src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 public class ScalePanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  30         MouseListener
  31 {
  32
  33   protected int offy = 4;
  34
  35   public int width;
  36
  37   protected AlignViewport av;
  38
  39   AlignmentPanel ap;
  40
  41   boolean stretchingGroup = false;
  42
  43   int min; // used by mouseDragged to see if user
  44
  45   int max; // used by mouseDragged to see if user
  46
  47   boolean mouseDragging = false;
  48
  49   int[] reveal;
  50
  51   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  52   {
  53     setLayout(null);
  54     this.av = av;
  55     this.ap = ap;
  56
  57     addMouseListener(this);
  58     addMouseMotionListener(this);
  59
  60   }
  61
  62   public void mousePressed(MouseEvent evt)
  63   {
  64     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
  65     final int res;
  66
  67     if (av.hasHiddenColumns())
  68     {
  69       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
  70     }
  71     else
  72     {
  73       res = x;
  74     }
  75
  76     min = res;
  77     max = res;
  78     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
  79     {
  80       PopupMenu pop = new PopupMenu();
  81       if (reveal != null)
  82       {
  83         MenuItem item = new MenuItem(
  84                 MessageManager.getString("label.reveal"));
  85         item.addActionListener(new ActionListener()
  86         {
  87           public void actionPerformed(ActionEvent e)
  88           {
  89             av.showColumn(reveal[0]);
  90             reveal = null;
  91             ap.paintAlignment(true);
  92             if (ap.overviewPanel != null)
  93             {
  94               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
  95             }
  96           }
  97         });
  98         pop.add(item);
  99
 100         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)
 101         {
 102           item = new MenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 103           item.addActionListener(new ActionListener()
 104           {
 105             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 106             {
 107               av.showAllHiddenColumns();
 108               reveal = null;
 109               ap.paintAlignment(true);
 110               if (ap.overviewPanel != null)
 111               {
 112                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 113               }
 114             }
 115           });
 116           pop.add(item);
 117         }
 118         this.add(pop);
 119         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 120       }
 121       else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 122       {
 123         MenuItem item = new MenuItem(
 124                 MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 125         item.addActionListener(new ActionListener()
 126         {
 127           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 128           {
 129             av.hideColumns(res, res);
 130             if (av.getSelectionGroup() != null
 131                     && av.getSelectionGroup().getSize() == av
 132                             .getAlignment().getHeight())
 133             {
 134               av.setSelectionGroup(null);
 135             }
 136
 137             ap.paintAlignment(true);
 138             if (ap.overviewPanel != null)
 139             {
 140               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 141             }
 142           }
 143         });
 144         pop.add(item);
 145         this.add(pop);
 146         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 147       }
 148     }
 149     else
 150     // LEFT MOUSE TO SELECT
 151     {
 152       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())
 153       {
 154         av.getColumnSelection().clear();
 155       }
 156
 157       av.getColumnSelection().addElement(res);
 158       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 159       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getSequences().size(); i++)
 160       {
 161         sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 162       }
 163
 164       sg.setStartRes(res);
 165       sg.setEndRes(res);
 166       av.setSelectionGroup(sg);
 167
 168       if (evt.isShiftDown())
 169       {
 170         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 171         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 172         for (int i = min; i < max; i++)
 173         {
 174           av.getColumnSelection().addElement(i);
 175         }
 176         sg.setStartRes(min);
 177         sg.setEndRes(max);
 178       }
 179     }
 180
 181     ap.paintAlignment(true);
 182     av.sendSelection();
 183   }
 184
 185   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 186   {
 187     mouseDragging = false;
 188
 189     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 190
 191     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 192     {
 193       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 194     }
 195
 196     if (av.hasHiddenColumns())
 197     {
 198       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 199     }
 200
 201     if (!stretchingGroup)
 202     {
 203       ap.paintAlignment(false);
 204
 205       return;
 206     }
 207
 208     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 209
 210     if (res > sg.getStartRes())
 211     {
 212       sg.setEndRes(res);
 213     }
 214     else if (res < sg.getStartRes())
 215     {
 216       sg.setStartRes(res);
 217     }
 218
 219     stretchingGroup = false;
 220     ap.paintAlignment(false);
 221     av.sendSelection();
 222   }
 223
 224   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 225   {
 226     mouseDragging = true;
 227
 228     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 229     if (res < 0)
 230     {
 231       res = 0;
 232     }
 233
 234     if (av.hasHiddenColumns())
 235     {
 236       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 237     }
 238
 239     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 240     {
 241       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 242     }
 243
 244     if (res < min)
 245     {
 246       min = res;
 247     }
 248
 249     if (res > max)
 250     {
 251       max = res;
 252     }
 253
 254     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 255
 256     if (sg != null)
 257     {
 258       stretchingGroup = true;
 259
 260       if (!av.getColumnSelection().contains(res))
 261       {
 262         av.getColumnSelection().addElement(res);
 263       }
 264
 265       if (res > sg.getStartRes())
 266       {
 267         sg.setEndRes(res);
 268       }
 269       if (res < sg.getStartRes())
 270       {
 271         sg.setStartRes(res);
 272       }
 273
 274       int col;
 275       for (int i = min; i <= max; i++)
 276       {
 277         col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);
 278
 279         if ((col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))
 280         {
 281           av.getColumnSelection().removeElement(col);
 282         }
 283         else
 284         {
 285           av.getColumnSelection().addElement(col);
 286         }
 287       }
 288
 289       ap.paintAlignment(false);
 290     }
 291   }
 292
 293   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 294   {
 295     if (mouseDragging)
 296     {
 297       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);
 298     }
 299   }
 300
 301   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 302   {
 303     if (mouseDragging)
 304     {
 305       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);
 306     }
 307   }
 308
 309   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 310   {
 311
 312   }
 313
 314   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 315   {
 316     if (!av.hasHiddenColumns())
 317     {
 318       return;
 319     }
 320
 321     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 322
 323     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 324
 325     reveal = null;
 326     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 327     {
 328       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 329               .elementAt(i);
 330       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
 331       {
 332         reveal = region;
 333         break;
 334       }
 335     }
 336
 337     repaint();
 338   }
 339
 340   public void update(Graphics g)
 341   {
 342     paint(g);
 343   }
 344
 345   public void paint(Graphics g)
 346   {
 347     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,
 348             getSize().height);
 349   }
 350
 351   // scalewidth will normally be screenwidth,
 352   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,
 353           int height)
 354   {
 355     gg.setFont(av.getFont());
 356
 357     // Fill in the background
 358     gg.setColor(Color.white);
 359     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 360     gg.setColor(Color.black);
 361
 362     // Fill the selected columns
 363     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 364     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 365
 366     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
 367     {
 368       int sel = cs.columnAt(i);
 369       if (av.hasHiddenColumns())
 370       {
 371         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);
 372       }
 373
 374       if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 375       {
 376         gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,
 377                 getSize().height);
 378       }
 379     }
 380
 381     // Draw the scale numbers
 382     gg.setColor(Color.black);
 383
 384     int scalestartx = (startx / 10) * 10;
 385
 386     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 387     int y = av.charHeight - fm.getDescent();
 388
 389     if ((scalestartx % 10) == 0)
 390     {
 391       scalestartx += 5;
 392     }
 393
 394     String string;
 395     int maxX = 0;
 396
 397     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)
 398     {
 399       if ((i % 10) == 0)
 400       {
 401         string = String.valueOf(av.getColumnSelection()
 402                 .adjustForHiddenColumns(i));
 403         if ((i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)
 404         {
 405           gg.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth, y);
 406           maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);
 407         }
 408
 409         gg.drawLine(
 410                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 411                 y + 2,
 412                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 413                 y + (fm.getDescent() * 2));
 414
 415       }
 416       else
 417       {
 418         gg.drawLine(
 419                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 420                 y + fm.getDescent(),
 421                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 422                 y + (fm.getDescent() * 2));
 423       }
 424     }
 425
 426     if (av.hasHiddenColumns())
 427     {
 428       gg.setColor(Color.blue);
 429       int res;
 430       if (av.getShowHiddenMarkers())
 431       {
 432         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 433                 .size(); i++)
 434         {
 435
 436           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 437                   - startx;
 438
 439           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)
 440           {
 441             continue;
 442           }
 443
 444           gg.fillPolygon(new int[]
 445           { res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 446               res * av.charWidth + av.charHeight / 4, res * av.charWidth },
 447                   new int[]
 448                   { y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2, y + 8 },
 449                   3);
 450
 451         }
 452       }
 453
 454       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)
 455       {
 456         gg.drawString(MessageManager.getString("label.reveal_columns"),
 457                 reveal[0] * av.charWidth, 0);
 458       }
 459     }
 460
 461   }
 462
 463 }