src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26
  27 /**
  28  * DOCUMENT ME!
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class PaintRefresher
  34 {
  35   static Hashtable components;
  36
  37   /**
  38    * DOCUMENT ME!
  39    *
  40    * @param comp
  41    *          DOCUMENT ME!
  42    * @param al
  43    *          DOCUMENT ME!
  44    */
  45   public static void Register(Component comp, String seqSetId)
  46   {
  47     if (components == null)
  48     {
  49       components = new Hashtable();
  50     }
  51
  52     if (components.containsKey(seqSetId))
  53     {
  54       Vector comps = (Vector) components.get(seqSetId);
  55       if (!comps.contains(comp))
  56       {
  57         comps.addElement(comp);
  58       }
  59     }
  60     else
  61     {
  62       Vector vcoms = new Vector();
  63       vcoms.addElement(comp);
  64       components.put(seqSetId, vcoms);
  65     }
  66   }
  67
  68   public static void RemoveComponent(Component comp)
  69   {
  70     if (components == null)
  71     {
  72       return;
  73     }
  74
  75     Enumeration en = components.keys();
  76     while (en.hasMoreElements())
  77     {
  78       String id = en.nextElement().toString();
  79       Vector comps = (Vector) components.get(id);
  80       comps.removeElement(comp);
  81       if (comps.size() == 0)
  82       {
  83         components.remove(id);
  84       }
  85     }
  86   }
  87
  88   public static void Refresh(Component source, String id)
  89   {
  90     Refresh(source, id, false, false);
  91   }
  92
  93   public static void Refresh(Component source, String id,
  94           boolean alignmentChanged, boolean validateSequences)
  95   {
  96     if (components == null)
  97     {
  98       return;
  99     }
 100
 101     Component comp;
 102     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 103
 104     if (comps == null)
 105     {
 106       return;
 107     }
 108
 109     Enumeration e = comps.elements();
 110     while (e.hasMoreElements())
 111     {
 112       comp = (Component) e.nextElement();
 113
 114       if (comp == source)
 115       {
 116         continue;
 117       }
 118
 119       if (!comp.isValid())
 120       {
 121         comps.removeElement(comp);
 122       }
 123       else if (validateSequences && comp instanceof AlignmentPanel
 124               && source instanceof AlignmentPanel)
 125       {
 126         validateSequences(((AlignmentPanel) source).av.getAlignment(),
 127                 ((AlignmentPanel) comp).av.getAlignment());
 128       }
 129
 130       if (comp instanceof AlignmentPanel && alignmentChanged)
 131       {
 132         ((AlignmentPanel) comp).alignmentChanged();
 133       }
 134
 135       comp.repaint();
 136     }
 137   }
 138
 139   static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)
 140   {
 141     SequenceI[] a1;
 142     if (source.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 143     {
 144       a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment()
 145               .getSequencesArray();
 146     }
 147     else
 148     {
 149       a1 = source.getSequencesArray();
 150     }
 151
 152     SequenceI[] a2;
 153     if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 154     {
 155       a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 156     }
 157     else
 158     {
 159       a2 = comp.getSequencesArray();
 160     }
 161
 162     int i, iSize = a1.length, j, jSize = a2.length;
 163
 164     if (iSize == jSize)
 165     {
 166       return;
 167     }
 168
 169     boolean exists = false;
 170     for (i = 0; i < iSize; i++)
 171     {
 172       exists = false;
 173
 174       for (j = 0; j < jSize; j++)
 175       {
 176         if (a2[j] == a1[i])
 177         {
 178           exists = true;
 179           break;
 180         }
 181       }
 182
 183       if (!exists)
 184       {
 185         if (i < comp.getHeight())
 186         {
 187           // TODO: the following does not trigger any recalculation of
 188           // height/etc, or maintain the dataset
 189           List<SequenceI> alsq;
 190           synchronized (alsq = comp.getSequences())
 191           {
 192             alsq.add(i, a1[i]);
 193           }
 194         }
 195         else
 196         {
 197           comp.addSequence(a1[i]);
 198         }
 199
 200         if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 201         {
 202           a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment()
 203                   .getSequencesArray();
 204         }
 205         else
 206         {
 207           a2 = comp.getSequencesArray();
 208         }
 209
 210         jSize = a2.length;
 211       }
 212     }
 213
 214     iSize = a1.length;
 215     jSize = a2.length;
 216
 217     for (j = 0; j < jSize; j++)
 218     {
 219       exists = false;
 220       for (i = 0; i < iSize; i++)
 221       {
 222         if (a2[j] == a1[i])
 223         {
 224           exists = true;
 225           break;
 226         }
 227       }
 228
 229       if (!exists)
 230       {
 231         comp.deleteSequence(a2[j]);
 232       }
 233     }
 234   }
 235
 236   public static AlignmentPanel[] getAssociatedPanels(String id)
 237   {
 238     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 239     Vector tmp = new Vector();
 240     int i, iSize = comps.size();
 241     for (i = 0; i < iSize; i++)
 242     {
 243       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)
 244       {
 245         tmp.addElement(comps.elementAt(i));
 246       }
 247     }
 248     AlignmentPanel[] result = new AlignmentPanel[tmp.size()];
 249     for (int ix = 0; ix < result.length; ix++)
 250     {
 251       result[ix] = (AlignmentPanel) tmp.elementAt(ix);
 252     }
 253
 254     return result;
 255   }
 256
 257 }