src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29
  30 public class RedundancyPanel
  31     extends SliderPanel implements Runnable, WindowListener
  32 {
  33   AlignmentPanel ap;
  34
  35   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  36   float[] redundancy;
  37   SequenceI[] originalSequences;
  38   Frame frame;
  39   Vector redundantSeqs;
  40
  41   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  42   {
  43     super(ap, 0, false, null);
  44
  45     redundantSeqs = new Vector();
  46     this.ap = ap;
  47     undoButton.setVisible(true);
  48     applyButton.setVisible(true);
  49     allGroupsCheck.setVisible(false);
  50
  51     label.setText("Enter the redundancy threshold");
  52     valueField.setText("100");
  53
  54     slider.setVisibleAmount(1);
  55     slider.setMinimum(0);
  56     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  57     slider.setValue(100);
  58
  59     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  60     {
  61       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  62       {
  63         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  64         sliderValueChanged();
  65       }
  66     });
  67
  68     frame = new Frame();
  69     frame.add(this);
  70     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Redundancy threshold selection",
  71                                      400, 100);
  72
  73     frame.addWindowListener(this);
  74
  75     Thread worker = new Thread(this);
  76     worker.start();
  77   }
  78
  79   /**
  80    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment
  81    * except we dont want to remove redundancy, just calculate once
  82    * so we can use the slider to dynamically hide redundant sequences
  83    *
  84    * @param threshold DOCUMENT ME!
  85    * @param sel DOCUMENT ME!
  86    *
  87    * @return DOCUMENT ME!
  88    */
  89   public void run()
  90   {
  91     label.setText("Calculating....");
  92
  93     slider.setVisible(false);
  94     applyButton.setEnabled(false);
  95     valueField.setVisible(false);
  96
  97     validate();
  98
  99     String[] omitHidden = null;
 100
 101     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 102     int height;
 103
 104     int start, end;
 105
 106     if ( (sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 107     {
 108       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);
 109       start = sg.getStartRes();
 110       end = sg.getEndRes();
 111     }
 112     else
 113     {
 114       originalSequences = ap.av.alignment.getSequencesArray();
 115       start = 0;
 116       end = ap.av.alignment.getWidth();
 117     }
 118
 119     height = originalSequences.length;
 120
 121     redundancy = new float[height];
 122     for (int i = 0; i < height; i++)
 123     {
 124       redundancy[i] = 0f;
 125     }
 126
 127     //  if (ap.av.hasHiddenColumns)
 128     {
 129       //   omitHidden = ap.av.getSelectionAsString();
 130     }
 131
 132     // long start = System.currentTimeMillis();
 133
 134     float pid;
 135     String seqi, seqj;
 136     for (int i = 0; i < height; i++)
 137     {
 138       for (int j = 0; j < i; j++)
 139       {
 140         if (i == j)
 141         {
 142           continue;
 143         }
 144
 145         if (omitHidden == null)
 146         {
 147           seqi = originalSequences[i].getSequenceAsString(start, end);
 148           seqj = originalSequences[j].getSequenceAsString(start, end);
 149         }
 150         else
 151         {
 152           seqi = omitHidden[i];
 153           seqj = omitHidden[j];
 154         }
 155
 156         pid = jalview.util.Comparison.PID(seqi, seqj);
 157
 158         if (seqj.length() < seqi.length())
 159         {
 160           redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);
 161         }
 162         else
 163         {
 164           redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);
 165         }
 166
 167       }
 168     }
 169
 170     label.setText("Enter the redundancy threshold");
 171     slider.setVisible(true);
 172     applyButton.setEnabled(true);
 173     valueField.setVisible(true);
 174
 175     validate();
 176     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 177   }
 178
 179   void sliderValueChanged()
 180   {
 181     if (redundancy == null)
 182     {
 183       return;
 184     }
 185
 186     float value = slider.getValue();
 187
 188     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 189     {
 190       if (value > redundancy[i])
 191       {
 192         redundantSeqs.removeElement(originalSequences[i]);
 193       }
 194       else if (!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))
 195       {
 196         redundantSeqs.addElement(originalSequences[i]);
 197       }
 198     }
 199
 200     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);
 201     PaintRefresher.Refresh(this,
 202                            ap.av.getSequenceSetId(),
 203                            true,
 204                            true);
 205
 206   }
 207
 208   public void applyButton_actionPerformed()
 209   {
 210     Vector del = new Vector();
 211
 212     undoButton.setEnabled(true);
 213
 214     float value = slider.getValue();
 215     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 216
 217     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 218     {
 219       if (value <= redundancy[i])
 220       {
 221         del.addElement(originalSequences[i]);
 222       }
 223     }
 224
 225     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will
 226     // actually restore these sequences.
 227     if (del.size() > 0)
 228     {
 229       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 230
 231       int width = 0;
 232       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 233       {
 234         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 235         if (deleted[i].getLength() > width)
 236         {
 237           width = deleted[i].getLength();
 238         }
 239       }
 240
 241       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",
 242                                         EditCommand.CUT, deleted, 0, width,
 243                                         ap.av.alignment);
 244
 245       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 246       {
 247         ap.av.alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 248         PaintRefresher.Refresh(this,
 249                                ap.av.getSequenceSetId(),
 250                                true,
 251                                true);
 252         if (sg != null)
 253         {
 254           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 255         }
 256       }
 257
 258       historyList.push(cut);
 259
 260       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 261
 262       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 263                                ap.av.getAlignment().getSequences());
 264     }
 265
 266   }
 267
 268   public void undoButton_actionPerformed()
 269   {
 270     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 271     command.undoCommand(null);
 272
 273     if (ap.av.historyList.contains(command))
 274     {
 275       ap.av.historyList.removeElement(command);
 276       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 277     }
 278
 279     ap.paintAlignment(true);
 280
 281     if (historyList.size() == 0)
 282     {
 283       undoButton.setEnabled(false);
 284     }
 285   }
 286
 287   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 288   {
 289     try
 290     {
 291       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 292       slider.setValue(i);
 293     }
 294     catch (Exception ex)
 295     {
 296       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 297     }
 298   }
 299
 300   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 301   {}
 302
 303   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 304   {
 305     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 306   }
 307
 308   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 309   {}
 310
 311   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 312   {}
 313
 314   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 315   {}
 316
 317   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 318   {}
 319
 320   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 321   {}
 322 }