src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.analysis.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29
  30 public class PairwiseAlignPanel
  31     extends Panel implements ActionListener
  32 {
  33   Vector sequences = new Vector();
  34   AlignmentPanel ap;
  35
  36   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)
  37   {
  38     try
  39     {
  40       jbInit();
  41     }
  42     catch (Exception e)
  43     {
  44       e.printStackTrace();
  45     }
  46     this.ap = ap;
  47     sequences = new Vector();
  48
  49     SequenceI[] seqs;
  50     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);
  51
  52     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)
  53     {
  54       seqs = ap.av.alignment.getSequencesArray();
  55     }
  56     else
  57     {
  58       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(ap.av.alignment);
  59     }
  60
  61     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];
  62     double totscore = 0;
  63     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();
  64     String type = (ap.av.alignment.isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA :
  65         AlignSeq.PEP;
  66     Sequence seq;
  67
  68     for (int i = 1; i < count; i++)
  69     {
  70       for (int j = 0; j < i; j++)
  71       {
  72
  73         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i],
  74                                    seqs[j], seqStrings[j], type);
  75
  76         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  77         {
  78           continue;
  79         }
  80
  81         as.calcScoreMatrix();
  82         as.traceAlignment();
  83
  84         as.printAlignment(System.out);
  85         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;
  86         totscore = totscore + scores[i][j];
  87
  88         textarea.append(as.getOutput());
  89         seq = new Sequence(as.getS1().getName(),
  90                            as.getAStr1(),
  91                            as.getS1().getStart(),
  92                            as.getS1().getEnd()
  93             );
  94         sequences.addElement(seq);
  95
  96         seq = new Sequence(as.getS2().getName(),
  97                            as.getAStr2(),
  98                            as.getS2().getStart(),
  99                            as.getS2().getEnd());
 100         sequences.addElement(seq);
 101       }
 102     }
 103
 104     if (count > 2)
 105     {
 106       System.out.println(
 107           "Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 108
 109       for (int i = 0; i < count; i++)
 110       {
 111         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n",
 112                                   ("" + i) + " " +
 113                                   seqs[i].getName());
 114       }
 115
 116       System.out.println("\n");
 117
 118       for (int i = 0; i < count; i++)
 119       {
 120         for (int j = 0; j < i; j++)
 121         {
 122           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",
 123                                     scores[i][j] / totscore);
 124         }
 125       }
 126
 127       System.out.println("\n");
 128     }
 129   }
 130
 131   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 132   {
 133     if (evt.getSource() == viewInEditorButton)
 134     {
 135       viewInEditorButton_actionPerformed();
 136     }
 137   }
 138
 139   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()
 140   {
 141
 142     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 143
 144     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 145     {
 146       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 147     }
 148
 149     new AlignFrame(new Alignment(seq),
 150                    ap.av.applet,
 151                    "Pairwise Aligned Sequences",
 152                    false);
 153
 154   }
 155
 156   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 157   protected TextArea textarea = new TextArea();
 158   protected Button viewInEditorButton = new Button();
 159   Panel jPanel1 = new Panel();
 160   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 161
 162   private void jbInit()
 163       throws Exception
 164   {
 165     this.setLayout(borderLayout1);
 166     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));
 167     textarea.setText("");
 168     viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 169     viewInEditorButton.setLabel("View in alignment editor");
 170     viewInEditorButton.addActionListener(this);
 171     this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 172     scrollPane.add(textarea);
 173     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 174     jPanel1.add(viewInEditorButton, null);
 175   }
 176
 177 }