src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28
  29 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,
  30         WindowListener
  31 {
  32   AlignmentPanel ap;
  33
  34   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  35
  36   float[] redundancy;
  37
  38   SequenceI[] originalSequences;
  39
  40   Frame frame;
  41
  42   Vector redundantSeqs;
  43
  44   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  45   {
  46     super(ap, 0, false, null);
  47
  48     redundantSeqs = new Vector();
  49     this.ap = ap;
  50     undoButton.setVisible(true);
  51     applyButton.setVisible(true);
  52     allGroupsCheck.setVisible(false);
  53
  54     label.setText("Enter the redundancy threshold");
  55     valueField.setText("100");
  56
  57     slider.setVisibleAmount(1);
  58     slider.setMinimum(0);
  59     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  60     slider.setValue(100);
  61
  62     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  63     {
  64       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  65       {
  66         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  67         sliderValueChanged();
  68       }
  69     });
  70
  71     frame = new Frame();
  72     frame.add(this);
  73     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  74             "Redundancy threshold selection", 400, 100);
  75
  76     frame.addWindowListener(this);
  77
  78     Thread worker = new Thread(this);
  79     worker.start();
  80   }
  81
  82   /**
  83    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
  84    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
  85    * slider to dynamically hide redundant sequences
  86    *
  87    * @param threshold
  88    *                DOCUMENT ME!
  89    * @param sel
  90    *                DOCUMENT ME!
  91    *
  92    * @return DOCUMENT ME!
  93    */
  94   public void run()
  95   {
  96     label.setText("Calculating....");
  97
  98     slider.setVisible(false);
  99     applyButton.setEnabled(false);
 100     valueField.setVisible(false);
 101
 102     validate();
 103
 104     String[] omitHidden = null;
 105
 106     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 107     int height;
 108
 109     int start, end;
 110
 111     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 112     {
 113       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);
 114       start = sg.getStartRes();
 115       end = sg.getEndRes();
 116     }
 117     else
 118     {
 119       originalSequences = ap.av.alignment.getSequencesArray();
 120       start = 0;
 121       end = ap.av.alignment.getWidth();
 122     }
 123
 124     height = originalSequences.length;
 125
 126     redundancy = new float[height];
 127     for (int i = 0; i < height; i++)
 128     {
 129       redundancy[i] = 0f;
 130     }
 131
 132     // if (ap.av.hasHiddenColumns)
 133     {
 134       // omitHidden = ap.av.getSelectionAsString();
 135     }
 136
 137     // long start = System.currentTimeMillis();
 138
 139     float pid;
 140     String seqi, seqj;
 141     for (int i = 0; i < height; i++)
 142     {
 143       for (int j = 0; j < i; j++)
 144       {
 145         if (i == j)
 146         {
 147           continue;
 148         }
 149
 150         if (omitHidden == null)
 151         {
 152           seqi = originalSequences[i].getSequenceAsString(start, end);
 153           seqj = originalSequences[j].getSequenceAsString(start, end);
 154         }
 155         else
 156         {
 157           seqi = omitHidden[i];
 158           seqj = omitHidden[j];
 159         }
 160
 161         pid = jalview.util.Comparison.PID(seqi, seqj);
 162
 163         if (seqj.length() < seqi.length())
 164         {
 165           redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);
 166         }
 167         else
 168         {
 169           redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);
 170         }
 171
 172       }
 173     }
 174
 175     label.setText("Enter the redundancy threshold");
 176     slider.setVisible(true);
 177     applyButton.setEnabled(true);
 178     valueField.setVisible(true);
 179
 180     validate();
 181     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 182   }
 183
 184   void sliderValueChanged()
 185   {
 186     if (redundancy == null)
 187     {
 188       return;
 189     }
 190
 191     float value = slider.getValue();
 192
 193     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 194     {
 195       if (value > redundancy[i])
 196       {
 197         redundantSeqs.removeElement(originalSequences[i]);
 198       }
 199       else if (!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))
 200       {
 201         redundantSeqs.addElement(originalSequences[i]);
 202       }
 203     }
 204
 205     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);
 206     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 207
 208   }
 209
 210   public void applyButton_actionPerformed()
 211   {
 212     Vector del = new Vector();
 213
 214     undoButton.setEnabled(true);
 215
 216     float value = slider.getValue();
 217     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 218
 219     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 220     {
 221       if (value <= redundancy[i])
 222       {
 223         del.addElement(originalSequences[i]);
 224       }
 225     }
 226
 227     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 228     // will
 229     // actually restore these sequences.
 230     if (del.size() > 0)
 231     {
 232       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 233
 234       int width = 0;
 235       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 236       {
 237         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 238         if (deleted[i].getLength() > width)
 239         {
 240           width = deleted[i].getLength();
 241         }
 242       }
 243
 244       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",
 245               EditCommand.CUT, deleted, 0, width, ap.av.alignment);
 246
 247       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 248       {
 249         ap.av.alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 250         PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 251         if (sg != null)
 252         {
 253           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 254         }
 255       }
 256
 257       historyList.push(cut);
 258
 259       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 260
 261       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 262               .getSequences());
 263     }
 264
 265   }
 266
 267   public void undoButton_actionPerformed()
 268   {
 269     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 270     command.undoCommand(null);
 271
 272     if (ap.av.historyList.contains(command))
 273     {
 274       ap.av.historyList.removeElement(command);
 275       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 276     }
 277
 278     ap.paintAlignment(true);
 279
 280     if (historyList.size() == 0)
 281     {
 282       undoButton.setEnabled(false);
 283     }
 284   }
 285
 286   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 287   {
 288     try
 289     {
 290       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 291       slider.setValue(i);
 292     } catch (Exception ex)
 293     {
 294       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 295     }
 296   }
 297
 298   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 299   {
 300   }
 301
 302   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 303   {
 304     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 305   }
 306
 307   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 308   {
 309   }
 310
 311   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 312   {
 313   }
 314
 315   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 316   {
 317   }
 318
 319   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 320   {
 321   }
 322
 323   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 324   {
 325   }
 326 }