src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class ScalePanel\r
  28     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected int offy = 4;\r
  32   public int width;\r
  33 \r
  34   protected AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   boolean stretchingGroup = false;\r
  38   int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  39   int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  40   boolean mouseDragging = false;\r
  41   int [] reveal;\r
  42 \r
  43   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  44   {\r
  45     setLayout(null);\r
  46     this.av = av;\r
  47     this.ap = ap;\r
  48 \r
  49     addMouseListener(this);\r
  50     addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  55   {\r
  56     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  57     final int res;\r
  58 \r
  59     if (av.hasHiddenColumns)\r
  60       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  61     else\r
  62       res = x;\r
  63 \r
  64     min = res;\r
  65     max = res;\r
  66     if (reveal != null\r
  67         && (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  68         == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  69     {\r
  70 \r
  71       MenuItem item = new MenuItem("Reveal");\r
  72       item.addActionListener(new ActionListener()\r
  73       {\r
  74         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  75         {\r
  76           av.showColumn(reveal[0]);\r
  77           reveal = null;\r
  78           ap.repaint();\r
  79           if (ap.overviewPanel != null)\r
  80             ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  81         }\r
  82       });\r
  83       PopupMenu pop = new PopupMenu();\r
  84       pop.add(item);\r
  85 \r
  86       if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
  87       {\r
  88         item = new MenuItem("Reveal All");\r
  89         item.addActionListener(new ActionListener()\r
  90         {\r
  91           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  92           {\r
  93             av.showAllHiddenColumns();\r
  94             reveal = null;\r
  95             ap.repaint();\r
  96             if (ap.overviewPanel != null)\r
  97               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  98           }\r
  99         });\r
 100         pop.add(item);\r
 101       }\r
 102 \r
 103       this.add(pop);\r
 104       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 105 \r
 106     }\r
 107     else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 108     {\r
 109       if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 110           == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 111       {\r
 112         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");\r
 113         item.addActionListener(new ActionListener()\r
 114         {\r
 115           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 116           {\r
 117             av.hideColumns(res, res);\r
 118             ap.repaint();\r
 119             if (ap.overviewPanel != null)\r
 120               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 121           }\r
 122         });\r
 123         PopupMenu pop = new PopupMenu();\r
 124         pop.add(item);\r
 125         this.add(pop);\r
 126         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 127       }\r
 128       else\r
 129       {\r
 130         av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
 131         av.setSelectionGroup(null);\r
 132       }\r
 133     }\r
 134     else\r
 135     {\r
 136       av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 137       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 138 \r
 139       for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 140       {\r
 141         sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 142       }\r
 143 \r
 144       sg.setStartRes(res);\r
 145       sg.setEndRes(res);\r
 146       av.setSelectionGroup(sg);\r
 147     }\r
 148     ap.repaint();\r
 149   }\r
 150 \r
 151   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 152   {\r
 153     mouseDragging = false;\r
 154 \r
 155     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 156 \r
 157     if(res> av.alignment.getWidth())\r
 158     {\r
 159       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 160     }\r
 161 \r
 162     if(av.hasHiddenColumns)\r
 163       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 164 \r
 165     if (!stretchingGroup)\r
 166     {\r
 167         ap.repaint();\r
 168 \r
 169         return;\r
 170     }\r
 171 \r
 172     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 173 \r
 174     if (res > sg.getStartRes())\r
 175     {\r
 176         sg.setEndRes(res);\r
 177     }\r
 178     else if (res < sg.getStartRes())\r
 179     {\r
 180         sg.setStartRes(res);\r
 181     }\r
 182 \r
 183     stretchingGroup = false;\r
 184     ap.repaint();\r
 185   }\r
 186 \r
 187   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 188   {\r
 189     mouseDragging = true;\r
 190 \r
 191     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 192     if (res < 0)\r
 193       res = 0;\r
 194 \r
 195     if (av.hasHiddenColumns)\r
 196       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 197 \r
 198     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 199     {\r
 200       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 201     }\r
 202 \r
 203     if (res < min)\r
 204     {\r
 205       min = res;\r
 206     }\r
 207 \r
 208     if (res > max)\r
 209     {\r
 210       max = res;\r
 211     }\r
 212 \r
 213     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 214 \r
 215     if (sg != null)\r
 216     {\r
 217       stretchingGroup = true;\r
 218 \r
 219       if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 220       {\r
 221         av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 222       }\r
 223 \r
 224       if (res > sg.getStartRes())\r
 225       {\r
 226         sg.setEndRes(res);\r
 227       }\r
 228       if (res < sg.getStartRes())\r
 229       {\r
 230         sg.setStartRes(res);\r
 231       }\r
 232 \r
 233       for (int i = min; i <= max; i++)\r
 234       {\r
 235         if ( (i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 236         {\r
 237           av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 238         }\r
 239         else\r
 240         {\r
 241           av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 242         }\r
 243       }\r
 244 \r
 245       ap.repaint();\r
 246     }\r
 247   }\r
 248 \r
 249 \r
 250   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 251   {\r
 252     if (mouseDragging)\r
 253       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 254   }\r
 255 \r
 256   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 257   {\r
 258     if (mouseDragging)\r
 259       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 260   }\r
 261 \r
 262   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 263   {\r
 264 \r
 265   }\r
 266 \r
 267   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 268   {\r
 269     if (!av.hasHiddenColumns)\r
 270       return;\r
 271 \r
 272     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 273 \r
 274     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 275 \r
 276     reveal = null;\r
 277     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 278     {\r
 279       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().\r
 280           elementAt(i);\r
 281       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])\r
 282       {\r
 283         reveal = region;\r
 284         break;\r
 285       }\r
 286     }\r
 287 \r
 288     repaint();\r
 289   }\r
 290 \r
 291   public void update(Graphics g)\r
 292   {\r
 293     paint(g);\r
 294   }\r
 295 \r
 296   public void paint(Graphics g)\r
 297   {\r
 298     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,\r
 299               getSize().height);\r
 300   }\r
 301 \r
 302 // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 303   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,\r
 304                         int height)\r
 305   {\r
 306     gg.setFont(av.getFont());\r
 307 \r
 308 \r
 309     //Fill in the background\r
 310     gg.setColor(Color.white);\r
 311     gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 312     gg.setColor(Color.black);\r
 313 \r
 314     //Fill the selected columns\r
 315     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 316     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 317 \r
 318     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 319     {\r
 320         int sel = cs.columnAt(i);\r
 321         if(av.hasHiddenColumns)\r
 322           sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 323 \r
 324 \r
 325         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 326         {\r
 327             gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 328                 getSize().height);\r
 329         }\r
 330     }\r
 331 \r
 332     // Draw the scale numbers\r
 333     gg.setColor(Color.black);\r
 334 \r
 335     int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 336 \r
 337     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 338     int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 339 \r
 340     if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 341     {\r
 342         scalestartx += 5;\r
 343     }\r
 344 \r
 345     String string;\r
 346     int maxX=0;\r
 347 \r
 348     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 349     {\r
 350         if ((i % 10) == 0)\r
 351         {\r
 352             string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
 353             if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
 354             {\r
 355               gg.drawString(string,\r
 356                             (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 357               maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
 358             }\r
 359 \r
 360             gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 361                                 (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 362                         (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 363                                (av.charWidth / 2)),\r
 364                         y + (fm.getDescent() * 2));\r
 365 \r
 366         }\r
 367         else\r
 368         {\r
 369             gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 370                 (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 371                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 372                 (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 373         }\r
 374     }\r
 375 \r
 376     if (av.hasHiddenColumns)\r
 377     {\r
 378       gg.setColor(Color.blue);\r
 379       int res;\r
 380       if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 381       {\r
 382         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 383              i++)\r
 384         {\r
 385 \r
 386           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 387               startx;\r
 388 \r
 389           if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
 390             continue;\r
 391 \r
 392           gg.fillPolygon(new int[]\r
 393                          {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 394                          res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 395                          res * av.charWidth},\r
 396                          new int[]\r
 397                          {\r
 398                          y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
 399                          y + 8\r
 400           }, 3);\r
 401 \r
 402         }\r
 403       }\r
 404 \r
 405       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 406       {\r
 407         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 408       }\r
 409     }\r
 410 \r
 411   }\r
 412 \r
 413 }\r