elementAt instead of get for 1.1 compatibility
[jalview.git] / src / jalview / appletgui / ScalePanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 \r
20 package jalview.appletgui;\r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 import java.awt.event.*;\r
24 \r
25 import jalview.datamodel.*;\r
26 \r
27 public class ScalePanel\r
28     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
29 {\r
30 \r
31   protected int offy = 4;\r
32   public int width;\r
33 \r
34   protected AlignViewport av;\r
35   AlignmentPanel ap;\r
36 \r
37   boolean stretchingGroup = false;\r
38   int min; //used by mouseDragged to see if user\r
39   int max; //used by mouseDragged to see if user\r
40   boolean mouseDragging = false;\r
41   int [] reveal;\r
42 \r
43   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
44   {\r
45     setLayout(null);\r
46     this.av = av;\r
47     this.ap = ap;\r
48 \r
49     addMouseListener(this);\r
50     addMouseMotionListener(this);\r
51 \r
52   }\r
53 \r
54   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
55   {\r
56     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
57     final int res;\r
58 \r
59     if (av.hasHiddenColumns)\r
60       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
61     else\r
62       res = x;\r
63 \r
64     min = res;\r
65     max = res;\r
66     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
67         == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
68     {\r
69       PopupMenu pop = new PopupMenu();\r
70       if (reveal != null)\r
71       {\r
72         MenuItem item = new MenuItem("Reveal");\r
73         item.addActionListener(new ActionListener()\r
74         {\r
75           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
76           {\r
77             av.showColumn(reveal[0]);\r
78             reveal = null;\r
79             ap.repaint();\r
80             if (ap.overviewPanel != null)\r
81               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
82           }\r
83         });\r
84         pop.add(item);\r
85 \r
86         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
87         {\r
88           item = new MenuItem("Reveal All");\r
89           item.addActionListener(new ActionListener()\r
90           {\r
91             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
92             {\r
93               av.showAllHiddenColumns();\r
94               reveal = null;\r
95               ap.repaint();\r
96               if (ap.overviewPanel != null)\r
97                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
98             }\r
99           });\r
100           pop.add(item);\r
101         }\r
102         this.add(pop);\r
103         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
104       }\r
105       else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
106       {\r
107         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");\r
108         item.addActionListener(new ActionListener()\r
109         {\r
110           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
111           {\r
112             av.hideColumns(res, res);\r
113             ap.repaint();\r
114             if (ap.overviewPanel != null)\r
115               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
116           }\r
117         });\r
118         pop.add(item);\r
119         this.add(pop);\r
120         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
121       }\r
122     }\r
123     else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
124     {\r
125       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
126       {\r
127         av.getColumnSelection().clear();\r
128       }\r
129 \r
130       av.getColumnSelection().addElement(res);\r
131       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
132       for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
133       {\r
134         sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
135       }\r
136 \r
137       sg.setStartRes(res);\r
138       sg.setEndRes(res);\r
139       av.setSelectionGroup(sg);\r
140 \r
141       if(evt.isShiftDown())\r
142       {\r
143         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
144         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
145         for (int i = min; i<max; i++)\r
146         {\r
147             av.getColumnSelection().addElement(i);\r
148         }\r
149         sg.setStartRes(min);\r
150         sg.setEndRes(max);\r
151       }\r
152     }\r
153 \r
154     ap.repaint();\r
155   }\r
156 \r
157   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
158   {\r
159     mouseDragging = false;\r
160 \r
161     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
162 \r
163     if(res> av.alignment.getWidth())\r
164     {\r
165       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
166     }\r
167 \r
168     if(av.hasHiddenColumns)\r
169       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
170 \r
171     if (!stretchingGroup)\r
172     {\r
173         ap.repaint();\r
174 \r
175         return;\r
176     }\r
177 \r
178     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
179 \r
180     if (res > sg.getStartRes())\r
181     {\r
182         sg.setEndRes(res);\r
183     }\r
184     else if (res < sg.getStartRes())\r
185     {\r
186         sg.setStartRes(res);\r
187     }\r
188 \r
189     stretchingGroup = false;\r
190     ap.repaint();\r
191   }\r
192 \r
193   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
194   {\r
195     mouseDragging = true;\r
196 \r
197     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
198     if (res < 0)\r
199       res = 0;\r
200 \r
201     if (av.hasHiddenColumns)\r
202       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
203 \r
204     if (res > av.alignment.getWidth())\r
205     {\r
206       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
207     }\r
208 \r
209     if (res < min)\r
210     {\r
211       min = res;\r
212     }\r
213 \r
214     if (res > max)\r
215     {\r
216       max = res;\r
217     }\r
218 \r
219     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
220 \r
221     if (sg != null)\r
222     {\r
223       stretchingGroup = true;\r
224 \r
225       if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
226       {\r
227         av.getColumnSelection().addElement(res);\r
228       }\r
229 \r
230       if (res > sg.getStartRes())\r
231       {\r
232         sg.setEndRes(res);\r
233       }\r
234       if (res < sg.getStartRes())\r
235       {\r
236         sg.setStartRes(res);\r
237       }\r
238 \r
239       for (int i = min; i <= max; i++)\r
240       {\r
241         if ( (i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
242         {\r
243           av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
244         }\r
245         else\r
246         {\r
247           av.getColumnSelection().addElement(i);\r
248         }\r
249       }\r
250 \r
251       ap.repaint();\r
252     }\r
253   }\r
254 \r
255 \r
256   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
257   {\r
258     if (mouseDragging)\r
259       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
260   }\r
261 \r
262   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
263   {\r
264     if (mouseDragging)\r
265       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
266   }\r
267 \r
268   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
269   {\r
270 \r
271   }\r
272 \r
273   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
274   {\r
275     if (!av.hasHiddenColumns)\r
276       return;\r
277 \r
278     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
279 \r
280     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
281 \r
282     reveal = null;\r
283     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
284     {\r
285       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().\r
286           elementAt(i);\r
287       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])\r
288       {\r
289         reveal = region;\r
290         break;\r
291       }\r
292     }\r
293 \r
294     repaint();\r
295   }\r
296 \r
297   public void update(Graphics g)\r
298   {\r
299     paint(g);\r
300   }\r
301 \r
302   public void paint(Graphics g)\r
303   {\r
304     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,\r
305               getSize().height);\r
306   }\r
307 \r
308 // scalewidth will normally be screenwidth,\r
309   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,\r
310                         int height)\r
311   {\r
312     gg.setFont(av.getFont());\r
313 \r
314 \r
315     //Fill in the background\r
316     gg.setColor(Color.white);\r
317     gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
318     gg.setColor(Color.black);\r
319 \r
320     //Fill the selected columns\r
321     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
322     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
323 \r
324     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
325     {\r
326         int sel = cs.columnAt(i);\r
327         if(av.hasHiddenColumns)\r
328           sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
329 \r
330 \r
331         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
332         {\r
333             gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
334                 getSize().height);\r
335         }\r
336     }\r
337 \r
338     // Draw the scale numbers\r
339     gg.setColor(Color.black);\r
340 \r
341     int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
342 \r
343     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
344     int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
345 \r
346     if ((scalestartx % 10) == 0)\r
347     {\r
348         scalestartx += 5;\r
349     }\r
350 \r
351     String string;\r
352     int maxX=0;\r
353 \r
354     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
355     {\r
356         if ((i % 10) == 0)\r
357         {\r
358             string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
359             if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
360             {\r
361               gg.drawString(string,\r
362                             (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
363               maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
364             }\r
365 \r
366             gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
367                                 (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
368                         (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
369                                (av.charWidth / 2)),\r
370                         y + (fm.getDescent() * 2));\r
371 \r
372         }\r
373         else\r
374         {\r
375             gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
376                 (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
377                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
378                 (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
379         }\r
380     }\r
381 \r
382     if (av.hasHiddenColumns)\r
383     {\r
384       gg.setColor(Color.blue);\r
385       int res;\r
386       if(av.getShowHiddenMarkers())\r
387       {\r
388         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
389              i++)\r
390         {\r
391 \r
392           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
393               startx;\r
394 \r
395           if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
396             continue;\r
397 \r
398           gg.fillPolygon(new int[]\r
399                          {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
400                          res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
401                          res * av.charWidth},\r
402                          new int[]\r
403                          {\r
404                          y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
405                          y + 8\r
406           }, 3);\r
407 \r
408         }\r
409       }\r
410 \r
411       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
412       {\r
413         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
414       }\r
415     }\r
416 \r
417   }\r
418 \r
419 }\r