src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.Comparison;
  28 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.FontMetrics;
  32 import java.awt.Graphics;
  33 import java.awt.Image;
  34 import java.awt.Panel;
  35
  36 public class SeqCanvas extends Panel
  37 {
  38   FeatureRenderer fr;
  39
  40   SequenceRenderer sr;
  41
  42   Image img;
  43
  44   Graphics gg;
  45
  46   int imgWidth;
  47
  48   int imgHeight;
  49
  50   AlignViewport av;
  51
  52   SearchResults searchResults = null;
  53
  54   boolean fastPaint = false;
  55
  56   int cursorX = 0;
  57
  58   int cursorY = 0;
  59
  60   public SeqCanvas(AlignViewport av)
  61   {
  62     this.av = av;
  63     fr = new FeatureRenderer(av);
  64     sr = new SequenceRenderer(av);
  65     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  66     updateViewport();
  67   }
  68
  69   int avcharHeight = 0, avcharWidth = 0;
  70
  71   private void updateViewport()
  72   {
  73     avcharHeight = av.getCharHeight();
  74     avcharWidth = av.getCharWidth();
  75   }
  76
  77   public AlignmentViewport getViewport()
  78   {
  79     return av;
  80   }
  81
  82   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  83   {
  84     return fr;
  85   }
  86
  87   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  88   {
  89     return sr;
  90   }
  91
  92   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
  93   {
  94     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;
  95
  96     g.setColor(Color.black);
  97
  98     // NORTH SCALE
  99     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
 100     {
 101       int value = i;
 102       if (av.hasHiddenColumns())
 103       {
 104         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 105       }
 106
 107       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * avcharWidth,
 108               ypos - (avcharHeight / 2));
 109
 110       g.drawLine(((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 111               (ypos + 2) - (avcharHeight / 2),
 112               ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (avcharWidth / 2),
 113               ypos - 2);
 114     }
 115   }
 116
 117   private void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 118   {
 119     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 120     ypos += avcharHeight;
 121     if (av.hasHiddenColumns())
 122     {
 123       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 124       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 125     }
 126
 127     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 128     if (av.hasHiddenColumns())
 129     {
 130       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 131     }
 132
 133     // WEST SCALE
 134     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 135     {
 136       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 137       int index = startx;
 138       int value = -1;
 139
 140       while (index < endx)
 141       {
 142         if (Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 143         {
 144           index++;
 145
 146           continue;
 147         }
 148
 149         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 150
 151         break;
 152       }
 153
 154       if (value != -1)
 155       {
 156         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 157                 - avcharWidth / 2;
 158         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * avcharHeight))
 159                 - (avcharHeight / 5));
 160       }
 161     }
 162   }
 163
 164   private void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 165   {
 166     ypos += avcharHeight;
 167
 168     if (av.hasHiddenColumns())
 169     {
 170       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 171     }
 172
 173     SequenceI seq;
 174     // EAST SCALE
 175     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 176     {
 177       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 178       int index = endx;
 179       int value = -1;
 180
 181       while (index > startx)
 182       {
 183         if (Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 184         {
 185           index--;
 186
 187           continue;
 188         }
 189
 190         value = seq.findPosition(index);
 191
 192         break;
 193       }
 194
 195       if (value != -1)
 196       {
 197         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * avcharHeight))
 198                 - (avcharHeight / 5));
 199       }
 200     }
 201   }
 202
 203   int lastsr = 0;
 204
 205   void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 206   {
 207     if (fastPaint || gg == null)
 208     {
 209       return;
 210     }
 211
 212     updateViewport();
 213
 214     // Its possible on certain browsers that the call to fastpaint
 215     // is faster than it can paint, so this check here catches
 216     // this possibility
 217     if (lastsr + horizontal != av.startRes)
 218     {
 219       horizontal = av.startRes - lastsr;
 220     }
 221
 222     lastsr = av.startRes;
 223
 224     fastPaint = true;
 225     gg.copyArea(horizontal * avcharWidth, vertical * avcharHeight, imgWidth
 226             - horizontal * avcharWidth,
 227             imgHeight - vertical * avcharHeight, -horizontal * avcharWidth,
 228             -vertical * avcharHeight);
 229
 230     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq, transX = 0, transY = 0;
 231
 232     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 233     {
 234       transX = (er - sr - horizontal) * avcharWidth;
 235       sr = er - horizontal;
 236     }
 237     else if (horizontal < 0)
 238     {
 239       er = sr - horizontal;
 240     }
 241
 242     else if (vertical > 0) // scroll down
 243     {
 244       ss = es - vertical;
 245       if (ss < av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 246       {
 247         ss = av.startSeq;
 248       }
 249       else
 250       {
 251         transY = imgHeight - vertical * avcharHeight;
 252       }
 253     }
 254     else if (vertical < 0)
 255     {
 256       es = ss - vertical;
 257       if (es > av.endSeq)
 258       {
 259         es = av.endSeq;
 260       }
 261     }
 262
 263     gg.translate(transX, transY);
 264
 265     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 266     gg.translate(-transX, -transY);
 267
 268     repaint();
 269
 270   }
 271
 272   /**
 273    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 274    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 275    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 276    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 277    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 278    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 279    */
 280   public void update(Graphics g)
 281   {
 282     paint(g);
 283   }
 284
 285   @Override
 286   public void paint(Graphics g)
 287   {
 288
 289     if (img != null
 290             && (fastPaint || (getSize().width != g.getClipBounds().width) || (getSize().height != g
 291                     .getClipBounds().height)))
 292     {
 293       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 294       fastPaint = false;
 295       return;
 296     }
 297
 298     if (fastPaint)
 299     {
 300       g.drawImage(img, 0, 0, this);
 301       fastPaint = false;
 302       return;
 303     }
 304
 305     updateViewport();
 306     // this draws the whole of the alignment
 307     imgWidth = this.getSize().width;
 308     imgHeight = this.getSize().height;
 309
 310     imgWidth -= imgWidth % avcharWidth;
 311     imgHeight -= imgHeight % avcharHeight;
 312
 313     if (imgWidth < 1 || imgHeight < 1)
 314     {
 315       return;
 316     }
 317
 318     if (img == null || imgWidth != img.getWidth(this)
 319             || imgHeight != img.getHeight(this))
 320     {
 321       img = createImage(imgWidth, imgHeight);
 322       gg = img.getGraphics();
 323       gg.setFont(av.getFont());
 324     }
 325
 326     gg.setColor(Color.white);
 327     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 328
 329     if (av.getWrapAlignment())
 330     {
 331       drawWrappedPanel(gg, imgWidth, imgHeight, av.startRes);
 332     }
 333     else
 334     {
 335       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 336     }
 337
 338     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 339
 340   }
 341
 342   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;
 343
 344   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 345   {
 346     cwidth -= cwidth % av.getCharWidth();
 347
 348     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 349
 350     LABEL_EAST = 0;
 351     LABEL_WEST = 0;
 352
 353     if (av.getScaleRightWrapped())
 354     {
 355       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 356     }
 357
 358     if (av.getScaleLeftWrapped())
 359     {
 360       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 361     }
 362
 363     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.getCharWidth();
 364   }
 365
 366   /**
 367    * Generates a string of zeroes.
 368    *
 369    * @return String
 370    */
 371   String getMask()
 372   {
 373     String mask = "0";
 374     int maxWidth = 0;
 375     int tmp;
 376     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 377     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 378     {
 379       tmp = alignment.getSequenceAt(i).getEnd();
 380       if (tmp > maxWidth)
 381       {
 382         maxWidth = tmp;
 383       }
 384     }
 385
 386     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 387     {
 388       mask += "0";
 389     }
 390     return mask;
 391   }
 392
 393   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 394           int canvasHeight, int startRes)
 395   {
 396     AlignmentI al = av.getAlignment();
 397
 398     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 399
 400     if (av.getScaleRightWrapped())
 401     {
 402       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 403     }
 404
 405     if (av.getScaleLeftWrapped())
 406     {
 407       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 408     }
 409
 410     int hgap = avcharHeight;
 411     if (av.getScaleAboveWrapped())
 412     {
 413       hgap += avcharHeight;
 414     }
 415
 416     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / avcharWidth;
 417     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * avcharHeight;
 418
 419     av.setWrappedWidth(cWidth);
 420
 421     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 422
 423     int endx;
 424     int ypos = hgap;
 425
 426     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 427
 428     if (av.hasHiddenColumns())
 429     {
 430       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 431     }
 432
 433     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 434     {
 435       endx = startRes + cWidth - 1;
 436
 437       if (endx > maxwidth)
 438       {
 439         endx = maxwidth;
 440       }
 441
 442       g.setColor(Color.black);
 443
 444       if (av.getScaleLeftWrapped())
 445       {
 446         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 447       }
 448
 449       if (av.getScaleRightWrapped())
 450       {
 451         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 452         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 453         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 454       }
 455
 456       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 457
 458       if (av.getScaleAboveWrapped())
 459       {
 460         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 461       }
 462       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 463       {
 464         g.setColor(Color.blue);
 465         int res;
 466         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 467                 .size(); i++)
 468         {
 469           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 470                   - startRes;
 471
 472           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 473           {
 474             continue;
 475           }
 476
 477           gg.fillPolygon(new int[]
 478           { res * avcharWidth - avcharHeight / 4,
 479               res * avcharWidth + avcharHeight / 4, res * avcharWidth },
 480                   new int[]
 481                   { ypos - (avcharHeight / 2), ypos - (avcharHeight / 2),
 482                       ypos - (avcharHeight / 2) + 8 }, 3);
 483
 484         }
 485       }
 486
 487       if (g.getClip() == null)
 488       {
 489         g.setClip(0, 0, cWidth * avcharWidth, canvasHeight);
 490       }
 491
 492       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 493       g.setClip(null);
 494
 495       if (av.isShowAnnotation())
 496       {
 497         g.translate(0, cHeight + ypos + 4);
 498         if (annotations == null)
 499         {
 500           annotations = new AnnotationPanel(av);
 501         }
 502
 503         annotations.drawComponent(g, startRes, endx + 1);
 504         g.translate(0, -cHeight - ypos - 4);
 505       }
 506       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 507
 508       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 509
 510       startRes += cWidth;
 511     }
 512
 513   }
 514
 515   AnnotationPanel annotations;
 516
 517   int getAnnotationHeight()
 518   {
 519     if (!av.isShowAnnotation())
 520     {
 521       return 0;
 522     }
 523
 524     if (annotations == null)
 525     {
 526       annotations = new AnnotationPanel(av);
 527     }
 528
 529     return annotations.adjustPanelHeight();
 530   }
 531
 532   private void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 533           int startSeq,
 534           int endSeq, int offset)
 535   {
 536
 537
 538     if (!av.hasHiddenColumns())
 539     {
 540       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 541     }
 542     else
 543     {
 544
 545       int screenY = 0;
 546       int blockStart = startRes;
 547       int blockEnd = endRes;
 548
 549       if (av.hasHiddenColumns())
 550       {
 551         for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 552         {
 553           int hideStart = region[0];
 554           int hideEnd = region[1];
 555
 556           if (hideStart <= blockStart)
 557           {
 558             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 559             continue;
 560           }
 561
 562           blockEnd = hideStart - 1;
 563
 564           g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 565
 566           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 567
 568           if (av.getShowHiddenMarkers())
 569           {
 570             g1.setColor(Color.blue);
 571             g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth - 1,
 572                     0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * avcharWidth
 573                             - 1, (endSeq - startSeq) * avcharHeight
 574                             + offset);
 575           }
 576
 577           g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 578           screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 579           blockStart = hideEnd + 1;
 580         }
 581       }
 582       if (screenY <= (endRes - startRes))
 583       {
 584         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 585         g1.translate(screenY * avcharWidth, 0);
 586         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 587
 588         g1.translate(-screenY * avcharWidth, 0);
 589       }
 590     }
 591
 592   }
 593
 594   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 595   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 596   void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
 597           int offset)
 598   {
 599     g.setFont(av.getFont());
 600     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 601     updateViewport();
 602     SequenceI nextSeq;
 603
 604     // / First draw the sequences
 605     // ///////////////////////////
 606     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 607     {
 608       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 609
 610       if (nextSeq == null)
 611       {
 612         continue;
 613       }
 614
 615       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 616               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 617
 618       if (av.isShowSequenceFeatures())
 619       {
 620         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 621                 + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 622       }
 623
 624       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 625       // ////////////////////////////////////////////////////////
 626       if (searchResults != null)
 627       {
 628         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 629                 endRes);
 630         if (visibleResults != null)
 631         {
 632           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 633           {
 634             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 635                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 636                             * avcharWidth, offset
 637                             + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 638           }
 639         }
 640       }
 641
 642       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 643               && cursorX <= endRes)
 644       {
 645         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * avcharWidth,
 646                 offset + ((i - startSeq) * avcharHeight));
 647       }
 648     }
 649
 650     if (av.getSelectionGroup() != null
 651             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 652     {
 653       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 654     }
 655
 656   }
 657
 658   private void drawGroupsBoundaries(Graphics g, int startRes, int endRes,
 659           int startSeq, int endSeq, int offset)
 660   {
 661     //
 662     // ///////////////////////////////////
 663     // Now outline any areas if necessary
 664     // ///////////////////////////////////
 665     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 666
 667     int sx = -1;
 668     int sy = -1;
 669     int ex = -1;
 670     int groupIndex = -1;
 671
 672     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 673     {
 674       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 675       groupIndex = 0;
 676     }
 677
 678     if (group != null)
 679     {
 680       do
 681       {
 682         int oldY = -1;
 683         int i = 0;
 684         boolean inGroup = false;
 685         int top = -1;
 686         int bottom = -1;
 687         int alHeight = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 688
 689         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 690         {
 691           sx = (group.getStartRes() - startRes) * avcharWidth;
 692           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 693           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * avcharWidth) - 1;
 694
 695           if (sx + ex < 0 || sx > imgWidth)
 696           {
 697             continue;
 698           }
 699
 700           if ((sx <= (endRes - startRes) * avcharWidth)
 701                   && group.getSequences(null).contains(
 702                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 703           {
 704             if ((bottom == -1)
 705                     && (i >= alHeight || !group.getSequences(null)
 706                             .contains(
 707                                     av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1))))
 708             {
 709               bottom = sy + avcharHeight;
 710             }
 711
 712             if (!inGroup)
 713             {
 714               if (((top == -1) && (i == 0))
 715                       || !group.getSequences(null).contains(
 716                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 717               {
 718                 top = sy;
 719               }
 720
 721               oldY = sy;
 722               inGroup = true;
 723
 724               if (group == av.getSelectionGroup())
 725               {
 726                 g.setColor(Color.red);
 727               }
 728               else
 729               {
 730                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 731               }
 732             }
 733           }
 734           else
 735           {
 736             if (inGroup)
 737             {
 738               if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 739               {
 740                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 741               }
 742
 743               if (sx + ex < imgWidth)
 744               {
 745                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 746               }
 747
 748               if (sx < 0)
 749               {
 750                 ex += sx;
 751                 sx = 0;
 752               }
 753
 754               if (sx + ex > imgWidth)
 755               {
 756                 ex = imgWidth;
 757               }
 758
 759               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 760               {
 761                 ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 762               }
 763
 764               if (top != -1)
 765               {
 766                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 767                 top = -1;
 768               }
 769
 770               if (bottom != -1)
 771               {
 772                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 773                 bottom = -1;
 774               }
 775
 776               inGroup = false;
 777             }
 778           }
 779         }
 780
 781         if (inGroup)
 782         {
 783           sy = offset + ((i - startSeq) * avcharHeight);
 784           if (sx >= 0 && sx < imgWidth)
 785           {
 786             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 787           }
 788
 789           if (sx + ex < imgWidth)
 790           {
 791             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 792           }
 793
 794           if (sx < 0)
 795           {
 796             ex += sx;
 797             sx = 0;
 798           }
 799
 800           if (sx + ex > imgWidth)
 801           {
 802             ex = imgWidth;
 803           }
 804           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * avcharWidth)
 805           {
 806             ex = (endRes - startRes + 1) * avcharWidth;
 807           }
 808
 809           if (top != -1)
 810           {
 811             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 812             top = -1;
 813           }
 814
 815           if (bottom != -1)
 816           {
 817             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 818             bottom = -1;
 819           }
 820
 821           inGroup = false;
 822         }
 823
 824         groupIndex++;
 825
 826         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 827         {
 828           break;
 829         }
 830
 831         group = av.getAlignment().getGroups()
 832                 .get(groupIndex);
 833       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 834
 835     }
 836   }
 837
 838   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 839   {
 840     searchResults = results;
 841
 842     repaint();
 843   }
 844
 845 }