src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 /**
  27  * DOCUMENT ME!
  28  *
  29  * @author $author$
  30  * @version $Revision$
  31  */
  32 public class PaintRefresher
  33 {
  34   static Hashtable components;
  35
  36   /**
  37    * DOCUMENT ME!
  38    *
  39    * @param comp
  40    *          DOCUMENT ME!
  41    * @param al
  42    *          DOCUMENT ME!
  43    */
  44   public static void Register(Component comp, String seqSetId)
  45   {
  46     if (components == null)
  47     {
  48       components = new Hashtable();
  49     }
  50
  51     if (components.containsKey(seqSetId))
  52     {
  53       Vector comps = (Vector) components.get(seqSetId);
  54       if (!comps.contains(comp))
  55       {
  56         comps.addElement(comp);
  57       }
  58     }
  59     else
  60     {
  61       Vector vcoms = new Vector();
  62       vcoms.addElement(comp);
  63       components.put(seqSetId, vcoms);
  64     }
  65   }
  66
  67   public static void RemoveComponent(Component comp)
  68   {
  69     if (components == null)
  70     {
  71       return;
  72     }
  73
  74     Enumeration en = components.keys();
  75     while (en.hasMoreElements())
  76     {
  77       String id = en.nextElement().toString();
  78       Vector comps = (Vector) components.get(id);
  79       comps.removeElement(comp);
  80       if (comps.size() == 0)
  81       {
  82         components.remove(id);
  83       }
  84     }
  85   }
  86
  87   public static void Refresh(Component source, String id)
  88   {
  89     Refresh(source, id, false, false);
  90   }
  91
  92   public static void Refresh(Component source, String id,
  93           boolean alignmentChanged, boolean validateSequences)
  94   {
  95     if (components == null)
  96     {
  97       return;
  98     }
  99
 100     Component comp;
 101     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 102
 103     if (comps == null)
 104     {
 105       return;
 106     }
 107
 108     Enumeration e = comps.elements();
 109     while (e.hasMoreElements())
 110     {
 111       comp = (Component) e.nextElement();
 112
 113       if (comp == source)
 114       {
 115         continue;
 116       }
 117
 118       if (!comp.isValid())
 119       {
 120         comps.removeElement(comp);
 121       }
 122       else if (validateSequences && comp instanceof AlignmentPanel
 123               && source instanceof AlignmentPanel)
 124       {
 125         validateSequences(((AlignmentPanel) source).av.getAlignment(),
 126                 ((AlignmentPanel) comp).av.getAlignment());
 127       }
 128
 129       if (comp instanceof AlignmentPanel && alignmentChanged)
 130       {
 131         ((AlignmentPanel) comp).alignmentChanged();
 132       }
 133
 134       comp.repaint();
 135     }
 136   }
 137
 138   static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)
 139   {
 140     SequenceI[] a1;
 141     if (source.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 142     {
 143       a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment()
 144               .getSequencesArray();
 145     }
 146     else
 147     {
 148       a1 = source.getSequencesArray();
 149     }
 150
 151     SequenceI[] a2;
 152     if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 153     {
 154       a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 155     }
 156     else
 157     {
 158       a2 = comp.getSequencesArray();
 159     }
 160
 161     int i, iSize = a1.length, j, jSize = a2.length;
 162
 163     if (iSize == jSize)
 164     {
 165       return;
 166     }
 167
 168     boolean exists = false;
 169     for (i = 0; i < iSize; i++)
 170     {
 171       exists = false;
 172
 173       for (j = 0; j < jSize; j++)
 174       {
 175         if (a2[j] == a1[i])
 176         {
 177           exists = true;
 178           break;
 179         }
 180       }
 181
 182       if (!exists)
 183       {
 184         if (i < comp.getHeight())
 185         {
 186           comp.getSequences().insertElementAt(a1[i], i);
 187         }
 188         else
 189         {
 190           comp.addSequence(a1[i]);
 191         }
 192
 193         if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 194         {
 195           a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment()
 196                   .getSequencesArray();
 197         }
 198         else
 199         {
 200           a2 = comp.getSequencesArray();
 201         }
 202
 203         jSize = a2.length;
 204       }
 205     }
 206
 207     iSize = a1.length;
 208     jSize = a2.length;
 209
 210     for (j = 0; j < jSize; j++)
 211     {
 212       exists = false;
 213       for (i = 0; i < iSize; i++)
 214       {
 215         if (a2[j] == a1[i])
 216         {
 217           exists = true;
 218           break;
 219         }
 220       }
 221
 222       if (!exists)
 223       {
 224         comp.deleteSequence(a2[j]);
 225       }
 226     }
 227   }
 228
 229   public static AlignmentPanel[] getAssociatedPanels(String id)
 230   {
 231     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 232     Vector tmp = new Vector();
 233     int i, iSize = comps.size();
 234     for (i = 0; i < iSize; i++)
 235     {
 236       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)
 237       {
 238         tmp.addElement(((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)));
 239       }
 240     }
 241     AlignmentPanel[] result = new AlignmentPanel[tmp.size()];
 242     for (int ix=0;ix<result.length;ix++) {
 243       result[ix] = (AlignmentPanel) tmp.elementAt(ix);
 244     }
 245
 246     return result;
 247   }
 248
 249 }