < 0)\r
 158     {\r
 159         boxX = 0;\r
 160     }\r
 161 \r
 162     if (boxX > (width - boxWidth))\r
 163     {\r
 164       if(av.hasHiddenColumns)\r
 165       {\r
 166         //Try smallest possible box\r
 167         boxWidth = (int) ( (av.endRes - av.startRes + 1) *\r
 168                                av.getCharWidth() * scalew);\r
 169       }\r
 170       boxX = width - boxWidth;\r
 171     }\r
 172 \r
 173     int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());\r
 174     int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());\r
 175 \r
 176     if (av.hasHiddenColumns)\r
 177     {\r
 178       if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))\r
 179       {\r
 180         return;\r
 181       }\r
 182 \r
 183       col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);\r
 184     }\r
 185 \r
 186     if( av.hasHiddenRows )\r
 187     {\r
 188       row = av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(row);\r
 189     }\r
 190 \r
 191     ap.setScrollValues( col, row );\r
 192     ap.repaint();\r
 193   }\r
 194 \r
 195   /**\r
 196    * DOCUMENT ME!\r
 197    */\r
 198   public void updateOverviewImage()\r
 199   {\r
 200     if (resizing)\r
 201     {\r
 202         resizeAgain = true;\r
 203         return;\r
 204     }\r
 205 \r
 206     if (av.showSequenceFeatures)\r
 207    {\r
 208      fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureGroups;\r
 209      fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;\r
 210    }\r
 211 \r
 212     resizing = true;\r
 213 \r
 214     if ( (getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))\r
 215     {\r
 216       width = getSize().width;\r
 217       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 218     }\r
 219     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 220 \r
 221     Thread thread = new Thread(this);\r
 222     thread.start();\r
 223     repaint();\r
 224   }\r
 225 \r
 226   // This is set true if the user resizes whilst\r
 227   // the overview is being calculated\r
 228     boolean resizeAgain = false;\r
 229 \r
 230   public void run()\r
 231   {\r
 232     miniMe = null;\r
 233     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 234     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 235 \r
 236     if (av.showSequenceFeatures)\r
 237     {\r
 238       fr.transferSettings( ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer() );\r
 239     }\r
 240 \r
 241     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 242     {\r
 243       width = getSize().width;\r
 244       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 245     }\r
 246 \r
 247     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 248 \r
 249     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 250     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 251 \r
 252     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 253     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 254 \r
 255     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 256     offscreen = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 257 \r
 258     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 259     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 260     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 261 \r
 262     int lastcol=0, lastrow=0;\r
 263     int xstart=0, ystart=0;\r
 264     Color color = Color.yellow;\r
 265     int row, col, sameRow = 0, sameCol = 0;\r
 266     jalview.datamodel.SequenceI seq;\r
 267     boolean hiddenRow = false;\r
 268     for (row = 0; row <= sequencesHeight; row++)\r
 269     {\r
 270       if((int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
 271       {\r
 272         sameRow ++;\r
 273         continue;\r
 274       }\r
 275 \r
 276       hiddenRow = false;\r
 277       if (av.hasHiddenRows)\r
 278       {\r
 279         seq = av.alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);\r
 280         if (seq == null)\r
 281         {\r
 282           int index =\r
 283              av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);\r
 284 \r
 285          seq = av.alignment.getSequenceAt(index);\r
 286         }\r
 287         else\r
 288         {\r
 289           hiddenRow = true;\r
 290         }\r
 291       }\r
 292       else\r
 293         seq = av.alignment.getSequenceAt(lastrow);\r
 294 \r
 295         for (col = 0; col < width; col++)\r
 296         {\r
 297           if ( (int) (col * sampleCol) == lastcol && (int) (row * sampleRow) == lastrow)\r
 298           {\r
 299             sameCol ++;\r
 300             continue;\r
 301           }\r
 302 \r
 303           lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 304 \r
 305           if (seq.getLength() > lastcol)\r
 306           {\r
 307             color = sr.getResidueBoxColour(\r
 308                 seq, lastcol);\r
 309 \r
 310             if (av.showSequenceFeatures)\r
 311               color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);\r
 312           }\r
 313           else\r
 314           {\r
 315             color = Color.white; //White\r
 316           }\r
 317 \r
 318           if (hiddenRow ||\r
 319               (av.hasHiddenColumns && !av.getColumnSelection().isVisible(lastcol)))\r
 320           {\r
 321             color = color.darker().darker();\r
 322           }\r
 323 \r
 324           mg.setColor(color);\r
 325           if (sameCol == 1 && sameRow == 1)\r
 326             mg.drawLine(xstart, ystart, xstart, ystart);\r
 327           else\r
 328             mg.fillRect(xstart, ystart, sameCol, sameRow);\r
 329 \r
 330           xstart = col;\r
 331           sameCol = 1;\r
 332       }\r
 333       lastrow = (int)(row*sampleRow);\r
 334       ystart = row;\r
 335       sameRow = 1;\r
 336     }\r
 337 \r
 338     if (av.conservation != null)\r
 339     {\r
 340       for (col = 0; col < width; col++)\r
 341       {\r
 342         lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 343         {\r
 344           mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 345           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 346                                        (int) (sampleCol) + 1,\r
 347                                        graphHeight,\r
 348                                        (int) (col * sampleCol),\r
 349                                        (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 350           mg.translate( -col, -sequencesHeight);\r
 351         }\r
 352       }\r
 353     }\r
 354     System.gc();\r
 355 \r
 356     resizing = false;\r
 357 \r
 358     setBoxPosition();\r
 359 \r
 360     if(resizeAgain)\r
 361     {\r
 362       resizeAgain = false;\r
 363       updateOverviewImage();\r
 364     }\r
 365 }\r
 366 \r
 367   public void setBoxPosition()\r
 368   {\r
 369     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 370     int fullsizeHeight = (av.alignment.getHeight()\r
 371                           + av.alignment.getHiddenSequences().getSize()) *\r
 372         av.getCharHeight();\r
 373 \r
 374     int startRes = av.getStartRes();\r
 375     int endRes = av.getEndRes();\r
 376 \r
 377     if (av.hasHiddenColumns)\r
 378     {\r
 379       startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);\r
 380       endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);\r
 381     }\r
 382 \r
 383     int startSeq = av.startSeq;\r
 384     int endSeq = av.endSeq;\r
 385 \r
 386     if (av.hasHiddenRows)\r
 387     {\r
 388       startSeq =\r
 389           av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(startSeq);\r
 390 \r
 391       endSeq =\r
 392           av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(endSeq);\r
 393 \r
 394     }\r
 395 \r
 396     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 397     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 398 \r
 399     boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);\r
 400     boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 401 \r
 402     if (av.hasHiddenColumns)\r
 403       boxWidth = (int) ( (endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 404     else\r
 405       boxWidth = (int) ( (endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 406 \r
 407     boxHeight = (int) ( (endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 408 \r
 409     repaint();\r
 410   }\r
 411 \r
 412   public void update(Graphics g)\r
 413   {\r
 414     paint(g);\r
 415   }\r
 416 \r
 417   public void paint(Graphics g)\r
 418   {\r
 419     Graphics og = offscreen.getGraphics();\r
 420     if (miniMe != null)\r
 421     {\r
 422       og.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 423       og.setColor(Color.red);\r
 424       og.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 425       og.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 426       g.drawImage(offscreen, 0,0, this);\r
 427     }\r
 428     else\r
 429     {\r
 430       g.setColor(Color.white);\r
 431       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 432       g.setColor(Color.black);\r
 433       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 434       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 435       g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 436     }\r
 437   }\r
 438 \r
 439 }\r