src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.appletgui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * DOCUMENT ME!\r
  29  *\r
  30  * @author $author$\r
  31  * @version $Revision$\r
  32  */\r
  33 public class PaintRefresher\r
  34 {\r
  35   static Hashtable components;\r
  36 \r
  37   /**\r
  38    * DOCUMENT ME!\r
  39    *\r
  40    * @param comp DOCUMENT ME!\r
  41    * @param al DOCUMENT ME!\r
  42    */\r
  43   public static void Register(Component comp, String seqSetId)\r
  44   {\r
  45     if (components == null)\r
  46     {\r
  47       components = new Hashtable();\r
  48     }\r
  49 \r
  50     if (components.containsKey(seqSetId))\r
  51     {\r
  52       Vector comps = (Vector) components.get(seqSetId);\r
  53       if (!comps.contains(comp))\r
  54       {\r
  55         comps.addElement(comp);\r
  56       }\r
  57     }\r
  58     else\r
  59     {\r
  60       Vector vcoms = new Vector();\r
  61       vcoms.addElement(comp);\r
  62       components.put(seqSetId, vcoms);\r
  63     }\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public static void RemoveComponent(Component comp)\r
  67   {\r
  68     if (components == null)\r
  69     {\r
  70       return;\r
  71     }\r
  72 \r
  73     Enumeration en = components.keys();\r
  74     while (en.hasMoreElements())\r
  75     {\r
  76       String id = en.nextElement().toString();\r
  77       Vector comps = (Vector) components.get(id);\r
  78       comps.removeElement(comp);\r
  79       if (comps.size() == 0)\r
  80       {\r
  81         components.remove(id);\r
  82       }\r
  83     }\r
  84   }\r
  85 \r
  86   public static void Refresh(Component source, String id)\r
  87   {\r
  88     Refresh(source, id, false, false);\r
  89   }\r
  90 \r
  91   public static void Refresh(Component source,\r
  92                              String id,\r
  93                              boolean alignmentChanged,\r
  94                              boolean validateSequences)\r
  95   {\r
  96     if (components == null)\r
  97     {\r
  98       return;\r
  99     }\r
 100 \r
 101     Component comp;\r
 102     Vector comps = (Vector) components.get(id);\r
 103 \r
 104     if (comps == null)\r
 105     {\r
 106       return;\r
 107     }\r
 108 \r
 109     Enumeration e = comps.elements();\r
 110     while (e.hasMoreElements())\r
 111     {\r
 112       comp = (Component) e.nextElement();\r
 113 \r
 114       if (comp == source)\r
 115       {\r
 116         continue;\r
 117       }\r
 118 \r
 119       if (!comp.isValid())\r
 120       {\r
 121         comps.removeElement(comp);\r
 122       }\r
 123       else if (validateSequences\r
 124                && comp instanceof AlignmentPanel\r
 125                && source instanceof AlignmentPanel)\r
 126       {\r
 127         validateSequences( ( (AlignmentPanel) source).av.alignment,\r
 128                           ( (AlignmentPanel) comp).av.alignment);\r
 129       }\r
 130 \r
 131       if (comp instanceof AlignmentPanel && alignmentChanged)\r
 132       {\r
 133         ( (AlignmentPanel) comp).alignmentChanged();\r
 134       }\r
 135 \r
 136       comp.repaint();\r
 137     }\r
 138   }\r
 139 \r
 140   static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)\r
 141   {\r
 142     SequenceI[] a1;\r
 143     if (source.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 144     {\r
 145       a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();\r
 146     }\r
 147     else\r
 148     {\r
 149       a1 = source.getSequencesArray();\r
 150     }\r
 151 \r
 152     SequenceI[] a2;\r
 153     if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 154     {\r
 155       a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();\r
 156     }\r
 157     else\r
 158     {\r
 159       a2 = comp.getSequencesArray();\r
 160     }\r
 161 \r
 162     int i, iSize = a1.length, j, jSize = a2.length;\r
 163 \r
 164     if (iSize == jSize)\r
 165     {\r
 166       return;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     boolean exists = false;\r
 170     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 171     {\r
 172       exists = false;\r
 173 \r
 174       for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 175       {\r
 176         if (a2[j] == a1[i])\r
 177         {\r
 178           exists = true;\r
 179           break;\r
 180         }\r
 181       }\r
 182 \r
 183       if (!exists)\r
 184       {\r
 185         if (i < comp.getHeight())\r
 186         {\r
 187           comp.getSequences().insertElementAt(a1[i], i);\r
 188         }\r
 189         else\r
 190         {\r
 191           comp.addSequence(a1[i]);\r
 192         }\r
 193 \r
 194         if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 195         {\r
 196           a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();\r
 197         }\r
 198         else\r
 199         {\r
 200           a2 = comp.getSequencesArray();\r
 201         }\r
 202 \r
 203         jSize = a2.length;\r
 204       }\r
 205     }\r
 206 \r
 207     iSize = a1.length;\r
 208     jSize = a2.length;\r
 209 \r
 210     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 211     {\r
 212       exists = false;\r
 213       for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 214       {\r
 215         if (a2[j] == a1[i])\r
 216         {\r
 217           exists = true;\r
 218           break;\r
 219         }\r
 220       }\r
 221 \r
 222       if (!exists)\r
 223       {\r
 224         comp.deleteSequence(a2[j]);\r
 225       }\r
 226     }\r
 227   }\r
 228 }\r