Destroy Alignment when closing frame
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / ScalePanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 import java.awt.event.*;\r
24 \r
25 import jalview.datamodel.*;\r
26 \r
27 public class ScalePanel\r
28     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
29 {\r
30 \r
31   protected int offy = 4;\r
32   public int width;\r
33 \r
34   protected AlignViewport av;\r
35   AlignmentPanel ap;\r
36 \r
37   boolean stretchingGroup = false;\r
38   int min; //used by mouseDragged to see if user\r
39   int max; //used by mouseDragged to see if user\r
40   boolean mouseDragging = false;\r
41   int[] reveal;\r
42 \r
43   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
44   {\r
45     setLayout(null);\r
46     this.av = av;\r
47     this.ap = ap;\r
48 \r
49     addMouseListener(this);\r
50     addMouseMotionListener(this);\r
51 \r
52   }\r
53 \r
54   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
55   {\r
56     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
57     final int res;\r
58 \r
59     if (av.hasHiddenColumns)\r
60     {\r
61       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
62     }\r
63     else\r
64     {\r
65       res = x;\r
66     }\r
67 \r
68     min = res;\r
69     max = res;\r
70     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
71         == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
72     {\r
73       PopupMenu pop = new PopupMenu();\r
74       if (reveal != null)\r
75       {\r
76         MenuItem item = new MenuItem("Reveal");\r
77         item.addActionListener(new ActionListener()\r
78         {\r
79           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
80           {\r
81             av.showColumn(reveal[0]);\r
82             reveal = null;\r
83             ap.paintAlignment(true);\r
84             if (ap.overviewPanel != null)\r
85             {\r
86               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
87             }\r
88           }\r
89         });\r
90         pop.add(item);\r
91 \r
92         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
93         {\r
94           item = new MenuItem("Reveal All");\r
95           item.addActionListener(new ActionListener()\r
96           {\r
97             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
98             {\r
99               av.showAllHiddenColumns();\r
100               reveal = null;\r
101               ap.paintAlignment(true);\r
102               if (ap.overviewPanel != null)\r
103               {\r
104                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
105               }\r
106             }\r
107           });\r
108           pop.add(item);\r
109         }\r
110         this.add(pop);\r
111         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
112       }\r
113       else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
114       {\r
115         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");\r
116         item.addActionListener(new ActionListener()\r
117         {\r
118           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
119           {\r
120             av.hideColumns(res, res);\r
121             if (av.getSelectionGroup() != null\r
122                 &&\r
123                 av.getSelectionGroup().getSize() == av.alignment.getHeight())\r
124             {\r
125               av.setSelectionGroup(null);\r
126             }\r
127 \r
128             ap.paintAlignment(true);\r
129             if (ap.overviewPanel != null)\r
130             {\r
131               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
132             }\r
133           }\r
134         });\r
135         pop.add(item);\r
136         this.add(pop);\r
137         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
138       }\r
139     }\r
140     else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
141     {\r
142       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
143       {\r
144         av.getColumnSelection().clear();\r
145       }\r
146 \r
147       av.getColumnSelection().addElement(res);\r
148       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
149       for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
150       {\r
151         sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
152       }\r
153 \r
154       sg.setStartRes(res);\r
155       sg.setEndRes(res);\r
156       av.setSelectionGroup(sg);\r
157 \r
158       if (evt.isShiftDown())\r
159       {\r
160         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
161         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
162         for (int i = min; i < max; i++)\r
163         {\r
164           av.getColumnSelection().addElement(i);\r
165         }\r
166         sg.setStartRes(min);\r
167         sg.setEndRes(max);\r
168       }\r
169     }\r
170 \r
171     ap.paintAlignment(true);\r
172   }\r
173 \r
174   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
175   {\r
176     mouseDragging = false;\r
177 \r
178     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
179 \r
180     if (res > av.alignment.getWidth())\r
181     {\r
182       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
183     }\r
184 \r
185     if (av.hasHiddenColumns)\r
186     {\r
187       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
188     }\r
189 \r
190     if (!stretchingGroup)\r
191     {\r
192       ap.paintAlignment(true);\r
193 \r
194       return;\r
195     }\r
196 \r
197     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
198 \r
199     if (res > sg.getStartRes())\r
200     {\r
201       sg.setEndRes(res);\r
202     }\r
203     else if (res < sg.getStartRes())\r
204     {\r
205       sg.setStartRes(res);\r
206     }\r
207 \r
208     stretchingGroup = false;\r
209     ap.paintAlignment(true);\r
210   }\r
211 \r
212   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
213   {\r
214     mouseDragging = true;\r
215 \r
216     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
217     if (res < 0)\r
218     {\r
219       res = 0;\r
220     }\r
221 \r
222     if (av.hasHiddenColumns)\r
223     {\r
224       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
225     }\r
226 \r
227     if (res > av.alignment.getWidth())\r
228     {\r
229       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
230     }\r
231 \r
232     if (res < min)\r
233     {\r
234       min = res;\r
235     }\r
236 \r
237     if (res > max)\r
238     {\r
239       max = res;\r
240     }\r
241 \r
242     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
243 \r
244     if (sg != null)\r
245     {\r
246       stretchingGroup = true;\r
247 \r
248       if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
249       {\r
250         av.getColumnSelection().addElement(res);\r
251       }\r
252 \r
253       if (res > sg.getStartRes())\r
254       {\r
255         sg.setEndRes(res);\r
256       }\r
257       if (res < sg.getStartRes())\r
258       {\r
259         sg.setStartRes(res);\r
260       }\r
261 \r
262       for (int i = min; i <= max; i++)\r
263       {\r
264         if ( (i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
265         {\r
266           av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
267         }\r
268         else\r
269         {\r
270           av.getColumnSelection().addElement(i);\r
271         }\r
272       }\r
273 \r
274       ap.paintAlignment(true);\r
275     }\r
276   }\r
277 \r
278   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
279   {\r
280     if (mouseDragging)\r
281     {\r
282       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
283     }\r
284   }\r
285 \r
286   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
287   {\r
288     if (mouseDragging)\r
289     {\r
290       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
291     }\r
292   }\r
293 \r
294   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
295   {\r
296 \r
297   }\r
298 \r
299   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
300   {\r
301     if (!av.hasHiddenColumns)\r
302     {\r
303       return;\r
304     }\r
305 \r
306     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
307 \r
308     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
309 \r
310     reveal = null;\r
311     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
312     {\r
313       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().\r
314           elementAt(i);\r
315       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])\r
316       {\r
317         reveal = region;\r
318         break;\r
319       }\r
320     }\r
321 \r
322     repaint();\r
323   }\r
324 \r
325   public void update(Graphics g)\r
326   {\r
327     paint(g);\r
328   }\r
329 \r
330   public void paint(Graphics g)\r
331   {\r
332     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,\r
333               getSize().height);\r
334   }\r
335 \r
336 // scalewidth will normally be screenwidth,\r
337   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,\r
338                         int height)\r
339   {\r
340     gg.setFont(av.getFont());\r
341 \r
342     //Fill in the background\r
343     gg.setColor(Color.white);\r
344     gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
345     gg.setColor(Color.black);\r
346 \r
347     //Fill the selected columns\r
348     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
349     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
350 \r
351     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
352     {\r
353       int sel = cs.columnAt(i);\r
354       if (av.hasHiddenColumns)\r
355       {\r
356         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
357       }\r
358 \r
359       if ( (sel >= startx) && (sel <= endx))\r
360       {\r
361         gg.fillRect( (sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
362                     getSize().height);\r
363       }\r
364     }\r
365 \r
366     // Draw the scale numbers\r
367     gg.setColor(Color.black);\r
368 \r
369     int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
370 \r
371     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
372     int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
373 \r
374     if ( (scalestartx % 10) == 0)\r
375     {\r
376       scalestartx += 5;\r
377     }\r
378 \r
379     String string;\r
380     int maxX = 0;\r
381 \r
382     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
383     {\r
384       if ( (i % 10) == 0)\r
385       {\r
386         string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(\r
387             i));\r
388         if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
389         {\r
390           gg.drawString(string,\r
391                         (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
392           maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
393         }\r
394 \r
395         gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
396                             (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
397                     (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
398                            (av.charWidth / 2)),\r
399                     y + (fm.getDescent() * 2));\r
400 \r
401       }\r
402       else\r
403       {\r
404         gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
405                             (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
406                     (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
407                            (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
408       }\r
409     }\r
410 \r
411     if (av.hasHiddenColumns)\r
412     {\r
413       gg.setColor(Color.blue);\r
414       int res;\r
415       if (av.getShowHiddenMarkers())\r
416       {\r
417         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
418              i++)\r
419         {\r
420 \r
421           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
422               startx;\r
423 \r
424           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)\r
425           {\r
426             continue;\r
427           }\r
428 \r
429           gg.fillPolygon(new int[]\r
430                          {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
431                          res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
432                          res * av.charWidth},\r
433                          new int[]\r
434                          {\r
435                          y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
436                          y + 8\r
437           }, 3);\r
438 \r
439         }\r
440       }\r
441 \r
442       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
443       {\r
444         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
445       }\r
446     }\r
447 \r
448   }\r
449 \r
450 }\r