src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class ScalePanel\r
  28     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected int offy = 4;\r
  32   public int width;\r
  33 \r
  34   protected AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   boolean stretchingGroup = false;\r
  38   int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  39   int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  40   boolean mouseDragging = false;\r
  41   int[] reveal;\r
  42 \r
  43   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  44   {\r
  45     setLayout(null);\r
  46     this.av = av;\r
  47     this.ap = ap;\r
  48 \r
  49     addMouseListener(this);\r
  50     addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  55   {\r
  56     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  57     final int res;\r
  58 \r
  59     if (av.hasHiddenColumns)\r
  60     {\r
  61       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  62     }\r
  63     else\r
  64     {\r
  65       res = x;\r
  66     }\r
  67 \r
  68     min = res;\r
  69     max = res;\r
  70     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  71         == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  72     {\r
  73       PopupMenu pop = new PopupMenu();\r
  74       if (reveal != null)\r
  75       {\r
  76         MenuItem item = new MenuItem("Reveal");\r
  77         item.addActionListener(new ActionListener()\r
  78         {\r
  79           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  80           {\r
  81             av.showColumn(reveal[0]);\r
  82             reveal = null;\r
  83             ap.paintAlignment(true);\r
  84             if (ap.overviewPanel != null)\r
  85             {\r
  86               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  87             }\r
  88           }\r
  89         });\r
  90         pop.add(item);\r
  91 \r
  92         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
  93         {\r
  94           item = new MenuItem("Reveal All");\r
  95           item.addActionListener(new ActionListener()\r
  96           {\r
  97             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  98             {\r
  99               av.showAllHiddenColumns();\r
 100               reveal = null;\r
 101               ap.paintAlignment(true);\r
 102               if (ap.overviewPanel != null)\r
 103               {\r
 104                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 105               }\r
 106             }\r
 107           });\r
 108           pop.add(item);\r
 109         }\r
 110         this.add(pop);\r
 111         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 112       }\r
 113       else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 114       {\r
 115         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");\r
 116         item.addActionListener(new ActionListener()\r
 117         {\r
 118           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 119           {\r
 120             av.hideColumns(res, res);\r
 121             if (av.getSelectionGroup() != null\r
 122                 &&\r
 123                 av.getSelectionGroup().getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 124             {\r
 125               av.setSelectionGroup(null);\r
 126             }\r
 127 \r
 128             ap.paintAlignment(true);\r
 129             if (ap.overviewPanel != null)\r
 130             {\r
 131               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 132             }\r
 133           }\r
 134         });\r
 135         pop.add(item);\r
 136         this.add(pop);\r
 137         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 138       }\r
 139     }\r
 140     else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
 141     {\r
 142       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
 143       {\r
 144         av.getColumnSelection().clear();\r
 145       }\r
 146 \r
 147       av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 148       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 149       for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 150       {\r
 151         sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 152       }\r
 153 \r
 154       sg.setStartRes(res);\r
 155       sg.setEndRes(res);\r
 156       av.setSelectionGroup(sg);\r
 157 \r
 158       if (evt.isShiftDown())\r
 159       {\r
 160         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
 161         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
 162         for (int i = min; i < max; i++)\r
 163         {\r
 164           av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 165         }\r
 166         sg.setStartRes(min);\r
 167         sg.setEndRes(max);\r
 168       }\r
 169     }\r
 170 \r
 171     ap.paintAlignment(true);\r
 172   }\r
 173 \r
 174   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 175   {\r
 176     mouseDragging = false;\r
 177 \r
 178     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 179 \r
 180     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 181     {\r
 182       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 183     }\r
 184 \r
 185     if (av.hasHiddenColumns)\r
 186     {\r
 187       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     if (!stretchingGroup)\r
 191     {\r
 192       ap.paintAlignment(false);\r
 193 \r
 194       return;\r
 195     }\r
 196 \r
 197     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 198 \r
 199     if (res > sg.getStartRes())\r
 200     {\r
 201       sg.setEndRes(res);\r
 202     }\r
 203     else if (res < sg.getStartRes())\r
 204     {\r
 205       sg.setStartRes(res);\r
 206     }\r
 207 \r
 208     stretchingGroup = false;\r
 209     ap.paintAlignment(false);\r
 210   }\r
 211 \r
 212   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 213   {\r
 214     mouseDragging = true;\r
 215 \r
 216     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 217     if (res < 0)\r
 218     {\r
 219       res = 0;\r
 220     }\r
 221 \r
 222     if (av.hasHiddenColumns)\r
 223     {\r
 224       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 225     }\r
 226 \r
 227     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 228     {\r
 229       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 230     }\r
 231 \r
 232     if (res < min)\r
 233     {\r
 234       min = res;\r
 235     }\r
 236 \r
 237     if (res > max)\r
 238     {\r
 239       max = res;\r
 240     }\r
 241 \r
 242     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 243 \r
 244     if (sg != null)\r
 245     {\r
 246       stretchingGroup = true;\r
 247 \r
 248       if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 249       {\r
 250         av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 251       }\r
 252 \r
 253       if (res > sg.getStartRes())\r
 254       {\r
 255         sg.setEndRes(res);\r
 256       }\r
 257       if (res < sg.getStartRes())\r
 258       {\r
 259         sg.setStartRes(res);\r
 260       }\r
 261 \r
 262       int col;\r
 263       for (int i = min; i <= max; i++)\r
 264       {\r
 265         col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);\r
 266 \r
 267         if ( (col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))\r
 268         {\r
 269           av.getColumnSelection().removeElement(col);\r
 270         }\r
 271         else\r
 272         {\r
 273           av.getColumnSelection().addElement(col);\r
 274         }\r
 275       }\r
 276 \r
 277       ap.paintAlignment(false);\r
 278     }\r
 279   }\r
 280 \r
 281   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 282   {\r
 283     if (mouseDragging)\r
 284     {\r
 285       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 286     }\r
 287   }\r
 288 \r
 289   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 290   {\r
 291     if (mouseDragging)\r
 292     {\r
 293       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 294     }\r
 295   }\r
 296 \r
 297   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 298   {\r
 299 \r
 300   }\r
 301 \r
 302   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 303   {\r
 304     if (!av.hasHiddenColumns)\r
 305     {\r
 306       return;\r
 307     }\r
 308 \r
 309     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 310 \r
 311     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 312 \r
 313     reveal = null;\r
 314     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 315     {\r
 316       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().\r
 317           elementAt(i);\r
 318       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])\r
 319       {\r
 320         reveal = region;\r
 321         break;\r
 322       }\r
 323     }\r
 324 \r
 325     repaint();\r
 326   }\r
 327 \r
 328   public void update(Graphics g)\r
 329   {\r
 330     paint(g);\r
 331   }\r
 332 \r
 333   public void paint(Graphics g)\r
 334   {\r
 335     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,\r
 336               getSize().height);\r
 337   }\r
 338 \r
 339 // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 340   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,\r
 341                         int height)\r
 342   {\r
 343     gg.setFont(av.getFont());\r
 344 \r
 345     //Fill in the background\r
 346     gg.setColor(Color.white);\r
 347     gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 348     gg.setColor(Color.black);\r
 349 \r
 350     //Fill the selected columns\r
 351     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 352     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 353 \r
 354     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 355     {\r
 356       int sel = cs.columnAt(i);\r
 357       if (av.hasHiddenColumns)\r
 358       {\r
 359         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 360       }\r
 361 \r
 362       if ( (sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 363       {\r
 364         gg.fillRect( (sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 365                     getSize().height);\r
 366       }\r
 367     }\r
 368 \r
 369     // Draw the scale numbers\r
 370     gg.setColor(Color.black);\r
 371 \r
 372     int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 373 \r
 374     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 375     int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 376 \r
 377     if ( (scalestartx % 10) == 0)\r
 378     {\r
 379       scalestartx += 5;\r
 380     }\r
 381 \r
 382     String string;\r
 383     int maxX = 0;\r
 384 \r
 385     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 386     {\r
 387       if ( (i % 10) == 0)\r
 388       {\r
 389         string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(\r
 390             i));\r
 391         if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
 392         {\r
 393           gg.drawString(string,\r
 394                         (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 395           maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
 396         }\r
 397 \r
 398         gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 399                             (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 400                     (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 401                            (av.charWidth / 2)),\r
 402                     y + (fm.getDescent() * 2));\r
 403 \r
 404       }\r
 405       else\r
 406       {\r
 407         gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 408                             (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 409                     (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 410                            (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 411       }\r
 412     }\r
 413 \r
 414     if (av.hasHiddenColumns)\r
 415     {\r
 416       gg.setColor(Color.blue);\r
 417       int res;\r
 418       if (av.getShowHiddenMarkers())\r
 419       {\r
 420         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 421              i++)\r
 422         {\r
 423 \r
 424           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 425               startx;\r
 426 \r
 427           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)\r
 428           {\r
 429             continue;\r
 430           }\r
 431 \r
 432           gg.fillPolygon(new int[]\r
 433                          {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 434                          res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 435                          res * av.charWidth},\r
 436                          new int[]\r
 437                          {\r
 438                          y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
 439                          y + 8\r
 440           }, 3);\r
 441 \r
 442         }\r
 443       }\r
 444 \r
 445       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 446       {\r
 447         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 448       }\r
 449     }\r
 450 \r
 451   }\r
 452 \r
 453 }\r