src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26
  27 public class ScalePanel
  28     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener
  29 {
  30
  31   protected int offy = 4;
  32   public int width;
  33
  34   protected AlignViewport av;
  35   AlignmentPanel ap;
  36
  37   boolean stretchingGroup = false;
  38   int min; //used by mouseDragged to see if user
  39   int max; //used by mouseDragged to see if user
  40   boolean mouseDragging = false;
  41   int [] reveal;
  42
  43   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  44   {
  45     setLayout(null);
  46     this.av = av;
  47     this.ap = ap;
  48
  49     addMouseListener(this);
  50     addMouseMotionListener(this);
  51
  52   }
  53
  54   public void mousePressed(MouseEvent evt)
  55   {
  56     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
  57     final int res;
  58
  59     if (av.hasHiddenColumns)
  60       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
  61     else
  62       res = x;
  63
  64     min = res;
  65     max = res;
  66     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK)
  67         == InputEvent.BUTTON3_MASK)
  68     {
  69       PopupMenu pop = new PopupMenu();
  70       if (reveal != null)
  71       {
  72         MenuItem item = new MenuItem("Reveal");
  73         item.addActionListener(new ActionListener()
  74         {
  75           public void actionPerformed(ActionEvent e)
  76           {
  77             av.showColumn(reveal[0]);
  78             reveal = null;
  79             ap.repaint();
  80             if (ap.overviewPanel != null)
  81               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
  82           }
  83         });
  84         pop.add(item);
  85
  86         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)
  87         {
  88           item = new MenuItem("Reveal All");
  89           item.addActionListener(new ActionListener()
  90           {
  91             public void actionPerformed(ActionEvent e)
  92             {
  93               av.showAllHiddenColumns();
  94               reveal = null;
  95               ap.repaint();
  96               if (ap.overviewPanel != null)
  97                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
  98             }
  99           });
 100           pop.add(item);
 101         }
 102         this.add(pop);
 103         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 104       }
 105       else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 106       {
 107         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");
 108         item.addActionListener(new ActionListener()
 109         {
 110           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 111           {
 112             av.hideColumns(res, res);
 113             if (av.getSelectionGroup() != null
 114                 &&
 115                 av.getSelectionGroup().getSize(false) == av.alignment.getHeight())
 116               av.setSelectionGroup(null);
 117
 118             ap.repaint();
 119             if (ap.overviewPanel != null)
 120               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 121           }
 122         });
 123         pop.add(item);
 124         this.add(pop);
 125         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 126       }
 127     }
 128     else // LEFT MOUSE TO SELECT
 129     {
 130       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())
 131       {
 132         av.getColumnSelection().clear();
 133       }
 134
 135       av.getColumnSelection().addElement(res);
 136       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 137       for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)
 138       {
 139         sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);
 140       }
 141
 142       sg.setStartRes(res);
 143       sg.setEndRes(res);
 144       av.setSelectionGroup(sg);
 145
 146       if(evt.isShiftDown())
 147       {
 148         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 149         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 150         for (int i = min; i<max; i++)
 151         {
 152             av.getColumnSelection().addElement(i);
 153         }
 154         sg.setStartRes(min);
 155         sg.setEndRes(max);
 156       }
 157     }
 158
 159     ap.repaint();
 160   }
 161
 162   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 163   {
 164     mouseDragging = false;
 165
 166     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 167
 168     if(res> av.alignment.getWidth())
 169     {
 170       res = av.alignment.getWidth()-1;
 171     }
 172
 173     if(av.hasHiddenColumns)
 174       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 175
 176     if (!stretchingGroup)
 177     {
 178         ap.repaint();
 179
 180         return;
 181     }
 182
 183     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 184
 185     if (res > sg.getStartRes())
 186     {
 187         sg.setEndRes(res);
 188     }
 189     else if (res < sg.getStartRes())
 190     {
 191         sg.setStartRes(res);
 192     }
 193
 194     stretchingGroup = false;
 195     ap.repaint();
 196   }
 197
 198   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 199   {
 200     mouseDragging = true;
 201
 202     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 203     if (res < 0)
 204       res = 0;
 205
 206     if (av.hasHiddenColumns)
 207       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 208
 209     if (res > av.alignment.getWidth())
 210     {
 211       res = av.alignment.getWidth() - 1;
 212     }
 213
 214     if (res < min)
 215     {
 216       min = res;
 217     }
 218
 219     if (res > max)
 220     {
 221       max = res;
 222     }
 223
 224     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 225
 226     if (sg != null)
 227     {
 228       stretchingGroup = true;
 229
 230       if (!av.getColumnSelection().contains(res))
 231       {
 232         av.getColumnSelection().addElement(res);
 233       }
 234
 235       if (res > sg.getStartRes())
 236       {
 237         sg.setEndRes(res);
 238       }
 239       if (res < sg.getStartRes())
 240       {
 241         sg.setStartRes(res);
 242       }
 243
 244       for (int i = min; i <= max; i++)
 245       {
 246         if ( (i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))
 247         {
 248           av.getColumnSelection().removeElement(i);
 249         }
 250         else
 251         {
 252           av.getColumnSelection().addElement(i);
 253         }
 254       }
 255
 256       ap.repaint();
 257     }
 258   }
 259
 260
 261   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 262   {
 263     if (mouseDragging)
 264       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);
 265   }
 266
 267   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 268   {
 269     if (mouseDragging)
 270       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);
 271   }
 272
 273   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 274   {
 275
 276   }
 277
 278   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 279   {
 280     if (!av.hasHiddenColumns)
 281       return;
 282
 283     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 284
 285     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 286
 287     reveal = null;
 288     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 289     {
 290       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().
 291           elementAt(i);
 292       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
 293       {
 294         reveal = region;
 295         break;
 296       }
 297     }
 298
 299     repaint();
 300   }
 301
 302   public void update(Graphics g)
 303   {
 304     paint(g);
 305   }
 306
 307   public void paint(Graphics g)
 308   {
 309     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,
 310               getSize().height);
 311   }
 312
 313 // scalewidth will normally be screenwidth,
 314   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,
 315                         int height)
 316   {
 317     gg.setFont(av.getFont());
 318
 319
 320     //Fill in the background
 321     gg.setColor(Color.white);
 322     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 323     gg.setColor(Color.black);
 324
 325     //Fill the selected columns
 326     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 327     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 328
 329     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
 330     {
 331         int sel = cs.columnAt(i);
 332         if(av.hasHiddenColumns)
 333           sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);
 334
 335
 336         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 337         {
 338             gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,
 339                 getSize().height);
 340         }
 341     }
 342
 343     // Draw the scale numbers
 344     gg.setColor(Color.black);
 345
 346     int scalestartx = (startx / 10) * 10;
 347
 348     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 349     int y = av.charHeight - fm.getDescent();
 350
 351     if ((scalestartx % 10) == 0)
 352     {
 353         scalestartx += 5;
 354     }
 355
 356     String string;
 357     int maxX=0;
 358
 359     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)
 360     {
 361         if ((i % 10) == 0)
 362         {
 363             string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));
 364             if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)
 365             {
 366               gg.drawString(string,
 367                             (i - startx - 1) * av.charWidth, y);
 368               maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);
 369             }
 370
 371             gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +
 372                                 (av.charWidth / 2)), y + 2,
 373                         (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +
 374                                (av.charWidth / 2)),
 375                         y + (fm.getDescent() * 2));
 376
 377         }
 378         else
 379         {
 380             gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +
 381                 (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),
 382                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +
 383                 (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));
 384         }
 385     }
 386
 387     if (av.hasHiddenColumns)
 388     {
 389       gg.setColor(Color.blue);
 390       int res;
 391       if(av.getShowHiddenMarkers())
 392       {
 393         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();
 394              i++)
 395         {
 396
 397           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -
 398               startx;
 399
 400           if(res < 0 || res > endx-scalestartx)
 401             continue;
 402
 403           gg.fillPolygon(new int[]
 404                          {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 405                          res * av.charWidth + av.charHeight / 4,
 406                          res * av.charWidth},
 407                          new int[]
 408                          {
 409                          y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,
 410                          y + 8
 411           }, 3);
 412
 413         }
 414       }
 415
 416       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)
 417       {
 418         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);
 419       }
 420     }
 421
 422   }
 423
 424 }