src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import java.awt.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.appletgui.PaintRefresher;\r
  30 \r
  31 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable, WindowListener\r
  32 {\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34 \r
  35   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  36   Vector originalSequences;\r
  37   Hashtable originalColours;\r
  38   SequenceI[] oldAlignment;\r
  39   float [] redundancy;\r
  40   Frame frame;\r
  41 \r
  42   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)\r
  43   {\r
  44     super(ap, 0, false, null);\r
  45 \r
  46     this.ap = ap;\r
  47     undoButton.setVisible(true);\r
  48     applyButton.setVisible(true);\r
  49     allGroupsCheck.setVisible(false);\r
  50 \r
  51     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  52     valueField.setText("100");\r
  53 \r
  54     slider.setVisibleAmount(1);\r
  55     slider.setMinimum(40);\r
  56     slider.setMaximum(100+slider.getVisibleAmount());\r
  57     slider.setValue(100);\r
  58 \r
  59     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()\r
  60     {\r
  61       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  62       {\r
  63         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  64         sliderValueChanged();\r
  65       }\r
  66     });\r
  67 \r
  68     frame = new Frame();\r
  69     frame.add(this);\r
  70     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Redundancy threshold selection",\r
  71                                      400, 100);\r
  72 \r
  73     frame.addWindowListener(this);\r
  74 \r
  75     Thread worker = new Thread(this);\r
  76     worker.start();\r
  77   }\r
  78   /**\r
  79    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment\r
  80    * except we dont want to remove redundancy, just calculate once\r
  81    * so we can use the slider to dynamically hide redundant sequences\r
  82    *\r
  83    * @param threshold DOCUMENT ME!\r
  84    * @param sel DOCUMENT ME!\r
  85    *\r
  86    * @return DOCUMENT ME!\r
  87    */\r
  88   public void run()\r
  89   {\r
  90       label.setText("Calculating....");\r
  91 \r
  92       slider.setVisible(false);\r
  93       applyButton.setEnabled(false);\r
  94       valueField.setVisible(false);\r
  95 \r
  96       validate();\r
  97 \r
  98       Vector sel = new Vector();\r
  99       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 100       int height;\r
 101       originalSequences = new Vector();\r
 102       originalColours = new Hashtable();\r
 103 \r
 104       if ( (sg != null) && (sg.getSize(false) >= 1))\r
 105       {\r
 106          height = sg.getSize(false);\r
 107         for (int i = 0; i < sg.getSize(false); i++)\r
 108         {\r
 109           sel.addElement(sg.getSequenceAt(i));\r
 110         }\r
 111       }\r
 112       else\r
 113       {\r
 114         height = ap.av.alignment.getHeight();\r
 115         for (int i = 0; i < ap.av.alignment.getHeight(); i++)\r
 116         {\r
 117           sel.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
 118         }\r
 119       }\r
 120 \r
 121       redundancy = new float[height];\r
 122       for (int i = 0; i < height; i++)\r
 123       {\r
 124         redundancy[i] = 0f;\r
 125       }\r
 126 \r
 127 \r
 128      // long start = System.currentTimeMillis();\r
 129 \r
 130       float pid;\r
 131       SequenceI seqi, seqj;\r
 132       for (int i = 0; i < sel.size(); i++)\r
 133       {\r
 134           originalSequences.addElement(sel.elementAt(i));\r
 135           originalColours.put(sel.elementAt(i),\r
 136                              ((SequenceI) sel.elementAt(i)).getColor());\r
 137 \r
 138           for (int j = 0; j < i; j++)\r
 139           {\r
 140             if(i==j)\r
 141               continue;\r
 142 \r
 143             seqi = (SequenceI) sel.elementAt(i);\r
 144             seqj = (SequenceI) sel.elementAt(j);\r
 145 \r
 146             if (sg != null)\r
 147             {\r
 148               pid = jalview.util.Comparison.PID(seqi,\r
 149                                                 seqj,\r
 150                                                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
 151             }\r
 152             else\r
 153               pid = jalview.util.Comparison.PID( seqi,  seqj );\r
 154 \r
 155 \r
 156             if(seqj.getLength() < seqi.getLength())\r
 157               redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);\r
 158             else\r
 159               redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);\r
 160 \r
 161           }\r
 162       }\r
 163 \r
 164 \r
 165       label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
 166       slider.setVisible(true);\r
 167       applyButton.setEnabled(true);\r
 168       valueField.setVisible(true);\r
 169 \r
 170       validate();\r
 171      // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));\r
 172   }\r
 173 \r
 174   void sliderValueChanged()\r
 175   {\r
 176     if(redundancy==null)\r
 177       return;\r
 178 \r
 179     float value = slider.getValue();\r
 180 \r
 181     for(int i=0; i<redundancy.length; i++)\r
 182     {\r
 183       if (value > redundancy[i])\r
 184          ((SequenceI)originalSequences.elementAt(i)).setColor(java.awt.Color.white);\r
 185       else\r
 186          ((SequenceI)originalSequences.elementAt(i)).setColor(java.awt.Color.red);\r
 187     }\r
 188 \r
 189     PaintRefresher.Refresh(null,ap.av.alignment);\r
 190 \r
 191     }\r
 192   public void applyButton_actionPerformed()\r
 193   {\r
 194     historyList.push(new HistoryItem("Remove redundancy",\r
 195                         ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
 196 \r
 197             if ((historyList.size() == 1) ||\r
 198                     !ap.alignFrame.historyList.contains(historyList.firstElement()))\r
 199             {\r
 200                 ap.alignFrame.addHistoryItem((HistoryItem) historyList.firstElement());\r
 201                 ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 202             }\r
 203 \r
 204             Vector del = new Vector();\r
 205 \r
 206             undoButton.setEnabled(true);\r
 207 \r
 208             float value = slider.getValue();\r
 209             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 210 \r
 211             for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)\r
 212             {\r
 213               if (value <= redundancy[i])\r
 214               {\r
 215                 SequenceI seq = (SequenceI) originalSequences.elementAt(i);\r
 216                 ap.av.alignment.deleteSequence(seq);\r
 217                 del.addElement(seq);\r
 218                 if (sg != null)\r
 219                 {\r
 220                   sg.deleteSequence(seq, false);\r
 221                 }\r
 222               }\r
 223             }\r
 224 \r
 225 \r
 226             // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
 227             // actually restore these sequences.\r
 228             if (del.size() > 0)\r
 229             {\r
 230                 for (int i = 0, j = del.size(); i < j; i++)\r
 231                 {\r
 232                     SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
 233                     sq.deleteChars(0, sq.getLength());\r
 234                 }\r
 235             }\r
 236 \r
 237         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 238         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 239 \r
 240   }\r
 241 \r
 242   public void undoButton_actionPerformed()\r
 243   {\r
 244     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 245     ap.alignFrame.restoreHistoryItem(hi);\r
 246 \r
 247     if (historyList.size() == 0)\r
 248     {\r
 249       undoButton.setEnabled(false);\r
 250     }\r
 251     ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 252   }\r
 253 \r
 254   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 255   {\r
 256     try\r
 257     {\r
 258       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 259       slider.setValue(i);\r
 260     }\r
 261     catch (Exception ex)\r
 262     {\r
 263       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 264     }\r
 265   }\r
 266 \r
 267 \r
 268   public void windowOpened(WindowEvent evt)\r
 269   {}\r
 270 \r
 271   public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 272   {\r
 273     for(int i=0; i<originalSequences.size(); i++)\r
 274     {\r
 275       SequenceI seq = (SequenceI)originalSequences.elementAt(i);\r
 276       seq.setColor( (java.awt.Color)originalColours.get(seq));\r
 277     }\r
 278 \r
 279     PaintRefresher.Refresh(ap.av.alignment);\r
 280   }\r
 281 \r
 282   public void windowClosed(WindowEvent evt)\r
 283   {}\r
 284 \r
 285   public void windowActivated(WindowEvent evt)\r
 286   {}\r
 287   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)\r
 288   {}\r
 289   public void windowIconified(WindowEvent evt)\r
 290   {}\r
 291   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)\r
 292   {}\r
 293 }\r