src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 public class ScalePanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  30         MouseListener
  31 {
  32
  33   protected int offy = 4;
  34
  35   public int width;
  36
  37   protected AlignViewport av;
  38
  39   AlignmentPanel ap;
  40
  41   boolean stretchingGroup = false;
  42
  43   int min; // used by mouseDragged to see if user
  44
  45   int max; // used by mouseDragged to see if user
  46
  47   boolean mouseDragging = false;
  48
  49   int[] reveal;
  50
  51   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  52   {
  53     setLayout(null);
  54     this.av = av;
  55     this.ap = ap;
  56
  57     addMouseListener(this);
  58     addMouseMotionListener(this);
  59
  60   }
  61
  62   public void mousePressed(MouseEvent evt)
  63   {
  64     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
  65     final int res;
  66
  67     if (av.hasHiddenColumns())
  68     {
  69       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
  70     }
  71     else
  72     {
  73       res = x;
  74     }
  75
  76     min = res;
  77     max = res;
  78     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
  79     {
  80       PopupMenu pop = new PopupMenu();
  81       if (reveal != null)
  82       {
  83         MenuItem item = new MenuItem(MessageManager.getString("label.reveal"));
  84         item.addActionListener(new ActionListener()
  85         {
  86           public void actionPerformed(ActionEvent e)
  87           {
  88             av.showColumn(reveal[0]);
  89             reveal = null;
  90             ap.paintAlignment(true);
  91             if (ap.overviewPanel != null)
  92             {
  93               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
  94             }
  95           }
  96         });
  97         pop.add(item);
  98
  99         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)
 100         {
 101           item = new MenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 102           item.addActionListener(new ActionListener()
 103           {
 104             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 105             {
 106               av.showAllHiddenColumns();
 107               reveal = null;
 108               ap.paintAlignment(true);
 109               if (ap.overviewPanel != null)
 110               {
 111                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 112               }
 113             }
 114           });
 115           pop.add(item);
 116         }
 117         this.add(pop);
 118         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 119       }
 120       else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 121       {
 122         MenuItem item = new MenuItem(MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 123         item.addActionListener(new ActionListener()
 124         {
 125           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 126           {
 127             av.hideColumns(res, res);
 128             if (av.getSelectionGroup() != null
 129                     && av.getSelectionGroup().getSize() == av
 130                             .getAlignment().getHeight())
 131             {
 132               av.setSelectionGroup(null);
 133             }
 134
 135             ap.paintAlignment(true);
 136             if (ap.overviewPanel != null)
 137             {
 138               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 139             }
 140           }
 141         });
 142         pop.add(item);
 143         this.add(pop);
 144         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 145       }
 146     }
 147     else
 148     // LEFT MOUSE TO SELECT
 149     {
 150       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())
 151       {
 152         av.getColumnSelection().clear();
 153       }
 154
 155       av.getColumnSelection().addElement(res);
 156       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 157       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getSequences().size(); i++)
 158       {
 159         sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 160       }
 161
 162       sg.setStartRes(res);
 163       sg.setEndRes(res);
 164       av.setSelectionGroup(sg);
 165
 166       if (evt.isShiftDown())
 167       {
 168         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 169         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 170         for (int i = min; i < max; i++)
 171         {
 172           av.getColumnSelection().addElement(i);
 173         }
 174         sg.setStartRes(min);
 175         sg.setEndRes(max);
 176       }
 177     }
 178
 179     ap.paintAlignment(true);
 180     av.sendSelection();
 181   }
 182
 183   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 184   {
 185     mouseDragging = false;
 186
 187     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 188
 189     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 190     {
 191       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 192     }
 193
 194     if (av.hasHiddenColumns())
 195     {
 196       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 197     }
 198
 199     if (!stretchingGroup)
 200     {
 201       ap.paintAlignment(false);
 202
 203       return;
 204     }
 205
 206     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 207
 208     if (res > sg.getStartRes())
 209     {
 210       sg.setEndRes(res);
 211     }
 212     else if (res < sg.getStartRes())
 213     {
 214       sg.setStartRes(res);
 215     }
 216
 217     stretchingGroup = false;
 218     ap.paintAlignment(false);
 219     av.sendSelection();
 220   }
 221
 222   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 223   {
 224     mouseDragging = true;
 225
 226     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 227     if (res < 0)
 228     {
 229       res = 0;
 230     }
 231
 232     if (av.hasHiddenColumns())
 233     {
 234       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 235     }
 236
 237     if (res > av.getAlignment().getWidth())
 238     {
 239       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 240     }
 241
 242     if (res < min)
 243     {
 244       min = res;
 245     }
 246
 247     if (res > max)
 248     {
 249       max = res;
 250     }
 251
 252     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 253
 254     if (sg != null)
 255     {
 256       stretchingGroup = true;
 257
 258       if (!av.getColumnSelection().contains(res))
 259       {
 260         av.getColumnSelection().addElement(res);
 261       }
 262
 263       if (res > sg.getStartRes())
 264       {
 265         sg.setEndRes(res);
 266       }
 267       if (res < sg.getStartRes())
 268       {
 269         sg.setStartRes(res);
 270       }
 271
 272       int col;
 273       for (int i = min; i <= max; i++)
 274       {
 275         col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);
 276
 277         if ((col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))
 278         {
 279           av.getColumnSelection().removeElement(col);
 280         }
 281         else
 282         {
 283           av.getColumnSelection().addElement(col);
 284         }
 285       }
 286
 287       ap.paintAlignment(false);
 288     }
 289   }
 290
 291   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 292   {
 293     if (mouseDragging)
 294     {
 295       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);
 296     }
 297   }
 298
 299   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 300   {
 301     if (mouseDragging)
 302     {
 303       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);
 304     }
 305   }
 306
 307   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 308   {
 309
 310   }
 311
 312   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 313   {
 314     if (!av.hasHiddenColumns())
 315     {
 316       return;
 317     }
 318
 319     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 320
 321     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 322
 323     reveal = null;
 324     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 325     {
 326       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 327               .elementAt(i);
 328       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
 329       {
 330         reveal = region;
 331         break;
 332       }
 333     }
 334
 335     repaint();
 336   }
 337
 338   public void update(Graphics g)
 339   {
 340     paint(g);
 341   }
 342
 343   public void paint(Graphics g)
 344   {
 345     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,
 346             getSize().height);
 347   }
 348
 349   // scalewidth will normally be screenwidth,
 350   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,
 351           int height)
 352   {
 353     gg.setFont(av.getFont());
 354
 355     // Fill in the background
 356     gg.setColor(Color.white);
 357     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 358     gg.setColor(Color.black);
 359
 360     // Fill the selected columns
 361     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 362     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 363
 364     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)
 365     {
 366       int sel = cs.columnAt(i);
 367       if (av.hasHiddenColumns())
 368       {
 369         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);
 370       }
 371
 372       if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 373       {
 374         gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,
 375                 getSize().height);
 376       }
 377     }
 378
 379     // Draw the scale numbers
 380     gg.setColor(Color.black);
 381
 382     int scalestartx = (startx / 10) * 10;
 383
 384     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 385     int y = av.charHeight - fm.getDescent();
 386
 387     if ((scalestartx % 10) == 0)
 388     {
 389       scalestartx += 5;
 390     }
 391
 392     String string;
 393     int maxX = 0;
 394
 395     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)
 396     {
 397       if ((i % 10) == 0)
 398       {
 399         string = String.valueOf(av.getColumnSelection()
 400                 .adjustForHiddenColumns(i));
 401         if ((i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)
 402         {
 403           gg.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth, y);
 404           maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);
 405         }
 406
 407         gg.drawLine(
 408                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 409                 y + 2,
 410                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 411                 y + (fm.getDescent() * 2));
 412
 413       }
 414       else
 415       {
 416         gg.drawLine(
 417                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 418                 y + fm.getDescent(),
 419                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2)),
 420                 y + (fm.getDescent() * 2));
 421       }
 422     }
 423
 424     if (av.hasHiddenColumns())
 425     {
 426       gg.setColor(Color.blue);
 427       int res;
 428       if (av.getShowHiddenMarkers())
 429       {
 430         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 431                 .size(); i++)
 432         {
 433
 434           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 435                   - startx;
 436
 437           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)
 438           {
 439             continue;
 440           }
 441
 442           gg.fillPolygon(new int[]
 443           { res * av.charWidth - av.charHeight / 4,
 444               res * av.charWidth + av.charHeight / 4, res * av.charWidth },
 445                   new int[]
 446                   { y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2, y + 8 },
 447                   3);
 448
 449         }
 450       }
 451
 452       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)
 453       {
 454         gg.drawString(MessageManager.getString("label.reveal_columns"), reveal[0] * av.charWidth, 0);
 455       }
 456     }
 457
 458   }
 459
 460 }