src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class PairwiseAlignPanel extends Panel implements ActionListener
  29 {
  30   Vector sequences = new Vector();
  31
  32   AlignmentPanel ap;
  33
  34   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)
  35   {
  36     try
  37     {
  38       jbInit();
  39     } catch (Exception e)
  40     {
  41       e.printStackTrace();
  42     }
  43     this.ap = ap;
  44     sequences = new Vector();
  45
  46     SequenceI[] seqs;
  47     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);
  48
  49     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)
  50     {
  51       seqs = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
  52     }
  53     else
  54     {
  55       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(
  56               ap.av.getAlignment());
  57     }
  58
  59     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];
  60     double totscore = 0;
  61     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();
  62     String type = (ap.av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  63             : AlignSeq.PEP;
  64     Sequence seq;
  65
  66     for (int i = 1; i < count; i++)
  67     {
  68       for (int j = 0; j < i; j++)
  69       {
  70
  71         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  72                 seqStrings[j], type);
  73
  74         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  75         {
  76           continue;
  77         }
  78
  79         as.calcScoreMatrix();
  80         as.traceAlignment();
  81
  82         as.printAlignment(System.out);
  83         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  84                 / (float) as.getASeq1().length;
  85         totscore = totscore + scores[i][j];
  86
  87         textarea.append(as.getOutput());
  88         seq = new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1(), as.getS1()
  89                 .getStart(), as.getS1().getEnd());
  90         sequences.addElement(seq);
  91
  92         seq = new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2(), as.getS2()
  93                 .getStart(), as.getS2().getEnd());
  94         sequences.addElement(seq);
  95       }
  96     }
  97
  98     if (count > 2)
  99     {
 100       System.out
 101               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 102
 103       for (int i = 0; i < count; i++)
 104       {
 105         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 106                 + seqs[i].getName());
 107       }
 108
 109       System.out.println("\n");
 110
 111       for (int i = 0; i < count; i++)
 112       {
 113         for (int j = 0; j < i; j++)
 114         {
 115           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 116                   / totscore);
 117         }
 118       }
 119
 120       System.out.println("\n");
 121     }
 122   }
 123
 124   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 125   {
 126     if (evt.getSource() == viewInEditorButton)
 127     {
 128       viewInEditorButton_actionPerformed();
 129     }
 130   }
 131
 132   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()
 133   {
 134
 135     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 136
 137     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 138     {
 139       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 140     }
 141
 142     new AlignFrame(new Alignment(seq), ap.av.applet,
 143             "Pairwise Aligned Sequences", false);
 144
 145   }
 146
 147   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 148
 149   protected TextArea textarea = new TextArea();
 150
 151   protected Button viewInEditorButton = new Button();
 152
 153   Panel jPanel1 = new Panel();
 154
 155   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 156
 157   private void jbInit() throws Exception
 158   {
 159     this.setLayout(borderLayout1);
 160     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));
 161     textarea.setText("");
 162     viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 163     viewInEditorButton.setLabel("View in alignment editor");
 164     viewInEditorButton.addActionListener(this);
 165     this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 166     scrollPane.add(textarea);
 167     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 168     jPanel1.add(viewInEditorButton, null);
 169   }
 170
 171 }