src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.commands.*;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27
  28 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,
  29         WindowListener
  30 {
  31   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  32
  33   float[] redundancy;
  34
  35   SequenceI[] originalSequences;
  36
  37   Frame frame;
  38
  39   Vector redundantSeqs;
  40
  41   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  42   {
  43     super(ap, 0, false, null);
  44
  45     redundantSeqs = new Vector();
  46     this.ap = ap;
  47     undoButton.setVisible(true);
  48     applyButton.setVisible(true);
  49     allGroupsCheck.setVisible(false);
  50
  51     label.setText("Enter the redundancy threshold");
  52     valueField.setText("100");
  53
  54     slider.setVisibleAmount(1);
  55     slider.setMinimum(0);
  56     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  57     slider.setValue(100);
  58
  59     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  60     {
  61       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  62       {
  63         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  64         sliderValueChanged();
  65       }
  66     });
  67
  68     frame = new Frame();
  69     frame.add(this);
  70     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  71             "Redundancy threshold selection", 400, 100);
  72
  73     frame.addWindowListener(this);
  74
  75     Thread worker = new Thread(this);
  76     worker.start();
  77   }
  78
  79   /**
  80    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
  81    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
  82    * slider to dynamically hide redundant sequences
  83    *
  84    * @param threshold
  85    *          DOCUMENT ME!
  86    * @param sel
  87    *          DOCUMENT ME!
  88    *
  89    * @return DOCUMENT ME!
  90    */
  91   public void run()
  92   {
  93     label.setText("Calculating....");
  94
  95     slider.setVisible(false);
  96     applyButton.setEnabled(false);
  97     valueField.setVisible(false);
  98
  99     validate();
 100
 101     String[] omitHidden = null;
 102
 103     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 104     int height;
 105
 106     int start, end;
 107
 108     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 109     {
 110       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 111       start = sg.getStartRes();
 112       end = sg.getEndRes();
 113     }
 114     else
 115     {
 116       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 117       start = 0;
 118       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 119     }
 120
 121     height = originalSequences.length;
 122
 123     redundancy = new float[height];
 124     for (int i = 0; i < height; i++)
 125     {
 126       redundancy[i] = 0f;
 127     }
 128
 129     // if (ap.av.hasHiddenColumns)
 130     {
 131       // omitHidden = ap.av.getSelectionAsString();
 132     }
 133
 134     // long start = System.currentTimeMillis();
 135
 136     float pid;
 137     String seqi, seqj;
 138     for (int i = 0; i < height; i++)
 139     {
 140       for (int j = 0; j < i; j++)
 141       {
 142         if (i == j)
 143         {
 144           continue;
 145         }
 146
 147         if (omitHidden == null)
 148         {
 149           seqi = originalSequences[i].getSequenceAsString(start, end);
 150           seqj = originalSequences[j].getSequenceAsString(start, end);
 151         }
 152         else
 153         {
 154           seqi = omitHidden[i];
 155           seqj = omitHidden[j];
 156         }
 157
 158         pid = jalview.util.Comparison.PID(seqi, seqj);
 159
 160         if (seqj.length() < seqi.length())
 161         {
 162           redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);
 163         }
 164         else
 165         {
 166           redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);
 167         }
 168
 169       }
 170     }
 171
 172     label.setText("Enter the redundancy threshold");
 173     slider.setVisible(true);
 174     applyButton.setEnabled(true);
 175     valueField.setVisible(true);
 176
 177     validate();
 178     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 179   }
 180
 181   void sliderValueChanged()
 182   {
 183     if (redundancy == null)
 184     {
 185       return;
 186     }
 187
 188     float value = slider.getValue();
 189
 190     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 191     {
 192       if (value > redundancy[i])
 193       {
 194         redundantSeqs.removeElement(originalSequences[i]);
 195       }
 196       else if (!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))
 197       {
 198         redundantSeqs.addElement(originalSequences[i]);
 199       }
 200     }
 201
 202     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);
 203     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 204
 205   }
 206
 207   public void applyButton_actionPerformed()
 208   {
 209     Vector del = new Vector();
 210
 211     undoButton.setEnabled(true);
 212
 213     float value = slider.getValue();
 214     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 215
 216     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 217     {
 218       if (value <= redundancy[i])
 219       {
 220         del.addElement(originalSequences[i]);
 221       }
 222     }
 223
 224     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 225     // will
 226     // actually restore these sequences.
 227     if (del.size() > 0)
 228     {
 229       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 230
 231       int width = 0;
 232       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 233       {
 234         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 235         if (deleted[i].getLength() > width)
 236         {
 237           width = deleted[i].getLength();
 238         }
 239       }
 240
 241       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",
 242               EditCommand.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 243       AlignmentI alignment=ap.av.getAlignment();
 244       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 245       {
 246         alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 247         PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 248         if (sg != null)
 249         {
 250           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 251         }
 252       }
 253
 254       historyList.push(cut);
 255
 256       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 257
 258       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 259               .getSequences());
 260     }
 261
 262   }
 263
 264   public void undoButton_actionPerformed()
 265   {
 266     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 267     command.undoCommand(null);
 268
 269     if (ap.av.historyList.contains(command))
 270     {
 271       ap.av.historyList.removeElement(command);
 272       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 273     }
 274
 275     ap.paintAlignment(true);
 276
 277     if (historyList.size() == 0)
 278     {
 279       undoButton.setEnabled(false);
 280     }
 281   }
 282
 283   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 284   {
 285     try
 286     {
 287       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 288       slider.setValue(i);
 289     } catch (Exception ex)
 290     {
 291       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 292     }
 293   }
 294
 295   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 296   {
 297   }
 298
 299   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 300   {
 301     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 302   }
 303
 304   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 305   {
 306   }
 307
 308   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 309   {
 310   }
 311
 312   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 313   {
 314   }
 315
 316   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 317   {
 318   }
 319
 320   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 321   {
 322   }
 323 }