src/jalview/appletgui/PaintRefresher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26
  27 /**
  28  * DOCUMENT ME!
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class PaintRefresher
  34 {
  35   static Hashtable components;
  36
  37   /**
  38    * DOCUMENT ME!
  39    *
  40    * @param comp DOCUMENT ME!
  41    * @param al DOCUMENT ME!
  42    */
  43   public static void Register(Component comp, String seqSetId)
  44   {
  45     if (components == null)
  46     {
  47       components = new Hashtable();
  48     }
  49
  50     if (components.containsKey(seqSetId))
  51     {
  52       Vector comps = (Vector) components.get(seqSetId);
  53       if (!comps.contains(comp))
  54       {
  55         comps.addElement(comp);
  56       }
  57     }
  58     else
  59     {
  60       Vector vcoms = new Vector();
  61       vcoms.addElement(comp);
  62       components.put(seqSetId, vcoms);
  63     }
  64   }
  65
  66   public static void RemoveComponent(Component comp)
  67   {
  68     if (components == null)
  69     {
  70       return;
  71     }
  72
  73     Enumeration en = components.keys();
  74     while (en.hasMoreElements())
  75     {
  76       String id = en.nextElement().toString();
  77       Vector comps = (Vector) components.get(id);
  78       comps.removeElement(comp);
  79       if (comps.size() == 0)
  80       {
  81         components.remove(id);
  82       }
  83     }
  84   }
  85
  86   public static void Refresh(Component source, String id)
  87   {
  88     Refresh(source, id, false, false);
  89   }
  90
  91   public static void Refresh(Component source,
  92                              String id,
  93                              boolean alignmentChanged,
  94                              boolean validateSequences)
  95   {
  96     if (components == null)
  97     {
  98       return;
  99     }
 100
 101     Component comp;
 102     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 103
 104     if (comps == null)
 105     {
 106       return;
 107     }
 108
 109     Enumeration e = comps.elements();
 110     while (e.hasMoreElements())
 111     {
 112       comp = (Component) e.nextElement();
 113
 114       if (comp == source)
 115       {
 116         continue;
 117       }
 118
 119       if (!comp.isValid())
 120       {
 121         comps.removeElement(comp);
 122       }
 123       else if (validateSequences
 124                && comp instanceof AlignmentPanel
 125                && source instanceof AlignmentPanel)
 126       {
 127         validateSequences( ( (AlignmentPanel) source).av.alignment,
 128                           ( (AlignmentPanel) comp).av.alignment);
 129       }
 130
 131       if (comp instanceof AlignmentPanel && alignmentChanged)
 132       {
 133         ( (AlignmentPanel) comp).alignmentChanged();
 134       }
 135
 136       comp.repaint();
 137     }
 138   }
 139
 140   static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)
 141   {
 142     SequenceI[] a1;
 143     if (source.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 144     {
 145       a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 146     }
 147     else
 148     {
 149       a1 = source.getSequencesArray();
 150     }
 151
 152     SequenceI[] a2;
 153     if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 154     {
 155       a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 156     }
 157     else
 158     {
 159       a2 = comp.getSequencesArray();
 160     }
 161
 162     int i, iSize = a1.length, j, jSize = a2.length;
 163
 164     if (iSize == jSize)
 165     {
 166       return;
 167     }
 168
 169     boolean exists = false;
 170     for (i = 0; i < iSize; i++)
 171     {
 172       exists = false;
 173
 174       for (j = 0; j < jSize; j++)
 175       {
 176         if (a2[j] == a1[i])
 177         {
 178           exists = true;
 179           break;
 180         }
 181       }
 182
 183       if (!exists)
 184       {
 185         if (i < comp.getHeight())
 186         {
 187           comp.getSequences().insertElementAt(a1[i], i);
 188         }
 189         else
 190         {
 191           comp.addSequence(a1[i]);
 192         }
 193
 194         if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 195         {
 196           a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 197         }
 198         else
 199         {
 200           a2 = comp.getSequencesArray();
 201         }
 202
 203         jSize = a2.length;
 204       }
 205     }
 206
 207     iSize = a1.length;
 208     jSize = a2.length;
 209
 210     for (j = 0; j < jSize; j++)
 211     {
 212       exists = false;
 213       for (i = 0; i < iSize; i++)
 214       {
 215         if (a2[j] == a1[i])
 216         {
 217           exists = true;
 218           break;
 219         }
 220       }
 221
 222       if (!exists)
 223       {
 224         comp.deleteSequence(a2[j]);
 225       }
 226     }
 227   }
 228 }