src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import java.awt.*;\r
  29 \r
  30 public class PairwiseAlignPanel\r
  31     extends Panel implements ActionListener\r
  32 {\r
  33   Vector sequences = new Vector();\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35 \r
  36   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)\r
  37   {\r
  38     try\r
  39     {\r
  40       jbInit();\r
  41     }\r
  42     catch (Exception e)\r
  43     {\r
  44       e.printStackTrace();\r
  45   }\r
  46     this.ap = ap;\r
  47     float scores[][] = new float[ap.av.alignment.getHeight()][ap.av.alignment.\r
  48         getHeight()];\r
  49     double totscore = 0;\r
  50     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize(false);\r
  51 \r
  52     Sequence seq;\r
  53     for (int i = 1; i < count; i++)\r
  54     {\r
  55       for (int j = 0; j < i; j++)\r
  56       {\r
  57         AlignSeq as = new AlignSeq(ap.av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i),\r
  58                                    ap.av.getSelectionGroup().getSequenceAt(j),\r
  59                                    "pep");\r
  60 \r
  61         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)\r
  62         {\r
  63           continue;\r
  64         }\r
  65 \r
  66         as.calcScoreMatrix();\r
  67         as.traceAlignment();\r
  68         as.printAlignment(System.out);\r
  69         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;\r
  70         totscore = totscore + scores[i][j];\r
  71 \r
  72         textarea.append(as.getOutput());\r
  73 \r
  74         seq = new Sequence(as.getS1().getName(),\r
  75                            as.getAStr1(),\r
  76                            as.getS1().getStart(), as.getS1().getEnd()\r
  77             );\r
  78         sequences.addElement(seq);\r
  79 \r
  80         seq = new Sequence(as.getS2().getName(),\r
  81                            as.getAStr2(),\r
  82                            as.getS2().getStart(), as.getS2().getEnd()\r
  83             );\r
  84 \r
  85         sequences.addElement(seq);\r
  86       }\r
  87     }\r
  88 \r
  89     if (count > 2)\r
  90     {\r
  91       for (int i = 0; i < count; i++)\r
  92       {\r
  93         for (int j = 0; j < i; j++)\r
  94         {\r
  95           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",\r
  96                                     scores[i][j] / totscore);\r
  97         }\r
  98       }\r
  99     }\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 103   {\r
 104     if(evt.getSource()==viewInEditorButton)\r
 105       viewInEditorButton_actionPerformed();\r
 106   }\r
 107 \r
 108   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()\r
 109   {\r
 110 \r
 111     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
 112 \r
 113     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 114     {\r
 115       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
 116     }\r
 117 \r
 118     new AlignFrame(new Alignment(seq),\r
 119                                    ap.alignFrame.applet,\r
 120                                    "Pairwise Aligned Sequences",\r
 121                                    false);\r
 122 \r
 123   }\r
 124   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 125   protected TextArea textarea = new TextArea();\r
 126   protected Button viewInEditorButton = new Button();\r
 127   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 128   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 129 \r
 130   private void jbInit() throws Exception {\r
 131       this.setLayout(borderLayout1);\r
 132       textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));\r
 133       textarea.setText("");\r
 134       viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 135       viewInEditorButton.setLabel("View in alignment editor");\r
 136       viewInEditorButton.addActionListener(this);\r
 137       this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 138       scrollPane.add(textarea);\r
 139       this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);\r
 140       jPanel1.add(viewInEditorButton, null);\r
 141   }\r
 142 \r
 143 }\r