src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class ScalePanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  26         MouseListener
  27 {
  28
  29   protected int offy = 4;
  30
  31   public int width;
  32
  33   protected AlignViewport av;
  34
  35   AlignmentPanel ap;
  36
  37   boolean stretchingGroup = false;
  38
  39   int min; // used by mouseDragged to see if user
  40
  41   int max; // used by mouseDragged to see if user
  42
  43   boolean mouseDragging = false;
  44
  45   int[] reveal;
  46
  47   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  48   {
  49     setLayout(null);
  50     this.av = av;
  51     this.ap = ap;
  52
  53     addMouseListener(this);
  54     addMouseMotionListener(this);
  55
  56   }
  57
  58   public void mousePressed(MouseEvent evt)
  59   {
  60     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
  61     final int res;
  62
  63     if (av.hasHiddenColumns())
  64     {
  65       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
  66     }
  67     else
  68     {
  69       res = x;
  70     }
  71
  72     min = res;
  73     max = res;
  74     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
  75     {
  76       PopupMenu pop = new PopupMenu();
  77       if (reveal != null)
  78       {
  79         MenuItem item = new MenuItem("Reveal");
  80         item.addActionListener(new ActionListener()
  81         {
  82           public void actionPerformed(ActionEvent e)
  83           {
  84             av.showColumn(reveal[0]);
  85             reveal = null;
  86             ap.paintAlignment(true);
  87             if (ap.overviewPanel != null)
  88             {
  89               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
  90             }
  91           }
  92         });
  93         pop.add(item);
  94
  95         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)
  96         {
  97           item = new MenuItem("Reveal All");
  98           item.addActionListener(new ActionListener()
  99           {
 100             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 101             {
 102               av.showAllHiddenColumns();
 103               reveal = null;
 104               ap.paintAlignment(true);
 105               if (ap.overviewPanel != null)
 106               {
 107                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 108               }
 109             }
 110           });
 111           pop.add(item);
 112         }
 113         this.add(pop);
 114         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 115       }
 116       else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 117       {
 118         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");
 119         item.addActionListener(new ActionListener()
 120         {
 121           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 122           {
 123             av.hideColumns(res, res);
 124             if (av.getSelectionGroup() != null
 125                     && av.getSelectionGroup().getSize() == av
 126                             .getAlignment().getHeight())
 127             {
 128               av.setSelectionGroup(null);
 129             }
 130
 131             ap.paintAlignment(true);
 132             if (ap.overviewPanel != null)
 133             {
 134               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 135             }
 136           }
 137         });
 138         pop.add(item);
 139         this.add(pop);
 140         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 141       }
 142     }
 143     else
 144     // LEFT MOUSE TO SELECT
 145     {
 146       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())
 147       {
 148         av.getColumnSelection().clear();
 149       }
 150
 151       av.getColumnSelection().addElement(res);
 152       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 153       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getSequences().size(); i++)
 154       {
 155         sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 156       }
 157
 158       sg.setStartRes(res);
 159       sg.setEndRes(res);
 160       av.setSelectionGroup(sg);
 161
 162       if (evt.isShiftDown())
 163       {
 164         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 165         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 166         for (int i = min; i < max; i++)
 167         {
 168           av.getColumnSelection().addElement(i);
 169         }
 170         sg.setStartRes(min);
 171         sg.setEndRes(max);
 172       }
 173     }
 174
 175     ap.paintAlignment(true);
 176     av.sendSelection();
 177   }
 178
 179   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 180   {
 181     mouseDragging = false;
 182
 183     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 184
 185     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 186     {
 187       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 188     }
 189
 190     if (av.hasHiddenColumns())
 191     {
 192       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 193     }
 194
 195     if (!stretchingGroup)
 196     {
 197       ap.paintAlignment(false);
 198
 199       return;
 200     }
 201
 202     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 203
 204     if (res > sg.getStartRes())
 205     {
 206       sg.setEndRes(res);
 207     }
 208     else if (res < sg.getStartRes())
 209     {
 210       sg.setStartRes(res);
 211     }
 212
 213     stretchingGroup = false;
 214     ap.paintAlignment(false);
 215     av.sendSelection();
 216   }
 217
 218   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 219   {
 220     mouseDragging = true;
 221
 222     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 223     if (res < 0)
 224     {
 225       res = 0;
 226     }
 227
 228     if (av.hasHiddenColumns())
 229     {
 230       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 231     }
 232
 233     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 234     {
 235       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 236     }
 237
 238     if (res < min)
 239     {
 240       min = res;
 241     }
 242
 243     if (res > max)
 244     {
 245       max = res;
 246     }
 247
 248     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 249
 250     if (sg != null)
 251     {
 252       stretchingGroup = true;
 253
 254       if (!av.getColumnSelection().contains(res))
 255       {
 256         av.getColumnSelection().addElement(res);
 257       }
 258
 259       if (res > sg.getStartRes())
 260       {
 261         sg.setEndRes(res);
 262       }
 263       if (res < sg.getStartRes())
 264       {
 265         sg.setStartRes(res);
 266       }
 267
 268       int col;
 269       for (int i = min; i <= max; i++)
 270       {
 271         col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);
 272
 273         if ((col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))
 274         {
 275           av.getColumnSelection().removeElement(col);
 276         }
 277         else
 278         {
 279           av.getColumnSelection().addElement(col);
 280         }
 281       }
 282
 283       ap.paintAlignment(false);
 284     }
 285   }
 286
 287   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 288   {
 289     if (mouseDragging)
 290     {
 291       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);
 292     }
 293   }
 294
 295   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 296   {
 297     if (mouseDragging)
 298     {
 299       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);
 300     }
 301   }
 302
 303   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 304   {
 305
 306   }
 307
 308   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 309   {
 310     if (!av.hasHiddenColumns())
 311     {
 312       return;
 313     }
 314
 315     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 316
 317     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 318
 319     reveal = null;
 320     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 321     {
 322       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 323               .elementAt(i);
 324       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
 325       {
 326         reveal = region;
 327         break;
 328       }
 329     }
 330
 331     repaint();
 332   }
 333
 334   public void update(Graphics g)
 335   {
 336     paint(g);
 337   }
 338
 339   public void paint(Graphics g)
 340   {
 341     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,
 342             getSize().height);
 343   }
 344
 345   // scalewidth will normally be screenwidth,
 346   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,
 347           int height)
 348   {
 349     gg.setFont(av.getFont());
 350
 351     // Fill in the background
 352     gg.setColor(Color.white);
 353     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 354     gg.setColor(Color.black);
 355
 356     // Fill the selected columns
 357     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 358     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 359
 360     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
 361     {
 362       int sel = cs.columnAt(i);
 363       if (av.hasHiddenColumns())
 364       {
 365         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);
 366       }
 367
 368       if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 369       {
 370         gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,
 371                 getSize().height);
 372       }
 373     }
 374
 375     // Draw the scale numbers
 376     gg.setColor(Color.black);
 377
 378     int scalestartx = (startx / 10) * 10;
 379
 380     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 381     int y = av.charHeight - fm.getDescent();
 382
 383     if ((scalestartx % 10) == 0)
 384     {
 385       scalestartx += 5;
 386     }
 387
 388     String string;
 389     int maxX = 0;
 390
 391     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)
 392     {
 393       if ((i % 10) == 0)
 394       {
 395         string = String.valueOf(av.getColumnSelection()
 396                 .adjustForHiddenColumns(i));
 397         if ((i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)
 398         {
 399           gg.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth, y);
 400           maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);
 401         }
 402
 403         gg.drawLine(
 404                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 405                 y + 2,
 406                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 407                 y + (fm.getDescent() * 2));
 408
 409       }
 410       else
 411       {
 412         gg.drawLine(
 413                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 414                 y + fm.getDescent(),
 415                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 416                 y + (fm.getDescent() * 2));
 417       }
 418     }
 419
 420     if (av.hasHiddenColumns())
 421     {
 422       gg.setColor(Color.blue);
 423       int res;
 424       if (av.getShowHiddenMarkers())
 425       {
 426         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 427                 .size(); i++)
 428         {
 429
 430           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 431                   - startx;
 432
 433           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)
 434           {
 435             continue;
 436           }
 437
 438           gg.fillPolygon(new int[]
 439           { res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 440               res * av.charWidth + av.charHeight / 4, res * av.charWidth },
 441                   new int[]
 442                   { y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2, y + 8 },
 443                   3);
 444
 445         }
 446       }
 447
 448       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)
 449       {
 450         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);
 451       }
 452     }
 453
 454   }
 455
 456 }