src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import java.awt.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.appletgui.PaintRefresher;\r
  30 \r
  31 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable, WindowListener\r
  32 {\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34 \r
  35   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  36   float [] redundancy;\r
  37   SequenceI [] originalSequences;\r
  38   Hashtable originalColours;\r
  39   Frame frame;\r
  40 \r
  41   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     super(ap, 0, false, null);\r
  44 \r
  45     this.ap = ap;\r
  46     undoButton.setVisible(true);\r
  47     applyButton.setVisible(true);\r
  48     allGroupsCheck.setVisible(false);\r
  49 \r
  50     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  51     valueField.setText("100");\r
  52 \r
  53     slider.setVisibleAmount(1);\r
  54     slider.setMinimum(40);\r
  55     slider.setMaximum(100+slider.getVisibleAmount());\r
  56     slider.setValue(100);\r
  57 \r
  58     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()\r
  59     {\r
  60       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  61       {\r
  62         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  63         sliderValueChanged();\r
  64       }\r
  65     });\r
  66 \r
  67     frame = new Frame();\r
  68     frame.add(this);\r
  69     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Redundancy threshold selection",\r
  70                                      400, 100);\r
  71 \r
  72     frame.addWindowListener(this);\r
  73 \r
  74     Thread worker = new Thread(this);\r
  75     worker.start();\r
  76   }\r
  77   /**\r
  78    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment\r
  79    * except we dont want to remove redundancy, just calculate once\r
  80    * so we can use the slider to dynamically hide redundant sequences\r
  81    *\r
  82    * @param threshold DOCUMENT ME!\r
  83    * @param sel DOCUMENT ME!\r
  84    *\r
  85    * @return DOCUMENT ME!\r
  86    */\r
  87   public void run()\r
  88   {\r
  89       label.setText("Calculating....");\r
  90 \r
  91       slider.setVisible(false);\r
  92       applyButton.setEnabled(false);\r
  93       valueField.setVisible(false);\r
  94 \r
  95       validate();\r
  96 \r
  97       String[] omitHidden = null;\r
  98 \r
  99       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 100       int height;\r
 101 \r
 102       originalColours = new Hashtable();\r
 103       int start, end;\r
 104 \r
 105       if ( (sg != null) && (sg.getSize(false) >= 1))\r
 106       {\r
 107          originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);\r
 108          start = sg.getStartRes();\r
 109          end = sg.getEndRes();\r
 110       }\r
 111       else\r
 112       {\r
 113         originalSequences = ap.av.alignment.getSequencesArray();\r
 114         start = 0;\r
 115         end = ap.av.alignment.getWidth();\r
 116       }\r
 117 \r
 118       height = originalSequences.length;\r
 119 \r
 120       redundancy = new float[height];\r
 121       for (int i = 0; i < height; i++)\r
 122       {\r
 123         redundancy[i] = 0f;\r
 124       }\r
 125 \r
 126     //  if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 127       {\r
 128      //   omitHidden = ap.av.getSelectionAsString();\r
 129       }\r
 130 \r
 131 \r
 132      // long start = System.currentTimeMillis();\r
 133 \r
 134       float pid;\r
 135       String seqi, seqj;\r
 136       for (int i = 0; i < height; i++)\r
 137       {\r
 138           originalColours.put(originalSequences[i],\r
 139                              originalSequences[i].getColor());\r
 140 \r
 141           for (int j = 0; j < i; j++)\r
 142           {\r
 143             if(i==j)\r
 144               continue;\r
 145 \r
 146             if(omitHidden==null)\r
 147             {\r
 148               seqi = originalSequences[i].getSequence(start, end);\r
 149               seqj = originalSequences[j].getSequence(start, end);\r
 150             }\r
 151             else\r
 152             {\r
 153               seqi = omitHidden[i];\r
 154               seqj = omitHidden[j];\r
 155             }\r
 156 \r
 157             pid = jalview.util.Comparison.PID( seqi,  seqj );\r
 158 \r
 159             if(seqj.length() < seqi.length())\r
 160               redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);\r
 161             else\r
 162               redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);\r
 163 \r
 164           }\r
 165       }\r
 166 \r
 167 \r
 168       label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
 169       slider.setVisible(true);\r
 170       applyButton.setEnabled(true);\r
 171       valueField.setVisible(true);\r
 172 \r
 173       validate();\r
 174      // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));\r
 175   }\r
 176 \r
 177   void sliderValueChanged()\r
 178   {\r
 179     if(redundancy==null)\r
 180       return;\r
 181 \r
 182     float value = slider.getValue();\r
 183 \r
 184     for(int i=0; i<redundancy.length; i++)\r
 185     {\r
 186       if (value > redundancy[i])\r
 187          originalSequences[i].setColor(java.awt.Color.white);\r
 188       else\r
 189          originalSequences[i].setColor(java.awt.Color.red);\r
 190     }\r
 191 \r
 192     PaintRefresher.Refresh(null,ap.av.alignment);\r
 193 \r
 194     }\r
 195   public void applyButton_actionPerformed()\r
 196   {\r
 197     historyList.push(new HistoryItem("Remove redundancy",\r
 198                         ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
 199 \r
 200             if ((historyList.size() == 1) ||\r
 201                     !ap.alignFrame.historyList.contains(historyList.firstElement()))\r
 202             {\r
 203                 ap.alignFrame.addHistoryItem((HistoryItem) historyList.firstElement());\r
 204                 ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 205             }\r
 206 \r
 207             Vector del = new Vector();\r
 208 \r
 209             undoButton.setEnabled(true);\r
 210 \r
 211             float value = slider.getValue();\r
 212             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 213 \r
 214             for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)\r
 215             {\r
 216               if (value <= redundancy[i])\r
 217               {\r
 218                 SequenceI seq = originalSequences[i];\r
 219                 ap.av.alignment.deleteSequence(seq);\r
 220                 del.addElement(seq);\r
 221                 if (sg != null)\r
 222                 {\r
 223                   sg.deleteSequence(seq, false);\r
 224                 }\r
 225               }\r
 226             }\r
 227 \r
 228 \r
 229             // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
 230             // actually restore these sequences.\r
 231             if (del.size() > 0)\r
 232             {\r
 233                 for (int i = 0, j = del.size(); i < j; i++)\r
 234                 {\r
 235                     SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
 236                     sq.deleteChars(0, sq.getLength());\r
 237                 }\r
 238             }\r
 239 \r
 240         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 241         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 242 \r
 243   }\r
 244 \r
 245   public void undoButton_actionPerformed()\r
 246   {\r
 247     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 248     ap.alignFrame.restoreHistoryItem(hi);\r
 249 \r
 250     if (historyList.size() == 0)\r
 251     {\r
 252       undoButton.setEnabled(false);\r
 253     }\r
 254     ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 255   }\r
 256 \r
 257   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 258   {\r
 259     try\r
 260     {\r
 261       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 262       slider.setValue(i);\r
 263     }\r
 264     catch (Exception ex)\r
 265     {\r
 266       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 267     }\r
 268   }\r
 269 \r
 270 \r
 271   public void windowOpened(WindowEvent evt)\r
 272   {}\r
 273 \r
 274   public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 275   {\r
 276     for(int i=0; i<originalSequences.length; i++)\r
 277     {\r
 278       SequenceI seq = originalSequences[i];\r
 279       seq.setColor( (java.awt.Color)originalColours.get(seq));\r
 280     }\r
 281 \r
 282     PaintRefresher.Refresh(ap.av.alignment);\r
 283   }\r
 284 \r
 285   public void windowClosed(WindowEvent evt)\r
 286   {}\r
 287 \r
 288   public void windowActivated(WindowEvent evt)\r
 289   {}\r
 290   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)\r
 291   {}\r
 292   public void windowIconified(WindowEvent evt)\r
 293   {}\r
 294   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)\r
 295   {}\r
 296 }\r