src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import java.awt.*;\r
  29 \r
  30 public class PairwiseAlignPanel\r
  31     extends Panel implements ActionListener\r
  32 {\r
  33   Vector sequences = new Vector();\r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35 \r
  36   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)\r
  37   {\r
  38     try\r
  39     {\r
  40       jbInit();\r
  41     }\r
  42     catch (Exception e)\r
  43     {\r
  44       e.printStackTrace();\r
  45     }\r
  46     this.ap = ap;\r
  47     sequences = new Vector();\r
  48 \r
  49     SequenceI[] seqs;\r
  50     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);\r
  51 \r
  52     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)\r
  53     {\r
  54       seqs = ap.av.alignment.getSequencesArray();\r
  55     }\r
  56     else\r
  57     {\r
  58       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(ap.av.alignment);\r
  59     }\r
  60 \r
  61     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];\r
  62     double totscore = 0;\r
  63     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize(false);\r
  64 \r
  65     Sequence seq;\r
  66 \r
  67     for (int i = 1; i < count; i++)\r
  68     {\r
  69       for (int j = 0; j < i; j++)\r
  70       {\r
  71 \r
  72         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i],\r
  73                                    seqs[j], seqStrings[j], "pep");\r
  74 \r
  75         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)\r
  76         {\r
  77           continue;\r
  78         }\r
  79 \r
  80         as.calcScoreMatrix();\r
  81         as.traceAlignment();\r
  82 \r
  83         as.printAlignment(System.out);\r
  84         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;\r
  85         totscore = totscore + scores[i][j];\r
  86 \r
  87         textarea.append(as.getOutput());\r
  88         seq = new Sequence(as.getS1().getName(),\r
  89                            as.getAStr1(),\r
  90                            as.getS1().getStart(),\r
  91                            as.getS1().getEnd()\r
  92             );\r
  93         sequences.addElement(seq);\r
  94 \r
  95         seq = new Sequence(as.getS2().getName(),\r
  96                            as.getAStr2(),\r
  97                            as.getS2().getStart(),\r
  98                            as.getS2().getEnd());\r
  99         sequences.addElement(seq);\r
 100       }\r
 101     }\r
 102 \r
 103     if (count > 2)\r
 104     {\r
 105       System.out.println(\r
 106           "Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");\r
 107 \r
 108       for (int i = 0; i < count; i++)\r
 109       {\r
 110         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n",\r
 111                                   ("" + i) + " " +\r
 112                                   seqs[i].getName());\r
 113       }\r
 114 \r
 115       System.out.println("\n");\r
 116 \r
 117       for (int i = 0; i < count; i++)\r
 118       {\r
 119         for (int j = 0; j < i; j++)\r
 120         {\r
 121           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",\r
 122                                     scores[i][j] / totscore);\r
 123         }\r
 124       }\r
 125 \r
 126       System.out.println("\n");\r
 127     }\r
 128   }\r
 129   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 130   {\r
 131     if(evt.getSource()==viewInEditorButton)\r
 132       viewInEditorButton_actionPerformed();\r
 133   }\r
 134 \r
 135   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()\r
 136   {\r
 137 \r
 138     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
 139 \r
 140     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 141     {\r
 142       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
 143     }\r
 144 \r
 145     new AlignFrame(new Alignment(seq),\r
 146                                    ap.av.applet,\r
 147                                    "Pairwise Aligned Sequences",\r
 148                                    false);\r
 149 \r
 150   }\r
 151   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 152   protected TextArea textarea = new TextArea();\r
 153   protected Button viewInEditorButton = new Button();\r
 154   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 155   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 156 \r
 157   private void jbInit() throws Exception {\r
 158       this.setLayout(borderLayout1);\r
 159       textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));\r
 160       textarea.setText("");\r
 161       viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 162       viewInEditorButton.setLabel("View in alignment editor");\r
 163       viewInEditorButton.addActionListener(this);\r
 164       this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 165       scrollPane.add(textarea);\r
 166       this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);\r
 167       jPanel1.add(viewInEditorButton, null);\r
 168   }\r
 169 \r
 170 }\r