src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class ScalePanel\r
  28     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected int offy = 4;\r
  32   public int width;\r
  33 \r
  34   protected AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   boolean stretchingGroup = false;\r
  38   int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  39   int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  40   boolean mouseDragging = false;\r
  41   int [] reveal;\r
  42 \r
  43   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  44   {\r
  45     setLayout(null);\r
  46     this.av = av;\r
  47     this.ap = ap;\r
  48 \r
  49     addMouseListener(this);\r
  50     addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  55   {\r
  56     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  57     final int res;\r
  58 \r
  59     if (av.hasHiddenColumns)\r
  60       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  61     else\r
  62       res = x;\r
  63 \r
  64     min = res;\r
  65     max = res;\r
  66     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  67         == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  68     {\r
  69       PopupMenu pop = new PopupMenu();\r
  70       if (reveal != null)\r
  71       {\r
  72         MenuItem item = new MenuItem("Reveal");\r
  73         item.addActionListener(new ActionListener()\r
  74         {\r
  75           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  76           {\r
  77             av.showColumn(reveal[0]);\r
  78             reveal = null;\r
  79             ap.repaint();\r
  80             if (ap.overviewPanel != null)\r
  81               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  82           }\r
  83         });\r
  84         pop.add(item);\r
  85 \r
  86         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
  87         {\r
  88           item = new MenuItem("Reveal All");\r
  89           item.addActionListener(new ActionListener()\r
  90           {\r
  91             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  92             {\r
  93               av.showAllHiddenColumns();\r
  94               reveal = null;\r
  95               ap.repaint();\r
  96               if (ap.overviewPanel != null)\r
  97                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  98             }\r
  99           });\r
 100           pop.add(item);\r
 101         }\r
 102         this.add(pop);\r
 103         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 104       }\r
 105       else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 106       {\r
 107         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");\r
 108         item.addActionListener(new ActionListener()\r
 109         {\r
 110           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 111           {\r
 112             av.hideColumns(res, res);\r
 113             ap.repaint();\r
 114             if (ap.overviewPanel != null)\r
 115               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 116           }\r
 117         });\r
 118         pop.add(item);\r
 119         this.add(pop);\r
 120         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 121       }\r
 122     }\r
 123     else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
 124     {\r
 125       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
 126       {\r
 127         av.getColumnSelection().clear();\r
 128       }\r
 129 \r
 130       av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 131       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 132       for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 133       {\r
 134         sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 135       }\r
 136 \r
 137       sg.setStartRes(res);\r
 138       sg.setEndRes(res);\r
 139       av.setSelectionGroup(sg);\r
 140 \r
 141       if(evt.isShiftDown())\r
 142       {\r
 143         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
 144         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
 145         for (int i = min; i<max; i++)\r
 146         {\r
 147             av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 148         }\r
 149         sg.setStartRes(min);\r
 150         sg.setEndRes(max);\r
 151       }\r
 152     }\r
 153 \r
 154     ap.repaint();\r
 155   }\r
 156 \r
 157   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 158   {\r
 159     mouseDragging = false;\r
 160 \r
 161     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 162 \r
 163     if(res> av.alignment.getWidth())\r
 164     {\r
 165       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 166     }\r
 167 \r
 168     if(av.hasHiddenColumns)\r
 169       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 170 \r
 171     if (!stretchingGroup)\r
 172     {\r
 173         ap.repaint();\r
 174 \r
 175         return;\r
 176     }\r
 177 \r
 178     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 179 \r
 180     if (res > sg.getStartRes())\r
 181     {\r
 182         sg.setEndRes(res);\r
 183     }\r
 184     else if (res < sg.getStartRes())\r
 185     {\r
 186         sg.setStartRes(res);\r
 187     }\r
 188 \r
 189     stretchingGroup = false;\r
 190     ap.repaint();\r
 191   }\r
 192 \r
 193   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 194   {\r
 195     mouseDragging = true;\r
 196 \r
 197     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 198     if (res < 0)\r
 199       res = 0;\r
 200 \r
 201     if (av.hasHiddenColumns)\r
 202       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 203 \r
 204     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 205     {\r
 206       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 207     }\r
 208 \r
 209     if (res < min)\r
 210     {\r
 211       min = res;\r
 212     }\r
 213 \r
 214     if (res > max)\r
 215     {\r
 216       max = res;\r
 217     }\r
 218 \r
 219     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 220 \r
 221     if (sg != null)\r
 222     {\r
 223       stretchingGroup = true;\r
 224 \r
 225       if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 226       {\r
 227         av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 228       }\r
 229 \r
 230       if (res > sg.getStartRes())\r
 231       {\r
 232         sg.setEndRes(res);\r
 233       }\r
 234       if (res < sg.getStartRes())\r
 235       {\r
 236         sg.setStartRes(res);\r
 237       }\r
 238 \r
 239       for (int i = min; i <= max; i++)\r
 240       {\r
 241         if ( (i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 242         {\r
 243           av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 244         }\r
 245         else\r
 246         {\r
 247           av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 248         }\r
 249       }\r
 250 \r
 251       ap.repaint();\r
 252     }\r
 253   }\r
 254 \r
 255 \r
 256   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 257   {\r
 258     if (mouseDragging)\r
 259       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 260   }\r
 261 \r
 262   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 263   {\r
 264     if (mouseDragging)\r
 265       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 269   {\r
 270 \r
 271   }\r
 272 \r
 273   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 274   {\r
 275     if (!av.hasHiddenColumns)\r
 276       return;\r
 277 \r
 278     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 279 \r
 280     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 281 \r
 282     reveal = null;\r
 283     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 284     {\r
 285       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().\r
 286           elementAt(i);\r
 287       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])\r
 288       {\r
 289         reveal = region;\r
 290         break;\r
 291       }\r
 292     }\r
 293 \r
 294     repaint();\r
 295   }\r
 296 \r
 297   public void update(Graphics g)\r
 298   {\r
 299     paint(g);\r
 300   }\r
 301 \r
 302   public void paint(Graphics g)\r
 303   {\r
 304     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,\r
 305               getSize().height);\r
 306   }\r
 307 \r
 308 // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 309   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,\r
 310                         int height)\r
 311   {\r
 312     gg.setFont(av.getFont());\r
 313 \r
 314 \r
 315     //Fill in the background\r
 316     gg.setColor(Color.white);\r
 317     gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 318     gg.setColor(Color.black);\r
 319 \r
 320     //Fill the selected columns\r
 321     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 322     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 323 \r
 324     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 325     {\r
 326         int sel = cs.columnAt(i);\r
 327         if(av.hasHiddenColumns)\r
 328           sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 329 \r
 330 \r
 331         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 332         {\r
 333             gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 334                 getSize().height);\r
 335         }\r
 336     }\r
 337 \r
 338     // Draw the scale numbers\r
 339     gg.setColor(Color.black);\r
 340 \r
 341     int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 342 \r
 343     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 344     int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 345 \r
 346     if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 347     {\r
 348         scalestartx += 5;\r
 349     }\r
 350 \r
 351     String string;\r
 352     int maxX=0;\r
 353 \r
 354     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 355     {\r
 356         if ((i % 10) == 0)\r
 357         {\r
 358             string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
 359             if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
 360             {\r
 361               gg.drawString(string,\r
 362                             (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 363               maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
 364             }\r
 365 \r
 366             gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 367                                 (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 368                         (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 369                                (av.charWidth / 2)),\r
 370                         y + (fm.getDescent() * 2));\r
 371 \r
 372         }\r
 373         else\r
 374         {\r
 375             gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 376                 (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 377                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 378                 (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 379         }\r
 380     }\r
 381 \r
 382     if (av.hasHiddenColumns)\r
 383     {\r
 384       gg.setColor(Color.blue);\r
 385       int res;\r
 386       if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 387       {\r
 388         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 389              i++)\r
 390         {\r
 391 \r
 392           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 393               startx;\r
 394 \r
 395           if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
 396             continue;\r
 397 \r
 398           gg.fillPolygon(new int[]\r
 399                          {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 400                          res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 401                          res * av.charWidth},\r
 402                          new int[]\r
 403                          {\r
 404                          y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
 405                          y + 8\r
 406           }, 3);\r
 407 \r
 408         }\r
 409       }\r
 410 \r
 411       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 412       {\r
 413         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 414       }\r
 415     }\r
 416 \r
 417   }\r
 418 \r
 419 }\r