src/jalview/appletgui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class ScalePanel\r
  28     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected int offy = 4;\r
  32   public int width;\r
  33 \r
  34   protected AlignViewport av;\r
  35   AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   boolean stretchingGroup = false;\r
  38   int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  39   int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  40   boolean mouseDragging = false;\r
  41   int [] reveal;\r
  42 \r
  43   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  44   {\r
  45     setLayout(null);\r
  46     this.av = av;\r
  47     this.ap = ap;\r
  48 \r
  49     addMouseListener(this);\r
  50     addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  55   {\r
  56     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  57     final int res;\r
  58 \r
  59     if (av.hasHiddenColumns)\r
  60       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  61     else\r
  62       res = x;\r
  63 \r
  64     min = res;\r
  65     max = res;\r
  66     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  67         == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
  68     {\r
  69       PopupMenu pop = new PopupMenu();\r
  70       if (reveal != null)\r
  71       {\r
  72         MenuItem item = new MenuItem("Reveal");\r
  73         item.addActionListener(new ActionListener()\r
  74         {\r
  75           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  76           {\r
  77             av.showColumn(reveal[0]);\r
  78             reveal = null;\r
  79             ap.repaint();\r
  80             if (ap.overviewPanel != null)\r
  81               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  82           }\r
  83         });\r
  84         pop.add(item);\r
  85 \r
  86         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
  87         {\r
  88           item = new MenuItem("Reveal All");\r
  89           item.addActionListener(new ActionListener()\r
  90           {\r
  91             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  92             {\r
  93               av.showAllHiddenColumns();\r
  94               reveal = null;\r
  95               ap.repaint();\r
  96               if (ap.overviewPanel != null)\r
  97                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  98             }\r
  99           });\r
 100           pop.add(item);\r
 101         }\r
 102         this.add(pop);\r
 103         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 104       }\r
 105       else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 106       {\r
 107         MenuItem item = new MenuItem("Hide Columns");\r
 108         item.addActionListener(new ActionListener()\r
 109         {\r
 110           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 111           {\r
 112             av.hideColumns(res, res);\r
 113             if (av.getSelectionGroup() != null\r
 114                 &&\r
 115                 av.getSelectionGroup().getSize(false) == av.alignment.getHeight())\r
 116               av.setSelectionGroup(null);\r
 117 \r
 118             ap.repaint();\r
 119             if (ap.overviewPanel != null)\r
 120               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 121           }\r
 122         });\r
 123         pop.add(item);\r
 124         this.add(pop);\r
 125         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 126       }\r
 127     }\r
 128     else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
 129     {\r
 130       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
 131       {\r
 132         av.getColumnSelection().clear();\r
 133       }\r
 134 \r
 135       av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 136       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 137       for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 138       {\r
 139         sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 140       }\r
 141 \r
 142       sg.setStartRes(res);\r
 143       sg.setEndRes(res);\r
 144       av.setSelectionGroup(sg);\r
 145 \r
 146       if(evt.isShiftDown())\r
 147       {\r
 148         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
 149         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
 150         for (int i = min; i<max; i++)\r
 151         {\r
 152             av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 153         }\r
 154         sg.setStartRes(min);\r
 155         sg.setEndRes(max);\r
 156       }\r
 157     }\r
 158 \r
 159     ap.repaint();\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 163   {\r
 164     mouseDragging = false;\r
 165 \r
 166     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 167 \r
 168     if(res> av.alignment.getWidth())\r
 169     {\r
 170       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 171     }\r
 172 \r
 173     if(av.hasHiddenColumns)\r
 174       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 175 \r
 176     if (!stretchingGroup)\r
 177     {\r
 178         ap.repaint();\r
 179 \r
 180         return;\r
 181     }\r
 182 \r
 183     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 184 \r
 185     if (res > sg.getStartRes())\r
 186     {\r
 187         sg.setEndRes(res);\r
 188     }\r
 189     else if (res < sg.getStartRes())\r
 190     {\r
 191         sg.setStartRes(res);\r
 192     }\r
 193 \r
 194     stretchingGroup = false;\r
 195     ap.repaint();\r
 196   }\r
 197 \r
 198   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 199   {\r
 200     mouseDragging = true;\r
 201 \r
 202     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 203     if (res < 0)\r
 204       res = 0;\r
 205 \r
 206     if (av.hasHiddenColumns)\r
 207       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 208 \r
 209     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 210     {\r
 211       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 212     }\r
 213 \r
 214     if (res < min)\r
 215     {\r
 216       min = res;\r
 217     }\r
 218 \r
 219     if (res > max)\r
 220     {\r
 221       max = res;\r
 222     }\r
 223 \r
 224     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 225 \r
 226     if (sg != null)\r
 227     {\r
 228       stretchingGroup = true;\r
 229 \r
 230       if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 231       {\r
 232         av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 233       }\r
 234 \r
 235       if (res > sg.getStartRes())\r
 236       {\r
 237         sg.setEndRes(res);\r
 238       }\r
 239       if (res < sg.getStartRes())\r
 240       {\r
 241         sg.setStartRes(res);\r
 242       }\r
 243 \r
 244       for (int i = min; i <= max; i++)\r
 245       {\r
 246         if ( (i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 247         {\r
 248           av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 249         }\r
 250         else\r
 251         {\r
 252           av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 253         }\r
 254       }\r
 255 \r
 256       ap.repaint();\r
 257     }\r
 258   }\r
 259 \r
 260 \r
 261   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 262   {\r
 263     if (mouseDragging)\r
 264       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 268   {\r
 269     if (mouseDragging)\r
 270       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 271   }\r
 272 \r
 273   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 274   {\r
 275 \r
 276   }\r
 277 \r
 278   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 279   {\r
 280     if (!av.hasHiddenColumns)\r
 281       return;\r
 282 \r
 283     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 284 \r
 285     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 286 \r
 287     reveal = null;\r
 288     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 289     {\r
 290       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().\r
 291           elementAt(i);\r
 292       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])\r
 293       {\r
 294         reveal = region;\r
 295         break;\r
 296       }\r
 297     }\r
 298 \r
 299     repaint();\r
 300   }\r
 301 \r
 302   public void update(Graphics g)\r
 303   {\r
 304     paint(g);\r
 305   }\r
 306 \r
 307   public void paint(Graphics g)\r
 308   {\r
 309     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getSize().width,\r
 310               getSize().height);\r
 311   }\r
 312 \r
 313 // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 314   public void drawScale(Graphics gg, int startx, int endx, int width,\r
 315                         int height)\r
 316   {\r
 317     gg.setFont(av.getFont());\r
 318 \r
 319 \r
 320     //Fill in the background\r
 321     gg.setColor(Color.white);\r
 322     gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 323     gg.setColor(Color.black);\r
 324 \r
 325     //Fill the selected columns\r
 326     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 327     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 328 \r
 329     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 330     {\r
 331         int sel = cs.columnAt(i);\r
 332         if(av.hasHiddenColumns)\r
 333           sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 334 \r
 335 \r
 336         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 337         {\r
 338             gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 339                 getSize().height);\r
 340         }\r
 341     }\r
 342 \r
 343     // Draw the scale numbers\r
 344     gg.setColor(Color.black);\r
 345 \r
 346     int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 347 \r
 348     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 349     int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 350 \r
 351     if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 352     {\r
 353         scalestartx += 5;\r
 354     }\r
 355 \r
 356     String string;\r
 357     int maxX=0;\r
 358 \r
 359     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 360     {\r
 361         if ((i % 10) == 0)\r
 362         {\r
 363             string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
 364             if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
 365             {\r
 366               gg.drawString(string,\r
 367                             (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 368               maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
 369             }\r
 370 \r
 371             gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 372                                 (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 373                         (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 374                                (av.charWidth / 2)),\r
 375                         y + (fm.getDescent() * 2));\r
 376 \r
 377         }\r
 378         else\r
 379         {\r
 380             gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 381                 (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 382                 (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 383                 (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 384         }\r
 385     }\r
 386 \r
 387     if (av.hasHiddenColumns)\r
 388     {\r
 389       gg.setColor(Color.blue);\r
 390       int res;\r
 391       if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 392       {\r
 393         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 394              i++)\r
 395         {\r
 396 \r
 397           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 398               startx;\r
 399 \r
 400           if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
 401             continue;\r
 402 \r
 403           gg.fillPolygon(new int[]\r
 404                          {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 405                          res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 406                          res * av.charWidth},\r
 407                          new int[]\r
 408                          {\r
 409                          y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
 410                          y + 8\r
 411           }, 3);\r
 412 \r
 413         }\r
 414       }\r
 415 \r
 416       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 417       {\r
 418         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 419       }\r
 420     }\r
 421 \r
 422   }\r
 423 \r
 424 }\r