src/jalview/appletgui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.jbappletgui.*;\r
  30 \r
  31 public class PCAPanel\r
  32     extends GPCAPanel implements Runnable\r
  33 {\r
  34   PCA pca;\r
  35   int top;\r
  36   RotatableCanvas rc;\r
  37   AlignViewport av;\r
  38   SequenceI [] seqs;\r
  39 \r
  40 \r
  41   public PCAPanel(AlignViewport av, SequenceI[] s)\r
  42   {\r
  43 \r
  44     this.av = av;\r
  45     if (av.getSelectionGroup().getSize() > 3)\r
  46     {\r
  47       seqs = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  48       for (int i = 0; i < s.length; i++)\r
  49       {\r
  50         seqs[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  51       }\r
  52     }\r
  53 \r
  54     if (seqs == null)\r
  55     {\r
  56       seqs = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  57       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  58       {\r
  59         seqs[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  60       }\r
  61     }\r
  62     rc = new RotatableCanvas(av);\r
  63     add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
  64     Thread worker = new Thread(this);\r
  65     worker.start();\r
  66   }\r
  67 \r
  68   /**\r
  69    * DOCUMENT ME!\r
  70    */\r
  71   public void run()\r
  72   {\r
  73               pca = new PCA(seqs);\r
  74               pca.run();\r
  75 \r
  76               // Now find the component coordinates\r
  77               int ii = 0;\r
  78 \r
  79               while ((ii < seqs.length) && (seqs[ii] != null))\r
  80               {\r
  81                   ii++;\r
  82               }\r
  83 \r
  84               double[][] comps = new double[ii][ii];\r
  85 \r
  86               for (int i = 0; i < ii; i++)\r
  87               {\r
  88                   if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
  89                   {\r
  90                       comps[i] = pca.component(i);\r
  91                   }\r
  92               }\r
  93 \r
  94               //////////////////\r
  95               xCombobox.select(0);\r
  96               yCombobox.select(1);\r
  97               zCombobox.select(2);\r
  98 \r
  99               top = pca.getM().rows - 1;\r
 100 \r
 101               Vector points = new Vector();\r
 102               float[][] scores = pca.getComponents(top - 1, top - 2, top - 3, 100);\r
 103 \r
 104               for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 105               {\r
 106                   SequencePoint sp = new SequencePoint(seqs[i], scores[i]);\r
 107                   points.addElement(sp);\r
 108               }\r
 109 \r
 110               rc.setPoints(points, pca.getM().rows);\r
 111               rc.repaint();\r
 112               seqs = null;\r
 113   }\r
 114 \r
 115   void doDimensionChange()\r
 116   {\r
 117     if (top == 0)\r
 118     {\r
 119       return;\r
 120     }\r
 121 \r
 122     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 123     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 124     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 125 \r
 126     float[][] scores = pca.getComponents(dim1, dim2, dim3, 100);\r
 127     for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 128     {\r
 129       ( (SequencePoint) rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 130     }\r
 131 \r
 132     rc.img = null;\r
 133     rc.rotmat.setIdentity();\r
 134     rc.initAxes();\r
 135     rc.paint(rc.getGraphics());\r
 136   }\r
 137 \r
 138   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 139   {\r
 140     doDimensionChange();\r
 141   }\r
 142 \r
 143   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 144   {\r
 145     doDimensionChange();\r
 146   }\r
 147 \r
 148   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 149   {\r
 150     doDimensionChange();\r
 151   }\r
 152 \r
 153 }\r