src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import java.awt.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.appletgui.PaintRefresher;
  30
  31 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable, WindowListener
  32 {
  33   AlignmentPanel ap;
  34
  35   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  36   float [] redundancy;
  37   SequenceI [] originalSequences;
  38   Frame frame;
  39   Vector redundantSeqs;
  40
  41   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  42   {
  43     super(ap, 0, false, null);
  44
  45     redundantSeqs = new Vector();
  46     this.ap = ap;
  47     undoButton.setVisible(true);
  48     applyButton.setVisible(true);
  49     allGroupsCheck.setVisible(false);
  50
  51     label.setText("Enter the redundancy threshold");
  52     valueField.setText("100");
  53
  54     slider.setVisibleAmount(1);
  55     slider.setMinimum(0);
  56     slider.setMaximum(100+slider.getVisibleAmount());
  57     slider.setValue(100);
  58
  59     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  60     {
  61       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  62       {
  63         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  64         sliderValueChanged();
  65       }
  66     });
  67
  68     frame = new Frame();
  69     frame.add(this);
  70     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Redundancy threshold selection",
  71                                      400, 100);
  72
  73     frame.addWindowListener(this);
  74
  75     Thread worker = new Thread(this);
  76     worker.start();
  77   }
  78   /**
  79    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment
  80    * except we dont want to remove redundancy, just calculate once
  81    * so we can use the slider to dynamically hide redundant sequences
  82    *
  83    * @param threshold DOCUMENT ME!
  84    * @param sel DOCUMENT ME!
  85    *
  86    * @return DOCUMENT ME!
  87    */
  88   public void run()
  89   {
  90       label.setText("Calculating....");
  91
  92       slider.setVisible(false);
  93       applyButton.setEnabled(false);
  94       valueField.setVisible(false);
  95
  96       validate();
  97
  98       String[] omitHidden = null;
  99
 100       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 101       int height;
 102
 103       int start, end;
 104
 105       if ( (sg != null) && (sg.getSize(false) >= 1))
 106       {
 107          originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);
 108          start = sg.getStartRes();
 109          end = sg.getEndRes();
 110       }
 111       else
 112       {
 113         originalSequences = ap.av.alignment.getSequencesArray();
 114         start = 0;
 115         end = ap.av.alignment.getWidth();
 116       }
 117
 118       height = originalSequences.length;
 119
 120       redundancy = new float[height];
 121       for (int i = 0; i < height; i++)
 122       {
 123         redundancy[i] = 0f;
 124       }
 125
 126     //  if (ap.av.hasHiddenColumns)
 127       {
 128      //   omitHidden = ap.av.getSelectionAsString();
 129       }
 130
 131
 132      // long start = System.currentTimeMillis();
 133
 134       float pid;
 135       String seqi, seqj;
 136       for (int i = 0; i < height; i++)
 137       {
 138           for (int j = 0; j < i; j++)
 139           {
 140             if(i==j)
 141               continue;
 142
 143             if(omitHidden==null)
 144             {
 145               seqi = originalSequences[i].getSequence(start, end);
 146               seqj = originalSequences[j].getSequence(start, end);
 147             }
 148             else
 149             {
 150               seqi = omitHidden[i];
 151               seqj = omitHidden[j];
 152             }
 153
 154             pid = jalview.util.Comparison.PID( seqi,  seqj );
 155
 156             if(seqj.length() < seqi.length())
 157               redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);
 158             else
 159               redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);
 160
 161           }
 162       }
 163
 164
 165       label.setText("Enter the redundancy threshold");
 166       slider.setVisible(true);
 167       applyButton.setEnabled(true);
 168       valueField.setVisible(true);
 169
 170       validate();
 171      // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 172   }
 173
 174   void sliderValueChanged()
 175   {
 176     if(redundancy==null)
 177       return;
 178
 179     float value = slider.getValue();
 180
 181     for(int i=0; i<redundancy.length; i++)
 182     {
 183       if (value > redundancy[i])
 184          redundantSeqs.removeElement(originalSequences[i]);
 185       else if(!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))
 186          redundantSeqs.addElement(originalSequences[i]);
 187     }
 188
 189     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);
 190
 191     PaintRefresher.Refresh(null,ap.av.alignment);
 192
 193     }
 194   public void applyButton_actionPerformed()
 195   {
 196     historyList.push(new HistoryItem("Remove redundancy",
 197                         ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));
 198
 199             if ((historyList.size() == 1) ||
 200                     !ap.alignFrame.historyList.contains(historyList.firstElement()))
 201             {
 202                 ap.alignFrame.addHistoryItem((HistoryItem) historyList.firstElement());
 203                 ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 204             }
 205
 206             Vector del = new Vector();
 207
 208             undoButton.setEnabled(true);
 209
 210             float value = slider.getValue();
 211             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 212
 213             for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 214             {
 215               if (value <= redundancy[i])
 216               {
 217                 SequenceI seq = originalSequences[i];
 218                 ap.av.alignment.deleteSequence(seq);
 219                 del.addElement(seq);
 220                 if (sg != null)
 221                 {
 222                   sg.deleteSequence(seq, false);
 223                 }
 224               }
 225             }
 226
 227
 228             // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will
 229             // actually restore these sequences.
 230             if (del.size() > 0)
 231             {
 232                 for (int i = 0, j = del.size(); i < j; i++)
 233                 {
 234                     SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);
 235                     sq.deleteChars(0, sq.getLength());
 236                 }
 237             }
 238
 239         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());
 240         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 241
 242   }
 243
 244   public void undoButton_actionPerformed()
 245   {
 246     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();
 247     ap.alignFrame.restoreHistoryItem(hi);
 248
 249     if (historyList.size() == 0)
 250     {
 251       undoButton.setEnabled(false);
 252     }
 253     ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 254   }
 255
 256   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 257   {
 258     try
 259     {
 260       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 261       slider.setValue(i);
 262     }
 263     catch (Exception ex)
 264     {
 265       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 266     }
 267   }
 268
 269
 270   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 271   {}
 272
 273   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 274   {
 275     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 276   }
 277
 278   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 279   {}
 280
 281   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 282   {}
 283   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 284   {}
 285   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 286   {}
 287   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 288   {}
 289 }