experiment with reinstating the sandbox permissions
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / PCAPanel.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  *  
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.appletgui;
19
20 import java.awt.*;
21 import java.awt.event.*;
22
23 import jalview.datamodel.*;
24 import jalview.viewmodel.PCAModel;
25
26 public class PCAPanel extends EmbmenuFrame implements Runnable,
27         ActionListener, ItemListener
28 {
29   RotatableCanvas rc;
30
31   AlignViewport av;
32
33   PCAModel pcaModel;
34
35   int top = 0;
36
37   public PCAPanel(AlignViewport av)
38   {
39     try
40     {
41       jbInit();
42     } catch (Exception e)
43     {
44       e.printStackTrace();
45     }
46
47     for (int i = 1; i < 8; i++)
48     {
49       xCombobox.addItem("dim " + i);
50       yCombobox.addItem("dim " + i);
51       zCombobox.addItem("dim " + i);
52     }
53
54     this.av = av;
55     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
56             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
57     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
58     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
59     SequenceI[] seqs;
60     if (!selected)
61     {
62       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
63     }
64     else
65     {
66       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
67     }
68     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();
69     int length = sq[0].getWidth();
70
71     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
72     {
73       if (sq[i].getWidth() != length)
74       {
75         System.out
76                 .println("Sequences must be equal length for PCA analysis");
77         return;
78       }
79     }
80     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide);
81
82     rc = new RotatableCanvas(av);
83     embedMenuIfNeeded(rc);
84     add(rc, BorderLayout.CENTER);
85
86     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, "Principal component analysis",
87             475, 400);
88
89     Thread worker = new Thread(this);
90     worker.start();
91   }
92
93   /**
94    * DOCUMENT ME!
95    */
96   public void run()
97   {
98     // TODO progress indicator
99     calcSettings.setEnabled(false);
100     rc.setEnabled(false);
101     try
102     {
103       nuclSetting.setState(pcaModel.isNucleotide());
104       protSetting.setState(!pcaModel.isNucleotide());
105       pcaModel.run();
106       // ////////////////
107       xCombobox.select(0);
108       yCombobox.select(1);
109       zCombobox.select(2);
110
111       pcaModel.updateRc(rc);
112       // rc.invalidate();
113       top = pcaModel.getTop();
114     } catch (OutOfMemoryError x)
115     {
116       System.err.println("Out of memory when calculating PCA.");
117       return;
118     }
119     calcSettings.setEnabled(true);
120
121     // TODO revert progress indicator
122     rc.setEnabled(true);
123     rc.repaint();
124     this.repaint();
125   }
126
127   void doDimensionChange()
128   {
129     if (top == 0)
130     {
131       return;
132     }
133
134     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
135     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
136     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
137     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
138     rc.img = null;
139     rc.rotmat.setIdentity();
140     rc.initAxes();
141     rc.paint(rc.getGraphics());
142   }
143
144   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
145   {
146     if (evt.getSource() == inputData)
147     {
148       showOriginalData();
149     }
150     if (evt.getSource() == resetButton)
151     {
152       xCombobox.select(0);
153       yCombobox.select(1);
154       zCombobox.select(2);
155       doDimensionChange();
156     }
157     if (evt.getSource() == values)
158     {
159       values_actionPerformed();
160     }
161   }
162
163   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
164   {
165     if (evt.getSource() == xCombobox)
166     {
167       xCombobox_actionPerformed();
168     }
169     else if (evt.getSource() == yCombobox)
170     {
171       yCombobox_actionPerformed();
172     }
173     else if (evt.getSource() == zCombobox)
174     {
175       zCombobox_actionPerformed();
176     }
177     else if (evt.getSource() == labels)
178     {
179       labels_itemStateChanged(evt);
180     }
181     else if (evt.getSource() == nuclSetting)
182     {
183       if (!pcaModel.isNucleotide())
184       {
185         pcaModel.setNucleotide(true);
186         new Thread(this).start();
187       }
188     }
189     else if (evt.getSource() == protSetting)
190     {
191       if (pcaModel.isNucleotide())
192       {
193         pcaModel.setNucleotide(false);
194         new Thread(this).start();
195       }
196     }
197   }
198
199   protected void xCombobox_actionPerformed()
200   {
201     doDimensionChange();
202   }
203
204   protected void yCombobox_actionPerformed()
205   {
206     doDimensionChange();
207   }
208
209   protected void zCombobox_actionPerformed()
210   {
211     doDimensionChange();
212   }
213
214   public void values_actionPerformed()
215   {
216
217     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);
218     Frame frame = new Frame();
219     frame.add(cap);
220     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PCA details", 500, 500);
221
222     cap.setText(pcaModel.getDetails());
223   }
224
225   void showOriginalData()
226   {
227     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
228     // warrant a new window to be created
229     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
230     // yields unaligned seqs)
231     // or create a selection box around columns in alignment view
232     // test Alignment(SeqCigar[])
233     char gc = '-';
234     try
235     {
236       // we try to get the associated view's gap character
237       // but this may fail if the view was closed...
238       gc = av.getGapCharacter();
239     } catch (Exception ex)
240     {
241     }
242     ;
243     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
244             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
245
246     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
247     {
248       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
249       AlignFrame af = new AlignFrame(al, av.applet,
250               "Original Data for PCA", false);
251
252       af.viewport.setHiddenColumns((ColumnSelection) alAndColsel[1]);
253     }
254   }
255
256   public void labels_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)
257   {
258     rc.showLabels(labels.getState());
259   }
260
261   Panel jPanel2 = new Panel();
262
263   Label jLabel1 = new Label();
264
265   Label jLabel2 = new Label();
266
267   Label jLabel3 = new Label();
268
269   protected Choice xCombobox = new Choice();
270
271   protected Choice yCombobox = new Choice();
272
273   protected Choice zCombobox = new Choice();
274
275   protected Button resetButton = new Button();
276
277   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
278
279   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
280
281   MenuBar menuBar1 = new MenuBar();
282
283   Menu menu1 = new Menu();
284
285   Menu menu2 = new Menu();
286
287   Menu calcSettings = new Menu();
288
289   protected CheckboxMenuItem labels = new CheckboxMenuItem();
290
291   protected CheckboxMenuItem protSetting = new CheckboxMenuItem();
292
293   protected CheckboxMenuItem nuclSetting = new CheckboxMenuItem();
294
295   MenuItem values = new MenuItem();
296
297   MenuItem inputData = new MenuItem();
298
299   private void jbInit() throws Exception
300   {
301     this.setLayout(borderLayout1);
302     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
303     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
304     jLabel1.setText("x=");
305     jLabel2.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
306     jLabel2.setText("y=");
307     jLabel3.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
308     jLabel3.setText("z=");
309     jPanel2.setBackground(Color.white);
310     zCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
311     zCombobox.addItemListener(this);
312     yCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
313     yCombobox.addItemListener(this);
314     xCombobox.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
315     xCombobox.addItemListener(this);
316     resetButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
317     resetButton.setLabel("Reset");
318     resetButton.addActionListener(this);
319     this.setMenuBar(menuBar1);
320     menu1.setLabel("File");
321     menu2.setLabel("View");
322     calcSettings.setLabel("Change Parameters");
323     labels.setLabel("Labels");
324     labels.addItemListener(this);
325     values.setLabel("Output Values...");
326     values.addActionListener(this);
327     inputData.setLabel("Input Data...");
328     nuclSetting.setLabel("Nucleotide matrix");
329     nuclSetting.addItemListener(this);
330     protSetting.setLabel("Protein matrix");
331     protSetting.addItemListener(this);
332     this.add(jPanel2, BorderLayout.SOUTH);
333     jPanel2.add(jLabel1, null);
334     jPanel2.add(xCombobox, null);
335     jPanel2.add(jLabel2, null);
336     jPanel2.add(yCombobox, null);
337     jPanel2.add(jLabel3, null);
338     jPanel2.add(zCombobox, null);
339     jPanel2.add(resetButton, null);
340     menuBar1.add(menu1);
341     menuBar1.add(menu2);
342     menuBar1.add(calcSettings);
343     menu2.add(labels);
344     menu1.add(values);
345     menu1.add(inputData);
346     calcSettings.add(nuclSetting);
347     calcSettings.add(protSetting);
348     inputData.addActionListener(this);
349   }
350
351 }