src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24 import java.util.List;
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.analysis.AlignSeq;
  29 import jalview.commands.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,
  34         WindowListener
  35 {
  36   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  37
  38   float[] redundancy;
  39
  40   SequenceI[] originalSequences;
  41
  42   Frame frame;
  43
  44   Vector redundantSeqs;
  45
  46   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  47   {
  48     super(ap, 0, false, null);
  49
  50     redundantSeqs = new Vector();
  51     this.ap = ap;
  52     undoButton.setVisible(true);
  53     applyButton.setVisible(true);
  54     allGroupsCheck.setVisible(false);
  55
  56     label.setText(MessageManager
  57             .getString("label.enter_redundancy_threshold"));
  58     valueField.setText("100");
  59
  60     slider.setVisibleAmount(1);
  61     slider.setMinimum(0);
  62     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  63     slider.setValue(100);
  64
  65     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  66     {
  67       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  68       {
  69         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  70         sliderValueChanged();
  71       }
  72     });
  73
  74     frame = new Frame();
  75     frame.add(this);
  76     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager
  77             .getString("label.redundancy_threshold_selection"), 400, 100);
  78
  79     frame.addWindowListener(this);
  80
  81     Thread worker = new Thread(this);
  82     worker.start();
  83   }
  84
  85   /**
  86    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
  87    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
  88    * slider to dynamically hide redundant sequences
  89    *
  90    * @param threshold
  91    *          DOCUMENT ME!
  92    * @param sel
  93    *          DOCUMENT ME!
  94    *
  95    * @return DOCUMENT ME!
  96    */
  97   public void run()
  98   {
  99     label.setText(MessageManager.getString("label.calculating"));
 100
 101     slider.setVisible(false);
 102     applyButton.setEnabled(false);
 103     valueField.setVisible(false);
 104
 105     validate();
 106
 107     String[] omitHidden = null;
 108
 109     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 110     int height;
 111
 112     int start, end;
 113
 114     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 115     {
 116       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 117       start = sg.getStartRes();
 118       end = sg.getEndRes();
 119     }
 120     else
 121     {
 122       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 123       start = 0;
 124       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 125     }
 126
 127     height = originalSequences.length;
 128
 129     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences,
 130             omitHidden, start, end, false);
 131     label.setText(MessageManager
 132             .getString("label.enter_redundancy_threshold"));
 133     slider.setVisible(true);
 134     applyButton.setEnabled(true);
 135     valueField.setVisible(true);
 136
 137     validate();
 138     sliderValueChanged();
 139     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 140   }
 141
 142   void sliderValueChanged()
 143   {
 144     if (redundancy == null)
 145     {
 146       return;
 147     }
 148
 149     float value = slider.getValue();
 150
 151     List<SequenceI> redundantSequences = new ArrayList<SequenceI>();
 152     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 153     {
 154       if (value <= redundancy[i])
 155       {
 156         redundantSequences.add(originalSequences[i]);
 157       }
 158     }
 159
 160     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSequences);
 161     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 162
 163   }
 164
 165   public void applyButton_actionPerformed()
 166   {
 167     Vector del = new Vector();
 168
 169     undoButton.setEnabled(true);
 170
 171     float value = slider.getValue();
 172     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 173
 174     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 175     {
 176       if (value <= redundancy[i])
 177       {
 178         del.addElement(originalSequences[i]);
 179       }
 180     }
 181
 182     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 183     // will
 184     // actually restore these sequences.
 185     if (del.size() > 0)
 186     {
 187       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 188
 189       int width = 0;
 190       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 191       {
 192         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 193         if (deleted[i].getLength() > width)
 194         {
 195           width = deleted[i].getLength();
 196         }
 197       }
 198
 199       EditCommand cut = new EditCommand(MessageManager.getString("action.remove_redundancy"),
 200               EditCommand.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 201       AlignmentI alignment = ap.av.getAlignment();
 202       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 203       {
 204         alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 205         if (sg != null)
 206         {
 207           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 208         }
 209       }
 210
 211       historyList.push(cut);
 212
 213       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 214
 215       PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 216        ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());
 217     }
 218
 219   }
 220
 221   public void undoButton_actionPerformed()
 222   {
 223     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 224     command.undoCommand(null);
 225
 226     if (ap.av.historyList.contains(command))
 227     {
 228       ap.av.historyList.removeElement(command);
 229       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 230       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());
 231     }
 232
 233     ap.paintAlignment(true);
 234
 235     if (historyList.size() == 0)
 236     {
 237       undoButton.setEnabled(false);
 238     }
 239   }
 240
 241   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 242   {
 243     try
 244     {
 245       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 246       slider.setValue(i);
 247     } catch (Exception ex)
 248     {
 249       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 250     }
 251   }
 252
 253   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 254   {
 255   }
 256
 257   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 258   {
 259     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 260   }
 261
 262   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 263   {
 264   }
 265
 266   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 267   {
 268   }
 269
 270   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 271   {
 272   }
 273
 274   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 275   {
 276   }
 277
 278   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 279   {
 280   }
 281 }